| 缩略词及符号中英文对照 | 第3-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| SUMMARY | 第7-8页 |
| 第一章 禽流感及其检测方法的研究进展 | 第14-36页 |
| 1 概述 | 第14页 |
| 2 病原学 | 第14-16页 |
| 2.1 病毒分子特性及分类 | 第14-15页 |
| 2.2 命名原则 | 第15页 |
| 2.3 理化特性 | 第15-16页 |
| 2.3.1 热稳定性 | 第15-16页 |
| 2.3.2 对化学试剂的稳定性 | 第16页 |
| 2.3.3 对紫外线的敏感性 | 第16页 |
| 2.3.4 对酸碱度的稳定性 | 第16页 |
| 3 流感病毒的感染机制 | 第16-17页 |
| 4 临床症状和病理变化 | 第17-20页 |
| 4.1 无致病性禽流感 | 第17页 |
| 4.2 低致病性禽流感 | 第17-18页 |
| 4.3 高致病性禽流感 | 第18-20页 |
| 5 流行病学 | 第20-24页 |
| 5.1 分布 | 第20-22页 |
| 5.2 易感动物 | 第22页 |
| 5.3 感染途径及传播方式 | 第22-23页 |
| 5.4 季节性 | 第23-24页 |
| 6 禽流感诊断方法 | 第24-27页 |
| 6.1 经典的禽流感检测方法 | 第24-25页 |
| 6.1.1 病毒分离 | 第24页 |
| 6.1.2 HA/HI试验 | 第24页 |
| 6.1.3 琼脂糖凝胶扩散试验（Agar gel immunodiffusion，AGP） | 第24页 |
| 6.1.4 致病性试验 | 第24-25页 |
| 6.1.5 酶联免疫吸附试验 | 第25页 |
| 6.1.6 病毒中和试验 | 第25页 |
| 6.1.7 免疫荧光技术 | 第25页 |
| 6.2 病毒蛋白检测 | 第25-26页 |
| 6.2.1 免疫层析法 | 第25-26页 |
| 6.2.2 抗原捕获免疫测定试验 | 第26页 |
| 6.3 基因检测 | 第26-27页 |
| 6.3.1 反转录PCR（RT | 第26页 |
| 6.3.2 实时荧光（定量）RT | 第26页 |
| 6.3.3 环介导等温扩增法（loop-mediated isothermal amplification，LAMP） | 第26-27页 |
| 6.3.4 依赖核酸序列的扩增技术（Nucleic acid sequence-based amplification，NASBA） | 第27页 |
| 6.3.5 下一代测序技术（Next generation sequencing，NGS） | 第27页 |
| 7 公共卫生学意义 | 第27-29页 |
| 参考文献 | 第29-36页 |
| 第二章 宁夏禽流感流行病学调查及规模场风险因素分析 | 第36-50页 |
| 1 材料与方法 | 第36-40页 |
| 1.1 材料 | 第36-37页 |
| 1.1.1 样品来源 | 第36-37页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第37页 |
| 1.1.3 主要仪器 | 第37页 |
| 1.2 方法 | 第37-39页 |
| 1.2.1 样品的处理 | 第37页 |
| 1.2.2 阿氏液配制 | 第37页 |
| 1.2.31%鸡红细胞液的制备 | 第37-38页 |
| 1.2.4 血凝（HA）和血凝抑制试验（HI） | 第38页 |
| 1.2.5 病毒RNA的提取 | 第38页 |
| 1.2.6 禽流感病毒荧光RT-PCR检测 | 第38-39页 |
| 1.3 规模场风险因素分析 | 第39-40页 |
| 1.3.1 相关定义 | 第39页 |
| 1.3.2 现场调查 | 第39页 |
| 1.3.3 统计学分析 | 第39-40页 |
| 2 结果 | 第40-46页 |
| 2.1 血清学检测 | 第40-42页 |
| 2.1.1 H5亚型禽流感免疫抗体合格率 | 第40页 |
| 2.1.2 H7亚型禽流感感染抗体阳性率 | 第40-41页 |
| 2.1.3 H9亚型禽流感免疫抗体合格率 | 第41-42页 |
| 2.2 病原学检测 | 第42-44页 |
| 2.2.1 不同类型场点检测 | 第42-43页 |
| 2.2.2 不同季节检测 | 第43页 |
| 2.2.3 不同群体检测 | 第43-44页 |
| 2.2.4 不同地区检测 | 第44页 |
| 2.3 规模场风险因素分析 | 第44-46页 |
| 2.3.1 单因素分析 | 第44-45页 |
| 2.3.2 logistic回归结果 | 第45-46页 |
| 3 讨论 | 第46-50页 |
| 3.1 不同亚型禽流感流行情况 | 第46-47页 |
| 3.2 不同地区禽流感流行情况 | 第47页 |
| 3.3 不同类型场点禽流感流行情况 | 第47页 |
| 3.4 禽流感的季节性 | 第47-48页 |
| 3.5 不同群体禽流感分布 | 第48页 |
