| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第13-19页 |
| 1 引言 | 第19-41页 |
| 1.1 杨梅种质资源和基因组学研究 | 第19-24页 |
| 1.1.1 杨梅科分类及分布现状 | 第19-21页 |
| 1.1.2 杨梅品种选育研究进展 | 第21-22页 |
| 1.1.3 杨梅遗传多样性研究进展 | 第22-23页 |
| 1.1.4 杨梅基因组学研究进展 | 第23-24页 |
| 1.2 果树高密度遗传图谱构建 | 第24-27页 |
| 1.2.1 果树RAD-seq高密度遗传图谱构建的原理 | 第24-25页 |
| 1.2.2 常见果树高密度遗传图谱构建研究 | 第25-26页 |
| 1.2.3 杨梅遗传图谱构建基础 | 第26-27页 |
| 1.3 重要果树全基因组测序进展 | 第27-32页 |
| 1.4 常见雌雄异株模式植物性别决定机制的研究 | 第32-39页 |
| 1.4.1 性染色体进化 | 第32-33页 |
| 1.4.2 模式植物性别分化机制 | 第33-37页 |
| 1.4.3 分子标记在植物性别决定研究中的应用 | 第37-38页 |
| 1.4.4 microRNAs(miRNAs)参与调控植物性别分化 | 第38-39页 |
| 1.5 立题依据及主要内容 | 第39-41页 |
| 2 基于杨梅基因组SSR引物开发 | 第41-60页 |
| 2.1 材料和方法 | 第41-44页 |
| 2.1.1 植物材料和基因组DNA的提取 | 第41-43页 |
| 2.1.2 SSR引物设计 | 第43-44页 |
| 2.1.3 PCR反应程序和体系 | 第44页 |
| 2.1.4 数据分析 | 第44页 |
| 2.2 结果 | 第44-56页 |
| 2.2.1 SSR标记的遗传多样性 | 第44-45页 |
| 2.2.2 亲缘关系分析 | 第45-55页 |
| 2.2.3 品种鉴定 | 第55-56页 |
| 2.3 讨论 | 第56-59页 |
| 2.3.1 SSR多态性评价 | 第56-57页 |
| 2.3.2 亲缘关系分析 | 第57页 |
| 2.3.3 品种鉴定 | 第57-58页 |
| 2.3.4 杨梅杂交育种实验 | 第58页 |
| 2.3.5 低杂合度杨梅种质材料的筛选 | 第58-59页 |
| 2.4 小结 | 第59-60页 |
| 3 杨梅全基因组测序 | 第60-81页 |
| 3.1 材料 | 第60-61页 |
| 3.2 方法 | 第61-63页 |
| 3.2.1 基因组文库构建和测序 | 第61页 |
| 3.2.2 转录组文库构建和测序 | 第61页 |
| 3.2.3 基因组序列拼接 | 第61页 |
| 3.2.4 基因组重复序列注释 | 第61-62页 |
| 3.2.5 基因预测和注释 | 第62-63页 |
| 3.2.6 MADS-box基因家族全基因组鉴定 | 第63页 |
| 3.3 结果 | 第63-79页 |
| 3.3.1 测序策略和数据统计 | 第63页 |
| 3.3.2 基于k-mer评估基因组大小 | 第63-64页 |
| 3.3.3 基因组拼接组装 | 第64页 |
| 3.3.4 基因组GC含量分析 | 第64-66页 |
| 3.3.5 测序深度分析 | 第66页 |
| 3.3.6 基因组重复序列 | 第66-68页 |
| 3.3.7 基因组预测和功能注释 | 第68-71页 |
| 3.3.8 基因家族鉴定 | 第71-72页 |
| 3.3.9 系统发育关系 | 第72页 |
| 3.3.10 5个转录组特有的基因表达 | 第72-73页 |
| 3.3.11 MADS-box转录因子的鉴定 | 第73-76页 |
| 3.3.12 与杨梅果实品质相关的代谢途径 | 第76-79页 |
| 3.4 讨论 | 第79-80页 |
