摘要 | 第1-6页 |
ABSTRACT | 第6-12页 |
第一章 绪论部分 | 第12-29页 |
1 侧跗叶蜂属研究概况 | 第13-14页 |
2 DNA序列生物学信息分析的方法 | 第14-19页 |
·DNA序列分析法概述 | 第15-16页 |
·DNA分子标记在昆虫系统学中的应用 | 第16-19页 |
·线粒体COI基因 | 第16-18页 |
·核糖体ITS2基因 | 第18-19页 |
3 分子系统发育树重建方法 | 第19-25页 |
·最大简约法(MP法) | 第19-21页 |
·最大似然法(ML法) | 第21-22页 |
·贝叶斯推论法(BI法) | 第22-23页 |
·距离矩阵法(distance-matrix method) | 第23-25页 |
4 数据系统发生信号强弱的评价及其评估方法 | 第25-26页 |
·数据系统发生信号强弱的评价 | 第25页 |
·数据系统发生信号评估方法 | 第25-26页 |
5 系统发生分析的可靠性与置信度检验 | 第26-28页 |
6 研究的目的及意义 | 第28-29页 |
第二章 实验材料与研究方法 | 第29-40页 |
1 实验样本 | 第29页 |
2 实验器材和试剂 | 第29-30页 |
·实验仪器及耗材 | 第29页 |
·实验试剂及配置 | 第29-30页 |
·实验试剂 | 第29-30页 |
·主要试剂配制 | 第30页 |
3 实验方法 | 第30-33页 |
·基因组DNA的提取 | 第30-32页 |
·目的基因及其引物的确定 | 第32页 |
·PCR扩增及其产物检测 | 第32-33页 |
4 实验数据处理和分析 | 第33-40页 |
·基因序列校正和拼接 | 第33页 |
·基因序列的比对及模糊比对序列的处理 | 第33页 |
·核苷酸序列组成分析 | 第33-34页 |
·序列数据系统发育信号检验 | 第34-36页 |
·g1统计值检验 | 第34页 |
·碱基饱和替换分析 | 第34-35页 |
·ILD检验 | 第35-36页 |
·重建系统发育树 | 第36-40页 |
·ML法建树 | 第36-37页 |
·MP法建树 | 第37-38页 |
·距离法建树 | 第38页 |
·BI法建树 | 第38-40页 |
第三章 结果分析与讨论 | 第40-78页 |
1 Siobla属的结果分析与讨论 | 第40-66页 |
·Siobla属基因组DNA提取、PCR扩增及测序结果 | 第40-43页 |
·COI基因序列数据分析 | 第43-56页 |
·COI基因核苷酸组成分析 | 第43-44页 |
·COI基因密码子及氨基酸使用频率分析 | 第44-45页 |
·COI基因碱基组成异质性分析 | 第45页 |
·COI基因碱基替换分析 | 第45-46页 |
·各数据组未校正的P距离 | 第46页 |
·COI基因数据组系统发育信号检验 | 第46-48页 |
·基于COI基因数据组的Siobla属系统发育分析 | 第48-55页 |
·基于COI基因数据的Siobla属分析结果与讨论 | 第55-56页 |
·ITS2 rDNA序列数据分析 | 第56-61页 |
·ITS2 rDNA基因核苷酸组成分析 | 第57页 |
·ITS2 rDNA碱基替换分析 | 第57-58页 |
·ITS2 rDNA碱基替换饱和分析 | 第58页 |
·基于ITS2 rDNA的Siobla属系统发育分析 | 第58-61页 |
·基于ITS2 rDNA序列数据对Siobla属系统发育关系的分析结果与讨论 | 第61页 |
·COI&ITS2 rDNA序列联合数据集分析 | 第61-65页 |
·COI&ITS2 rDNA联合数据集核苷酸组成分析 | 第61-62页 |
·COI&ITS2 rDNA数据集碱基替换分析 | 第62页 |
·COI&ITS2 rDNA数据集碱基替换饱和分析 | 第62-63页 |
·COI&ITS2 rDNA数据集可联合性分析 | 第63页 |
·Siobla属基于COI&ITS2 rDNA联合数据集的系统发育分析 | 第63-65页 |
·Siobla属基于COI&ITS2 rDNA联合数据集系统发育分析结果与讨论 | 第65页 |
·基于COI及ITS rDNA的Siobla属系统发育分析结果与讨论 | 第65-66页 |
·对Siobla属系统发育关系的分析结果与讨论 | 第65-66页 |
·不同数据集建树的比较 | 第66页 |
·不同建树方法的比较 | 第66页 |
2 Siobla venusta group系统发育关系分析 | 第66-78页 |
·S.venusta group内的系统发育关系分析 | 第68-76页 |
·COI基因核苷酸组成分析 | 第68-69页 |
·COI基因氨基酸组成与使用频率与分析 | 第69-70页 |
·COI基因碱基组成异质性分析 | 第70页 |
·COI基因碱基替换分析 | 第70-71页 |
·数据组未校正的P距离 | 第71-72页 |
·COI基因数据组系统发育信号检验 | 第72-73页 |
·Siobla venusta G.系统发育关系重建 | 第73-76页 |
·S.venusta G.的系统发育关系分析结果与讨论 | 第76-78页 |
·S. venusta G.分析结果与讨论 | 第76-77页 |
·S. venusta complex分析结果与讨论 | 第77-78页 |
第四章 结论 | 第78-82页 |
1 数据分析总结 | 第78-79页 |
·Siobla属的系统发育分析结论 | 第78页 |
·S.venusta group的系统发育分析结论 | 第78-79页 |
2 创新及不足之处 | 第79页 |
3 展望 | 第79-82页 |
参考文献 | 第82-92页 |
附录1 侧跗叶蜂属种团划分表(Niu&Wei,2010) | 第92-97页 |
附录2 Siobla属COI基因序列的替换型式异质性差异指数检验表 | 第97-99页 |
附录3 Siobla属昆虫COI基因数据组P距离及其标准差表 | 第99-101页 |
附录4 Siobla venusta group COI基因序列的替换型式异质性差异指数检验表 | 第101-102页 |
附录5 攻读硕士期间已发表论文 | 第102-104页 |
致谢 | 第104页 |