| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-36页 |
| 1.1 首次通过问题(FPP) | 第10-12页 |
| 1.1.1 首次通过问题经典理论 | 第10-12页 |
| 1.1.2 生化过程中常见的一些FPP | 第12页 |
| 1.2 自驱动粒子的性质以及搜寻动力学 | 第12-16页 |
| 1.2.1 扩散性质 | 第12-15页 |
| 1.2.2 相变及集群运动 | 第15-16页 |
| 1.2.3 搜寻动力学 | 第16页 |
| 1.3 高分子链构象以及穿越纳米孔动力学研究 | 第16-26页 |
| 1.3.1 理想链模型 | 第16-21页 |
| 1.3.2 真实链模型 | 第21-24页 |
| 1.3.3 高分子链跨膜运输动力学研究 | 第24-26页 |
| 1.4 数值有效处理 | 第26-32页 |
| 1.4.1 有效数据统计 | 第26-28页 |
| 1.4.2 异常值排除方法 | 第28-32页 |
| 参考文献 | 第32-36页 |
| 第2章 模拟方法与计算模型 | 第36-48页 |
| 2.1 模拟方法介绍 | 第36-42页 |
| 2.1.1 分子动力学模拟(MD) | 第36-38页 |
| 2.1.2 朗之万动力学模拟(LD) | 第38-40页 |
| 2.1.3 计算中常用技术处理 | 第40-42页 |
| 2.2 自驱动粒子动力学模型 | 第42-44页 |
| 2.2.1 RTP模型 | 第43页 |
| 2.2.2 ABP模型 | 第43-44页 |
| 2.3 高分子链的动力学模型 | 第44-46页 |
| 2.3.1 Rouse模型 | 第44-45页 |
| 2.3.2 Zimm模型 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-48页 |
| 第3章 封闭域中自驱动粒子的搜寻动力学 | 第48-62页 |
| 3.1 引言 | 第48页 |
| 3.2 模型及模拟方法 | 第48-51页 |
| 3.3 结果及讨论 | 第51-58页 |
| 3.3.1 自驱动粒子的扩散性质 | 第51-52页 |
| 3.3.2 自驱动粒子的靶点搜寻动力学 | 第52-57页 |
| 3.3.3 靶点位置对搜寻动力学的影响 | 第57-58页 |
| 3.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-62页 |
| 第4章 空间多相性可以促进自驱动粒子的靶点搜寻 | 第62-78页 |
| 4.1 引言 | 第62-63页 |
| 4.2 模型及模拟方法 | 第63-65页 |
| 4.3 结果及讨论 | 第65-71页 |
| 4.3.1 搜寻时间的预处理 | 第65-66页 |
| 4.3.2 非均相介质中自驱动粒子的扩散性 | 第66-68页 |
| 4.3.3 自驱动粒子在大量固定障碍物中的搜寻动力学 | 第68-71页 |
| 4.4 本章小结 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-78页 |
| 第5章 单链DNA穿越纳米孔运动的不确定性分析和控制 | 第78-92页 |
| 5.1 引言 | 第78页 |
| 5.2 模型及模拟方法 | 第78-80页 |
| 5.3 结果及讨论 | 第80-87页 |
| 5.3.1 分析运动不确定性的来源 | 第80-82页 |
| 5.3.2 有效控制DNA链分子运动的方法模型 | 第82-87页 |
| 5.4 本章小结 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-92页 |
| 第6章 全文总结 | 第92-94页 |
| 致谢 | 第94-96页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第96页 |