| 3.5 小结 | 第80-81页 |
| 4 杨梅'荸荠'和'东魁'杂交群体高密度遗传图谱的构建 | 第81-91页 |
| 4.1 材料与方法 | 第81-83页 |
| 4.1.1 试验材料和DNA提取 | 第81页 |
| 4.1.2 文库构建和RAD测序 | 第81-83页 |
| 4.1.3 SNP标记确定和基因分型 | 第83页 |
| 4.1.4 SSR基因型获得 | 第83页 |
| 4.1.5 遗传连锁图谱构建 | 第83页 |
| 4.2 结果与分析 | 第83-88页 |
| 4.2.1 RAD-seq测序结果 | 第83-84页 |
| 4.2.2 SNP标记多态性分析和分离检测 | 第84-85页 |
| 4.2.3 杨梅高密度遗传图谱的构建 | 第85-88页 |
| 4.3 讨论 | 第88-90页 |
| 4.3.1 杨梅高密度遗传图谱构建 | 第88-89页 |
| 4.3.2 高密度遗传图谱的应用 | 第89页 |
| 4.3.3 RAD-seq在遗传学研究中的应用 | 第89-90页 |
| 4.4 小结 | 第90-91页 |
| 5 杨梅雌雄株群体遗传多样性分析及性别相关标记的确定 | 第91-107页 |
| 5.1 材料和方法 | 第92-93页 |
| 5.1.1 材料和DNA提取 | 第92页 |
| 5.1.2 PCR引物来源 | 第92-93页 |
| 5.1.3 PCR反应体系和程序 | 第93页 |
| 5.2 数据分析 | 第93-94页 |
| 5.2.1 遗传多样性分析 | 第93页 |
| 5.2.2 群体结构分析 | 第93-94页 |
| 5.2.3 分子变异分析(AMOVA) | 第94页 |
| 5.2.4 聚类树构建 | 第94页 |
| 5.3 结果 | 第94-103页 |
| 5.3.1 遗传多样性分析 | 第94-95页 |
| 5.3.2 群体结构分析 | 第95-98页 |
| 5.3.3 聚类分析 | 第98-102页 |
| 5.3.4 与性别相关标记的确定 | 第102-103页 |
| 5.4 讨论 | 第103-106页 |
| 5.4.1 SSR引物的多态性和遗传多样性 | 第103-104页 |
| 5.4.2 群体结构 | 第104-105页 |
| 5.4.3 聚类分析 | 第105页 |
| 5.4.4 杨梅性别决定机制 | 第105-106页 |
| 5.5 小结 | 第106-107页 |
| 6 基于miRNA深度测序的杨梅性别研究初探 | 第107-130页 |
| 6.1 材料与方法 | 第108-109页 |
| 6.1.1 材料 | 第108页 |
| 6.1.2 构建小RNA文库和降解组文库 | 第108-109页 |
| 6.1.3 鉴定杨梅保守的miRNA和开发新的miRNA | 第109页 |
| 6.1.4 鉴定杨梅miRNA的靶基因 | 第109页 |
| 6.2 结果 | 第109-127页 |
| 6.2.1 杨梅不同性别花序的小RNA分布 | 第109-111页 |
| 6.2.2 杨梅3个文库中保守miRNA鉴定 | 第111-114页 |
| 6.2.3 杨梅3个文库中novel miRNA鉴定 | 第114-126页 |
| 6.2.4 利用降解组确定杨梅miRNA的靶基因及靶基因的功能 | 第126-127页 |
| 6.3 讨论 | 第127-129页 |
| 6.4 小结 | 第129-130页 |
| 7 小结与展望 | 第130-133页 |
| 7.1 小结 | 第130-131页 |
| 7.2 创新点 | 第131-132页 |
| 7.3 展望 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-149页 |
| 附录 | 第149-156页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第156页 |
