| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1 SS2概述 | 第14-19页 |
| ·猪链球菌的生物学特征、传播途径及环境存活能力 | 第14-15页 |
| ·SS2对人群产生的危害 | 第15-17页 |
| ·脑膜炎 | 第16页 |
| ·败血症 | 第16-17页 |
| ·链球菌中毒性休克综合征 | 第17页 |
| ·其它临床类型 | 第17页 |
| ·SS2致病机制研究进展 | 第17-19页 |
| ·SS2已鉴定的毒力因子 | 第17-19页 |
| ·SS2的毒力岛 | 第19页 |
| 2 基于DNA芯片的基因转录谱技术 | 第19-21页 |
| ·体外转录谱学的研究 | 第20-21页 |
| ·基因转录谱技术的基本步骤及原理 | 第21页 |
| 3 本研究的目的及意义 | 第21-24页 |
| 第二章 2型猪链球菌全基因组DNA芯片的研制 | 第24-35页 |
| 1 材料 | 第25页 |
| ·菌株 | 第25页 |
| ·主要仪器 | 第25页 |
| 2 方法 | 第25-30页 |
| ·菌株培养 | 第25-26页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第26页 |
| ·收集菌体 | 第26页 |
| ·裂解菌体 | 第26页 |
| ·核酸抽提 | 第26页 |
| ·基因组 DNA的纯化及检测 | 第26页 |
| ·挑选基因 | 第26页 |
| ·引物设计 | 第26-27页 |
| ·基因的PCR扩增 | 第27页 |
| ·扩增产物的纯化 | 第27页 |
| ·芯片点样 | 第27-28页 |
| ·芯片杂交 | 第28-29页 |
| ·荧光素标记基因组cDNA | 第28-29页 |
| ·芯片杂交 | 第29页 |
| ·芯片预处理 | 第29页 |
| ·杂交 | 第29页 |
| ·清洗芯片及扫描 | 第29页 |
| ·数据分析 | 第29页 |
| ·数据验证 | 第29-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-32页 |
| ·基因的挑选及引物设计 | 第30页 |
| ·基因的PCR扩增及纯化 | 第30-31页 |
| ·芯片杂交与评价 | 第31-32页 |
| 4 小结与讨论 | 第32-35页 |
| ·芯片研制过程中的改进 | 第32-33页 |
| ·荧光素标记的影响 | 第33页 |
| ·数据分析的影响 | 第33-35页 |
| 第三章 温度刺激2型猪链球菌全基因组表达的分析 | 第35-63页 |
| 1 材料 | 第35-36页 |
| ·菌株 | 第35页 |
| ·主要酶、试剂及试剂盒 | 第35-36页 |
| ·主要设备 | 第36页 |
| 2 方法 | 第36-44页 |
| ·菌体培养 | 第36-37页 |
| ·DNA芯片转录谱分析实验设计 | 第37-38页 |
| ·SS2总RNA的提取 | 第38-39页 |
| ·菌体收集和RNA固定 | 第38页 |
| ·菌体裂解 | 第38页 |
| ·沉淀核酸 | 第38页 |
| ·DNA污染的去除 | 第38页 |
| ·沉淀RNA | 第38-39页 |
| ·总RNA的荧光素标记 | 第39-40页 |
| ·逆转录生成氨基标记的cDNA | 第39页 |
| ·氨基标记cDNA纯化 | 第39页 |
| ·氨基标记cDNA的荧光素标记与纯化 | 第39-40页 |
| ·芯片杂交 | 第40-41页 |
| ·芯片的紫外交联与醛基封闭 | 第40页 |
| ·芯片的预杂交 | 第40页 |
| ·芯片杂交与漂洗 | 第40页 |
| ·数据分析 | 第40-41页 |
| ·实时定量RT-PCR | 第41-44页 |
| ·菌株培养 | 第41页 |
| ·Trizol提取细菌RNA的方法 | 第41页 |
| ·收集菌体 | 第41页 |
| ·裂解 | 第41页 |
| ·核酸抽提 | 第41页 |
| ·核酸沉淀 | 第41页 |
| ·核酸溶解及检测 | 第41页 |
| ·Ambion's DNA-free~(TM) kit去DNA污染 | 第41-42页 |
| ·逆转录 | 第42页 |
| ·Real-Time PCR反应 | 第42-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-62页 |
| ·菌体培养 | 第44-45页 |
| ·总RNA的提取 | 第45-46页 |
| ·cDNA探针的纯度检测 | 第46-47页 |
| ·温度(29℃/37℃)和(40℃/37℃)刺激元结果分析及讨论 | 第47-61页 |
| ·温度刺激元数据结果总体概述 | 第47-50页 |
| ·翻译后修饰、蛋白质转换及分子伴侣 | 第50-52页 |
| ·无机离子转运及代谢 | 第52-54页 |
| ·细胞膜生成及外膜蛋白 | 第54-56页 |
| ·细胞基础代谢及相关 | 第56-58页 |
| ·未知功能及其它 | 第58-61页 |
| ·qRT-PCR的验证 | 第61-62页 |
| 4 小结 | 第62-63页 |
| 第四章 小结与讨论 | 第63-65页 |
| 1 小结 | 第63页 |
| ·SS2全基因组DNA芯片的研制 | 第63页 |
| ·温度调节2型猪链球菌全基因组转录谱分析 | 第63页 |
| ·29℃vs37℃刺激元 | 第63页 |
| ·40℃vs37℃刺激元 | 第63页 |
| 2 讨论 | 第63-64页 |
| ·SS2全基因组DNA芯片的验证 | 第63-64页 |
| ·温度刺激元数据的分析 | 第64页 |
| 3 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 附录 | 第73-75页 |
| 在读硕士期间发表文章 | 第75页 |