| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-18页 |
| ·课题研究背景 | 第9-10页 |
| ·课题研究意义 | 第10-11页 |
| ·研究现状 | 第11-15页 |
| ·测序技术发展趋势 | 第11-13页 |
| ·序列拼接中的关键难题 | 第13-14页 |
| ·序列拼接技术的研究现状 | 第14-15页 |
| ·研究的主要内容 | 第15-16页 |
| ·论文组织结构 | 第16-18页 |
| 第二章 基于de Bruijn图的序列拼接技术分析 | 第18-26页 |
| ·基于de Bruijn图的序列拼接原理 | 第18-20页 |
| ·基于de Bruijn图的序列拼接技术分析 | 第20-25页 |
| ·Velvet拼接技术 | 第20-21页 |
| ·Soapdenovo拼接技术 | 第21页 |
| ·Idba拼接技术 | 第21-22页 |
| ·Abyss拼接技术 | 第22页 |
| ·性能测试与分析 | 第22-25页 |
| ·本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 双向de Bruijn图 | 第26-33页 |
| ·双向de Bruijn图的数学描述 | 第26-30页 |
| ·双向de Bruijn图的顶点 | 第26-27页 |
| ·单步-双向边和单步-双向de Bruijn图 | 第27-29页 |
| ·多步-双向边和多步-双向de Bruijn图 | 第29-30页 |
| ·双向de Bruijn图的性质 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-33页 |
| 第四章 基于双向de Bruijn图的并行序列拼接的实现 | 第33-51页 |
| ·并行编程相关技术 | 第33-34页 |
| ·并行编程模型 | 第33页 |
| ·MPI相关简介 | 第33-34页 |
| ·序列拼接平台 | 第34页 |
| ·模拟数据集生成 | 第34-35页 |
| ·基于双向de Bruijn图的并行序列拼接技术的具体实现 | 第35-49页 |
| ·并行序列拼接技术中功能子模块的划分 | 第35-36页 |
| ·并行I/O存储模块的实现 | 第36-39页 |
| ·单步-双向de Bruijn子图的构建 | 第39-44页 |
| ·单步-双向de Bruijn图的分布式存储与构建 | 第44-47页 |
| ·单步-双向de Bruijn图邻边融合的实现 | 第47-49页 |
| ·本章小结 | 第49-51页 |
| 第五章 基于双向de Bruijn图的并行拼接技术测试与分析 | 第51-61页 |
| ·测试数据集 | 第51页 |
| ·并行计算的相关评价方法 | 第51-52页 |
| ·基于双向deBruijn图的并行拼接技术的性能评测 | 第52-57页 |
| ·并行I/O模块的性能测试 | 第52-54页 |
| ·单步-双向de Bruijn图的构建性能测试 | 第54-56页 |
| ·单步-双向de Bruijn图邻边融合性能测试 | 第56-57页 |
| ·综合性能分析与测试 | 第57-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 第六章 总结与展望 | 第61-63页 |
| ·工作总结 | 第61-62页 |
| ·工作展望 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 作者攻读硕士学位期间的主要研究成果 | 第68页 |
