| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第13-29页 |
| 1.1 乙肝病毒研究进展 | 第14-21页 |
| 1.1.1 乙肝病毒的发现史 | 第14页 |
| 1.1.2 乙肝病毒结构 | 第14-16页 |
| 1.1.3 病毒的繁殖 | 第16页 |
| 1.1.4 HBV感染及治疗 | 第16-18页 |
| 1.1.5 HBV致癌机制 | 第18-20页 |
| 1.1.6 肝癌基因组研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2 HPV研究进展 | 第21-27页 |
| 1.2.1 HPV病毒的发现 | 第21-22页 |
| 1.2.2 HPV病毒结构特征和功能 | 第22-23页 |
| 1.2.3 HPV复制 | 第23-24页 |
| 1.2.4 HPV致癌 | 第24-25页 |
| 1.2.5 HPV病毒整合研究进展 | 第25-26页 |
| 1.2.6 HPV疫苗 | 第26-27页 |
| 1.3 本课题的研究意义 | 第27-28页 |
| 1.4 本研究的主要内容 | 第28-29页 |
| 第二章 HBV病毒整合检测方法的建立与评价 | 第29-50页 |
| 2.1 引言 | 第29-30页 |
| 2.2 试剂材料与设备 | 第30-31页 |
| 2.3 实验流程及方法 | 第31-39页 |
| 2.3.1 样品提取 | 第31-32页 |
| 2.3.2 Covaris S2打断法 | 第32-33页 |
| 2.3.3 末端修复 | 第33-34页 |
| 2.3.4 末端加A | 第34页 |
| 2.3.5 加接头 | 第34-35页 |
| 2.3.6 PCR反应 | 第35-36页 |
| 2.3.7 制备探针 | 第36页 |
| 2.3.8 杂交 | 第36-38页 |
| 2.3.9 洗脱 | 第38-39页 |
| 2.3.10 杂交后文库回收纯化 | 第39页 |
| 2.4 信息分析方法查找断点 | 第39-42页 |
| 2.4.1 数据格式及初步过滤 | 第40页 |
| 2.4.2 SOAP比对及得到目标序列 | 第40-41页 |
| 2.4.3 目标序列组装及BWA比对 | 第41页 |
| 2.4.4 NNS及NNSS计算及验证 | 第41-42页 |
| 2.5 实验结果与讨论 | 第42-49页 |
| 2.5.1 数据产出 | 第42-43页 |
| 2.5.2 整合位点总结 | 第43-44页 |
| 2.5.3 HBV与人类基因组整合热点 | 第44-45页 |
| 2.5.4 整合位点在人类基因组基因原件上的分布 | 第45-47页 |
| 2.5.5 整合位点在人类基因组因子上的分布 | 第47-48页 |
| 2.5.6 整合频率与NNSS值关联分析 | 第48-49页 |
| 2.6 本章小结 | 第49-50页 |
| 第三章 肝癌样本中HBV病毒整合特点 | 第50-77页 |
| 3.1 引言 | 第50-51页 |
| 3.2 实验材料，试剂与设备 | 第51-52页 |
| 3.3 实验方法与流程 | 第52-61页 |
| 3.3.1 样本提取 | 第52-53页 |
| 3.3.2 文库构建 | 第53-56页 |
| 3.3.3 文库杂交 | 第56-59页 |
| 3.3.4 mRNA文库构建 | 第59-61页 |
| 3.4 检测整合位点 | 第61页 |
| 3.5 实验结果与讨论 | 第61-76页 |
| 3.5.1 前人研究的HBV热点整合基因 | 第61-62页 |
| 3.5.2 350个癌组织样本热点整合基因 | 第62-64页 |
| 3.5.3 热点基因表达分析 | 第64-65页 |
| 3.5.4 预后分析 | 第65页 |
| 3.5.5 样本中HBV型别分布 | 第65-66页 |
| 3.5.6 癌与癌旁整合位点在染色体及基因元件上分布 | 第66-68页 |
| 3.5.7 癌与癌旁整合位点在各类基因组因子上的分布 | 第68-69页 |
| 3.5.8 HBV基因组上的整合热点 | 第69-70页 |
| 3.5.9 WGS以及RNA与HIVID整合位点一致性分析 | 第70-72页 |
| 3.5.10 整合频率与富集程度分析 | 第72-73页 |
| 3.5.11 HBV整合事件 | 第73-74页 |
| 3.5.12 通路分析 | 第74-76页 |
| 3.6 本章小结 | 第76-77页 |
| 第四章 宫颈癌样本中HPV病毒整合特点 | 第77-99页 |
