| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 概述 | 第10-11页 |
| 1.1.1 研究背景及意义 | 第10页 |
| 1.1.2 国内外研究现状 | 第10-11页 |
| 1.2 基因组岛基础理论知识 | 第11-14页 |
| 1.2.1 基因组岛简介 | 第11-12页 |
| 1.2.2 基因组岛分类 | 第12-14页 |
| 1.3 论文的主要工作与组织结构 | 第14-16页 |
| 2 基因组岛预测方法简介 | 第16-26页 |
| 2.1 引言 | 第16页 |
| 2.2 基因组岛预测方法的分类 | 第16-24页 |
| 2.2.1 基于单序列的预测方法 | 第18-22页 |
| 2.2.2 基于多序列的预测方法 | 第22页 |
| 2.2.3 综合预测方法 | 第22-23页 |
| 2.2.4 不完整基因组的预测方法 | 第23-24页 |
| 2.3 现有预测方法的不足 | 第24-25页 |
| 2.4 本章小结 | 第25-26页 |
| 3 基于多尺度分割的基因组岛预测方法 | 第26-45页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 材料与方法 | 第26-33页 |
| 3.2.1 基因组岛数据集 | 第26-27页 |
| 3.2.2 基因组岛识别算法MTGIpick | 第27-33页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第33-42页 |
| 3.3.1 k-mer值和窗口大小的关系 | 第33-34页 |
| 3.3.2 GIs/no-GIs分类实验 | 第34-36页 |
| 3.3.3 与IslandViewer数据库中方法比较分析 | 第36-37页 |
| 3.3.4 组装/非组装数据实验 | 第37-39页 |
| 3.3.5 L-dataset数据实验 | 第39-40页 |
| 3.3.6 S. enterica Typhi CT18数据实验 | 第40-42页 |
| 3.4 方法效率分析 | 第42-43页 |
| 3.5 本章小结 | 第43-45页 |
| 4 基因组岛可视化研究 | 第45-54页 |
| 4.1 引言 | 第45页 |
| 4.2 基于D3.js的可视化数据展示 | 第45-47页 |
| 4.2.1 D3.js简介 | 第45-46页 |
| 4.2.2 基因组岛数据的可视化动态展示 | 第46-47页 |
| 4.3 基于Java图形用户界面的软件开发 | 第47-51页 |
| 4.3.1 Java图形界面概述 | 第47-48页 |
| 4.3.2 MTGIpick软件设计 | 第48-49页 |
| 4.3.3 软件开发与测试 | 第49-51页 |
| 4.4 基于Web服务平台的搭建 | 第51-53页 |
| 4.4.1 Web环境搭建 | 第51-52页 |
| 4.4.2 MTGIpick在线分析平台 | 第52-53页 |
| 4.5 小结 | 第53-54页 |
| 5 基因组岛可视化数据库构建 | 第54-60页 |
| 5.1 引言 | 第54页 |
| 5.2 数据库简介 | 第54-55页 |
| 5.3 现有基因组岛数据库简介 | 第55-57页 |
| 5.3.1 IslandViewer | 第55页 |
| 5.3.2 PAI-DB | 第55-56页 |
| 5.3.3 Islander | 第56-57页 |
| 5.4 基因组岛数据库设计 | 第57-59页 |
| 5.4.1 简述数据库内容 | 第57-58页 |
| 5.4.2 基因组岛数据库构建 | 第58-59页 |
| 5.5 小结 | 第59-60页 |
| 6 总结与展望 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 附录 | 第69-72页 |
| 攻读学位期间研究成果 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73页 |