| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 目录 | 第11-15页 |
| 第1章 前言 | 第15-33页 |
| ·微藻能源研究概况 | 第15-16页 |
| ·小球藻的生物学特性及其应用概述 | 第16-17页 |
| ·小球藻的分类和生物学特性 | 第16页 |
| ·小球藻的应用和市场前景 | 第16-17页 |
| ·微藻高效培养模式 | 第17-21页 |
| ·微藻常见培养模式 | 第17-18页 |
| ·小球藻培养模式及存在问题 | 第18-19页 |
| ·异养-稀释-光诱导串联培养技术 | 第19-21页 |
| ·微藻胞内生化组分合成和代谢的调控方式 | 第21-23页 |
| ·藻类基因组学和转录组学研究进展 | 第23-30页 |
| ·原核藻类基因组学研究 | 第23页 |
| ·真核藻类基因组学研究 | 第23-29页 |
| ·微藻转录组学研究 | 第29-30页 |
| ·本文的研究目的、意义和主要研究内容 | 第30-33页 |
| 第2章 小球藻异养/光诱导切换过程的生化和细胞水平变化特征与分析 | 第33-47页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·材料与方法 | 第33-35页 |
| ·藻种和培养基 | 第33页 |
| ·培养方法 | 第33-34页 |
| ·藻细胞密度测定 | 第34页 |
| ·碳水化合物的测定 | 第34页 |
| ·蛋白质含量测定 | 第34页 |
| ·叶绿体色素含量测定 | 第34页 |
| ·油脂含量的测定 | 第34-35页 |
| ·脂肪酸组成分析 | 第35页 |
| ·细胞显微和亚显微结构的观察 | 第35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-45页 |
| ·异养-稀释-光诱导培养过程中的藻细胞生长特性 | 第35-37页 |
| ·异养-稀释-光诱导串联培养过程中藻细胞内生化成分变化规律 | 第37-41页 |
| ·细胞显微和亚显微结构变化特征 | 第41-43页 |
| ·油脂含量的快速积累和脂肪酸组成变化 | 第43-45页 |
| ·本章小结 | 第45-47页 |
| 第3章 小球藻异养/光诱导消减杂交文库的构建和ESTS功能分析 | 第47-74页 |
| ·引言 | 第47-48页 |
| ·材料和方法 | 第48-55页 |
| ·蛋白核小球藻的培养和总RNA提取 | 第48页 |
| ·mRNA分离和cDNA合成 | 第48-49页 |
| ·RsaⅠ酶切和接头连接 | 第49-50页 |
| ·杂交及PCR扩增 | 第50-52页 |
| ·PCR产物纯化 | 第52-53页 |
| ·T-载体连接、转化和单克隆检测 | 第53-54页 |
| ·正反消减文库ESTs测序、数据处理与功能分析 | 第54页 |
| ·差异表达基因的半定量RT-PCR验证 | 第54-55页 |
| ·结果和讨论 | 第55-73页 |
| ·小球藻总RNA的提取与mRNA的分离 | 第55-56页 |
| ·cDNA合成与酶切效果分析 | 第56-57页 |
| ·接头连接及文库插入片段的检测 | 第57-58页 |
| ·正反消减文库的特性分析 | 第58-60页 |
| ·序列装配、功能注释及生物信息学分析 | 第60-63页 |
| ·差异表达基因的RT-PCR表达分析 | 第63-64页 |
| ·差异表达ESTs生物学功能分析 | 第64-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第4章 蛋白核小球藻全基因组测序和分析 | 第74-100页 |
| ·引言 | 第74页 |
| ·材料和方法 | 第74-79页 |
| ·蛋白核小球藻藻种及培养条件 | 第74-75页 |