| 4.1 引言 | 第77-78页 |
| 4.2 实验材料，试剂与设备 | 第78页 |
| 4.3 实验方法 | 第78-82页 |
| 4.3.1 样本提取 | 第78页 |
| 4.3.2 免疫组化 | 第78页 |
| 4.3.3 文库构建 | 第78页 |
| 4.3.4 探针设计 | 第78-79页 |
| 4.3.5 文库杂交 | 第79-80页 |
| 4.3.6 准备磁珠 | 第80-81页 |
| 4.3.7 Captured样品的扩增 | 第81-82页 |
| 4.3.8 纯化扩增后的样品 | 第82页 |
| 4.4 信息方法查找断点 | 第82-84页 |
| 4.4.1 信息分析整体流程 | 第82-83页 |
| 4.4.2 SOAP比对及得到目标序列 | 第83页 |
| 4.4.3 目标序列组装及BWA比对 | 第83-84页 |
| 4.4.4 NNS及NNSS计算 | 第84页 |
| 4.5 实验结果与讨论 | 第84-98页 |
| 4.5.1 整合位点在染色体分布 | 第84-85页 |
| 4.5.2 整合位点间距离分布 | 第85页 |
| 4.5.3 HPV与人类基因组上整合热点 | 第85-87页 |
| 4.5.4 不同型别HPV在人类基因组整合热点 | 第87-88页 |
| 4.5.5 不同型别HPV自身整合热点 | 第88-89页 |
| 4.5.6 整合热点基因表达 | 第89-90页 |
| 4.5.7 不同型别HPV整合断点在基因元件上分布 | 第90页 |
| 4.5.8 不同型别HPV临床分布 | 第90-92页 |
| 4.5.9 RNA与DNA断点一致性比较 | 第92页 |
| 4.5.10 RNA与DNA在HPV基因组上整合热点的分布 | 第92-93页 |
| 4.5.11 整合位置与新转录本 | 第93-95页 |
| 4.5.12 SIHA与HELA样本的HPV深度及覆盖度 | 第95-96页 |
| 4.5.13 整合位置在脆性位点上的分布 | 第96页 |
| 4.5.14 整合基因通路分析 | 第96-98页 |
| 4.6 本章小结 | 第98-99页 |
| 第五章 病毒整合检测芯片升级及初步评价 | 第99-119页 |
| 5.1 引言 | 第99页 |
| 5.2 实验材料与方法 | 第99-101页 |
| 5.2.1 血浆中游离DNA提取 | 第99-100页 |
| 5.2.2 宫颈脱落细胞DNA提取 | 第100-101页 |
| 5.3 样品打断 | 第101-103页 |
| 5.3.1 Covaris E打断法 | 第101-102页 |
| 5.3.2 Ampure Beads纯化打断后的样品 | 第102页 |
| 5.3.3 文库构建及检测 | 第102-103页 |
| 5.4 杂交 | 第103-108页 |
| 5.4.1 探针设计 | 第103页 |
| 5.4.2 文库杂交 | 第103-105页 |
| 5.4.3 准备磁珠 | 第105页 |
| 5.4.4 SureSelect方法选择杂交捕获的目的片段 | 第105-106页 |
| 5.4.5 Captured样品的扩增 | 第106-107页 |
| 5.4.6 纯化扩增后的样品 | 第107-108页 |
| 5.5 检测病毒整合位点 | 第108-109页 |
| 5.6 实验结果与讨论 | 第109-118页 |
| 5.6.1 肝癌组织中HBV病毒整合检测 | 第109-110页 |
| 5.6.2 肝癌病人血浆中HBV整合检测 | 第110-111页 |
| 5.6.3 宫颈癌组织中HPV病毒整合检测 | 第111-112页 |
| 5.6.4 宫颈脱落细胞中HPV病毒整合检测 | 第112-113页 |
| 5.6.5 V3芯片HIV整合检测 | 第113-114页 |
| 5.6.6 整合位置比较及HIV整合热点 | 第114-116页 |
| 5.6.7 一次性检测三种病毒整合 | 第116-118页 |
| 5.7 本章小结 | 第118-119页 |
| 结论与展望 | 第119-121页 |
| 1 结论 | 第119页 |
| 2 创新之处 | 第119-120页 |
| 3 展望 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-128页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第128-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 附件 | 第131页 |