| 3.6 野鸟禽流感流行情况 | 第48-49页 |
| 3.7 风险因素分析 | 第49-50页 |
| 第三章 一起H5N6亚型高致病性禽流感疫情的紧急流行病学调查 | 第50-58页 |
| 1 材料与方法 | 第50-51页 |
| 1.1 材料来源 | 第50页 |
| 1.2 病例定义 | 第50-51页 |
| 1.2.1 疑似病例 | 第50-51页 |
| 1.2.2 确诊病例 | 第51页 |
| 1.3 方法 | 第51页 |
| 1.3.1 描述性流行病学调查 | 第51页 |
| 2 结果 | 第51-55页 |
| 2.1 规模禽场基本情况 | 第51页 |
| 2.2 发病情况 | 第51-52页 |
| 2.3 地理位置及发病经过 | 第52-53页 |
| 2.4 不同栋舍袭击率和病死率 | 第53-54页 |
| 2.5 临床症状和病理变化 | 第54-55页 |
| 2.6 实验室检测 | 第55页 |
| 2.6.1 疫点样品实验室检测 | 第55页 |
| 2.6.2 疫区内样品实验室检测 | 第55页 |
| 3 疫情传入前后原因分析 | 第55-56页 |
| 3.1 疫情发病前后的传播途径 | 第55-56页 |
| 3.1.1 疫情来源 | 第55-56页 |
| 3.1.2 场内传播情况 | 第56页 |
| 3.1.3 疫苗作用 | 第56页 |
| 4 采取的措施及建议 | 第56-58页 |
| 4.1 紧急措施 | 第56-57页 |
| 4.2 防控效果 | 第57页 |
| 4.3 建议 | 第57-58页 |
| 第四章 不同亚型禽流感病毒HA基因遗传进化分析 | 第58-68页 |
| 1 材料与方法 | 第58-60页 |
| 1.1 材料 | 第58-59页 |
| 1.1.1 样品来源 | 第58页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第58页 |
| 1.1.3 主要仪器 | 第58-59页 |
| 1.2 方法 | 第59-60页 |
| 1.2.1 样品的处理 | 第59页 |
| 1.2.2 引物设计与合成 | 第59页 |
| 1.2.3 RNA提取 | 第59页 |
| 1.2.4 目的基因的扩增及序列测定 | 第59-60页 |
| 1.2.5 病毒分离鉴定 | 第60页 |
| 1.2.6 遗传进化分析 | 第60页 |
| 2 结果 | 第60-65页 |
| 2.1 RT-PCR扩增结果 | 第60页 |
| 2.2 参考实验室结果及命名 | 第60-61页 |
| 2.3 H3亚型禽流感病毒HA基因进化关系 | 第61-62页 |
| 2.4 H5亚型禽流感病毒HA基因进化关系 | 第62-63页 |
| 2.5 H7亚型禽流感病毒HA基因进化关系 | 第63-65页 |
| 3 讨论 | 第65-68页 |
| 3.1 野鸟H3亚型AIV | 第65页 |
| 3.2 H5N6亚型HPAIV | 第65-66页 |
| 3.3 H7N9亚型流感病毒 | 第66页 |
| 3.4 H9N2亚型AIV | 第66-68页 |
| 第五章 H5和H9亚型AIV TAQMAN MGB荧光RT | 第68-77页 |
| 1 材料与方法 | 第68-71页 |
| 1.1 材料 | 第68-69页 |
| 1.1.1 病毒核酸及临床样本 | 第68-69页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第69页 |
| 1.1.3 主要仪器 | 第69页 |
| 1.2 方法 | 第69-71页 |
| 1.2.1 样品处理 | 第69页 |
| 1.2.2 引物、探针的设计与合成 | 第69页 |
| 1.2.3 样品RNA的提取 | 第69-70页 |
| 1.2.4 反应体系和反应条件 | 第70页 |
| 1.2.5 绘制标准曲线 | 第70页 |
| 1.2.6 荧光RT-PCR方法敏感性试验 | 第70页 |
| 1.2.7 荧光RT-PCR方法特异性试验 | 第70页 |
| 1.2.8 重复性试验 | 第70页 |
| 1.2.9 商品化试剂盒检测 | 第70-71页 |
| 1.2.10 一致性检验（Kappa检验） | 第71页 |
| 1.2.11 病毒的分离鉴定 | 第71页 |
| 2 结果 | 第71-75页 |
| 2.1 敏感性试验 | 第71-72页 |
| 2.2 特异性试验 | 第72-73页 |
| 2.3 标准曲线绘制 | 第73-74页 |
| 2.4 重复性试验 | 第74页 |
| 2.5 一致性检验 | 第74-75页 |
| 2.5.1 H5亚型一致性检验 | 第74页 |
| 2.5.2 H9亚型一致性检验 | 第74-75页 |
| 2.6 病毒的分离鉴定 | 第75页 |
| 3 讨论 | 第75-77页 |
| 结论 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 作者简介 | 第85-86页 |
| 第一导师简介 | 第86-87页 |
| 第二导师简介 | 第87-88页 |