| ·蛋白核小球藻基因组DNA的提取和18S rDNA鉴定 | 第75页 |
| ·基于Roche 454 GS-FLX Titanium的全基因组测序 | 第75-76页 |
| ·454数据的质量控制 | 第76-77页 |
| ·重叠区的拼接及基因组骨架的组装 | 第77页 |
| ·蛋白核小球藻基因结构的预测 | 第77-78页 |
| ·蛋白核小球藻细胞核编码基因的功能注释 | 第78页 |
| ·小球藻氨基酸和密码子使用偏好性分析 | 第78页 |
| ·前导肽和蛋白的亚细胞定位预测 | 第78-79页 |
| ·基因组的重复序列标识 | 第79页 |
| ·有性生殖和减数分裂相关基因的预测 | 第79页 |
| ·结果和讨论 | 第79-98页 |
| ·蛋白核小球藻基因组DNA的质量控制 | 第79-80页 |
| ·蛋白核小球藻的18S rDNA鉴定和进化地位 | 第80-82页 |
| ·基因组测序数据的QC处理及拼接组装 | 第82-84页 |
| ·基因结构的预测和功能注释 | 第84-89页 |
| ·小球藻的氨基酸及密码子使用频率分析 | 第89-94页 |
| ·蛋白核小球藻核基因组编码蛋白的前导肽和亚细胞定位分析 | 第94-95页 |
| ·蛋白核小球藻基因组的重复序列分析 | 第95-97页 |
| ·蛋白核小球藻参与减数分裂和有性生殖过程的基因分析 | 第97页 |
| ·蛋白核小球藻参与细胞壁代谢基因分析 | 第97-98页 |
| ·本章小结 | 第98-100页 |
| 第5章 单细胞真核微藻的比较基因组学研究 | 第100-115页 |
| ·引言 | 第100页 |
| ·材料和方法 | 第100-102页 |
| ·核基因组编码蛋白的同源性比较分析 | 第100-101页 |
| ·核心和特异性蛋白质组的鉴定和分析 | 第101页 |
| ·直系同源基因的鉴定 | 第101页 |
| ·直系同源基因的进化选择压力计算和功能注释 | 第101-102页 |
| ·结果和讨论 | 第102-114页 |
| ·蛋白核小球藻核基因组蛋白序列的遗传特性 | 第102-104页 |
| ·蛋白核小球藻基因组编码蛋白的功能多样性分析 | 第104-106页 |
| ·绿藻直系同源基因的鉴定和分析 | 第106-107页 |
| ·绿藻直系同源基因的功能和进化分析 | 第107-114页 |
| ·本章小结 | 第114-115页 |
| 第6章 蛋白核小球藻异养/光诱导切换过程的转录组学研究 | 第115-135页 |
| ·引言 | 第115页 |
| ·材料和方法 | 第115-117页 |
| ·藻种和培养条件 | 第115-116页 |
| ·转录组文库构建方法和测序 | 第116页 |
| ·测序reads统计分析 | 第116页 |
| ·基因表达水平标准化处理 | 第116页 |
| ·差异表达基因和代谢途径分析 | 第116-117页 |
| ·结果和讨论 | 第117-133页 |
| ·RNA-seq reads统计分析 | 第117-120页 |
| ·差异表达基因的聚类和功能分析 | 第120-124页 |
| ·异养和中心碳代谢途径重构和表达调控 | 第124-127页 |
| ·光合作用和色素代谢相关途径表达调控 | 第127-128页 |
| ·脂肪酸和甘油酯合成代谢途径的重构和差异表达 | 第128-132页 |
| ·淀粉合成和代谢途径及其差异表达 | 第132-133页 |
| ·本章小结 | 第133-135页 |
| 第7章 结论和展望 | 第135-139页 |
| ·研究结论 | 第135-137页 |
| ·特色与创新之处 | 第137页 |
| ·展望与建议 | 第137-139页 |
| 参考文献 | 第139-153页 |
| 攻读学位期间的主要研究成果 | 第153-155页 |
| 致谢 | 第155-157页 |
| 个人简介 | 第157-158页 |
| 附录 | 第158-169页 |
