| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 1 绪论 | 第7-16页 |
| ·课题来源 | 第7页 |
| ·生物系统建模与仿真的相关背景 | 第7-10页 |
| ·系统生物学中建模与仿真研究现状 | 第10-13页 |
| ·本文的创新之处 | 第13-14页 |
| ·本文组织结构 | 第14-16页 |
| 2 基于P系统的系统生物学建模框架 | 第16-25页 |
| ·P系统的产生与发展介绍 | 第16-17页 |
| ·P系统的生物学基础 | 第17-19页 |
| ·标准的P系统与SAT问题实例 | 第19-23页 |
| ·基于P系统的系统生物学建模框架 | 第23-24页 |
| ·本章小结 | 第24-25页 |
| 3 生化反应系统的仿真算法 | 第25-46页 |
| ·传统生化反应仿真算法 | 第25-27页 |
| ·单步随机仿真算法 | 第27-31页 |
| ·Tau Leaping随机仿真算法 | 第31-36页 |
| ·Tau Leaping算法中参数Υ选择的优化 | 第36-40页 |
| ·参数Υ选择算法性能分析 | 第40-42页 |
| ·Schl(o|¨)gl模型变化率控制参数∈_i的计算实例 | 第42-44页 |
| ·本章小结 | 第44-46页 |
| 4 基于P系统框架多室生化反应仿真算法 | 第46-58页 |
| ·基于P系统的单步随机仿真算法 | 第46-48页 |
| ·基于P系统的Tau Leaping随机仿真算法 | 第48-50页 |
| ·两种算法的比较 | 第50-51页 |
| ·费氏弧菌群体感应机制模型的多室反应系统仿真实例 | 第51-57页 |
| ·本章小节 | 第57-58页 |
| 5 结论 | 第58-62页 |
| ·全文总结 | 第58-60页 |
| ·展望与未来的工作 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 附录1 攻读学位期间发表论文目录 | 第68页 |