| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 引言 | 第9-25页 |
| 1.1 第二类内含子简介 | 第9-15页 |
| 1.1.1 第二类内含子的RNA | 第10-12页 |
| 1.1.2 第二类内含子编码的蛋白质 | 第12页 |
| 1.1.3 第二类内含子RNA的催化活性 | 第12-13页 |
| 1.1.4 第二类内含子的三维结构 | 第13-14页 |
| 1.1.5 第二类内含子的转移 | 第14-15页 |
| 1.1.6 第二类内含子的进化 | 第15页 |
| 1.2 冷冻电子显微镜基本知识 | 第15-20页 |
| 1.2.1 透射电子显微镜起源 | 第15-16页 |
| 1.2.2 电子的波动性原理 | 第16页 |
| 1.2.3 电子显微镜成像原理 | 第16-17页 |
| 1.2.4 三维电子显微镜 | 第17-18页 |
| 1.2.5 透射电镜成像理论 | 第18页 |
| 1.2.6 电镜三维重构理论 | 第18-19页 |
| 1.2.7 冷冻电镜技术的发展 | 第19-20页 |
| 1.3 生物透射电镜样品制备方法 | 第20-23页 |
| 1.3.1 负染技术 | 第20-21页 |
| 1.3.2 冷冻样品制备技术 | 第21-23页 |
| 1.4 课题背景与选题依据 | 第23-25页 |
| 第2章 实验材料、方法及生物样品制备 | 第25-40页 |
| 2.1 负染技术及方法 | 第25-28页 |
| 2.1.1 负染电镜样品的制备方法 | 第25-26页 |
| 2.1.2 负染电镜样品检查方法 | 第26-27页 |
| 2.1.3 负染数据收集步骤 | 第27页 |
| 2.1.4 负染倾转对的收集方法 | 第27-28页 |
| 2.2 冷冻技术及方法 | 第28-34页 |
| 2.2.1 制备冷冻样品的顺序 | 第28-29页 |
| 2.2.2 存放gridbox的离心管的做法 | 第29页 |
| 2.2.3 冷冻电镜样品检验方法 | 第29-31页 |
| 2.2.4 冷冻样品手动收集数据的方法 | 第31-34页 |
| 2.3 在铜网上铺连续薄碳膜的方法 | 第34-37页 |
| 2.4 生物样品的制备 | 第37-40页 |
| 第3章 第IIA类内含子的负染电镜结构研究 | 第40-59页 |
| 3.1 快速随机圆锥重构方法 | 第40-48页 |
| 3.1.1 随机圆锥重构方法简介 | 第40-41页 |
| 3.1.2 随机圆锥重构方法的步骤 | 第41-42页 |
| 3.1.3 开发快速随机圆锥重构软件的必要性 | 第42-43页 |
| 3.1.4 开发快速随机圆锥重构软件的主要思路 | 第43页 |
| 3.1.5 用到的计算机语言和主要软件 | 第43-45页 |
| 3.1.6 根据图像特征转换倾转对坐标方法 | 第45-46页 |
| 3.1.7 颗粒坐标的精细化 | 第46-48页 |
| 3.2 快速随机圆锥重构方法得到LtrB的三维模型 | 第48-59页 |
| 3.2.1 底层命令的构建 | 第48-56页 |
| 3.2.2 RNP复合物的负染电镜三维结构 | 第56-59页 |
| 第4章 第IIA类内含子的冷冻电镜结构研究 | 第59-82页 |
| 4.1 使用冷冻电镜获取IIA内含子的高分辨率结构 | 第59-61页 |
| 4.1.1 冷冻样品制备以及数据收集 | 第59页 |
| 4.1.2 冷冻电镜数据处理 | 第59-61页 |
| 4.2 从冷冻电镜三维图像搭建原子模型 | 第61-67页 |
| 4.2.1 RNA部分模型的搭建 | 第61-62页 |
| 4.2.2 蛋白质部分LtrA模型的搭建 | 第62-67页 |
| 4.3 第二类内含子A的结构分析 | 第67-78页 |
| 4.3.1 內源第二类内含子RNP复合物的整体结构 | 第67-71页 |
| 4.3.2 LtrA的结构 | 第71-77页 |
| 4.3.3 内含子RNA和LtrA的相互作用 | 第77-78页 |
| 4.4 LtrB内含子及其逆转录酶形成的RNP复合物的讨论 | 第78-82页 |
| 第5章 其他工作：TLR13的结构及功能研究 | 第82-97页 |
| 5.1 TLRs蛋白简介 | 第82-85页 |
| 5.2 TLR13特异性识别单链RNA机制研究 | 第85-89页 |
| 5.2.1 TLR13蛋白的表达纯化 | 第85-86页 |
| 5.2.2 TLR13LRR-ssRNA13复合物的负染电镜结构分析 | 第86-87页 |
| 5.2.3 冷冻样品分析 | 第87-89页 |
| 5.3 TLR13LRR-ssRNA13晶体结构分析 | 第89-95页 |
| 5.4 关于TLR13结构的讨论 | 第95-97页 |
| 第6章 论文总结与展望 | 第97-102页 |
| 6.1 论文总结 | 第97-99页 |
| 6.1.1 LtrB及其逆转录酶LtrA形成的复合物结构 | 第97-98页 |
| 6.1.2 快速随机圆锥重构方法的建立 | 第98页 |
| 6.1.3 TLR13的结构分析 | 第98-99页 |
| 6.2 LtrB复合物工作的展望 | 第99-102页 |
| 参考文献 | 第102-110页 |
| 致谢 | 第110-112页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第112页 |
