| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-16页 |
| 缩略词 | 第16-17页 |
| 引言 | 第17-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-49页 |
| 1 微卫星 | 第19-39页 |
| ·核微卫星 | 第19-33页 |
| ·核微卫星的分类 | 第19-20页 |
| ·微卫星重复数目的界定 | 第20-21页 |
| ·微卫星的分布 | 第21-23页 |
| ·物种差异 | 第21页 |
| ·染色体间的差异 | 第21-22页 |
| ·基因和基因间隔区上的差异 | 第22-23页 |
| ·微卫星的功能 | 第23-24页 |
| ·微卫星起源与进化 | 第24-26页 |
| ·微卫星起源 | 第24-25页 |
| ·SSRs突变的分子机理 | 第25-26页 |
| ·影响微卫星变异的因素 | 第26-27页 |
| ·重复数目 | 第26-27页 |
| ·重复类型 | 第27页 |
| ·侧翼序列 | 第27页 |
| ·重组 | 第27页 |
| ·微卫星变异的理论模型 | 第27-28页 |
| ·微卫星的应用 | 第28-30页 |
| ·植物群体遗传多样性分析 | 第28页 |
| ·种质鉴定和品种分类 | 第28-29页 |
| ·构建遗传连锁图谱 | 第29页 |
| ·制作DNA指纹图谱 | 第29页 |
| ·功能基因定位和QTLs分析 | 第29-30页 |
| ·分子标记辅助选择 | 第30页 |
| ·微卫星位点的开发 | 第30-33页 |
| ·直接开发 | 第30-32页 |
| ·随机基因组文库测序法 | 第30-31页 |
| ·富集微卫星分离法 | 第31页 |
| ·基于类似ISSR-PCR方法的分离策略 | 第31-32页 |
| ·5'锚定PCR法 | 第32页 |
| ·STMP和SAM分离 | 第32页 |
| ·间接开发 | 第32-33页 |
| ·叶绿体微卫星 | 第33-39页 |
| ·叶绿体及叶绿体微卫星的特点 | 第33-34页 |
| ·cpSSR开发方法 | 第34页 |
| ·cpSSR研究进展 | 第34-38页 |
| ·群体遗传结构 | 第34-35页 |
| ·基因流动与进化 | 第35-36页 |
| ·种质传播方式 | 第36-37页 |
| ·物种演化 | 第37页 |
| ·胞质遗传特性 | 第37-38页 |
| ·种群分类 | 第38页 |
| ·cpSSR应用的前景和展望 | 第38-39页 |
| 2 系统发育 | 第39-43页 |
| ·分子进化 | 第39-40页 |
| ·DNA进化 | 第40页 |
| ·序列的选择 | 第40-43页 |
| ·叶绿体基因组(cpDNA) | 第41-42页 |
| ·rbcL基因 | 第41页 |
| ·其它叶绿体(cpDNA)基因 | 第41-42页 |
| ·非编码区序列 | 第42页 |
| ·核基因组(nDNA) | 第42-43页 |
| ·ITS(内转录间隔区) | 第42-43页 |
| 3 核果类果树系统发育的研究 | 第43-48页 |
| ·形态学分析 | 第43-44页 |
| ·同工酶分析 | 第44页 |
| ·孢粉学分析 | 第44-45页 |
| ·细胞学分析 | 第45-46页 |
| ·分子标记 | 第46-47页 |
| ·分子序列分析 | 第47-48页 |
| 4 展望 | 第48-49页 |
| 第二章 梅核微卫星的开发 | 第49-79页 |
| 第一节 一种简便的果树夏秋梢硅胶干燥叶DNA的提取方法 | 第49-56页 |
| 1 材料与方法 | 第50-52页 |
| ·材料 | 第50页 |
| ·采样与保存 | 第50页 |
| ·DNA提取 | 第50-51页 |
| ·预磨样 | 第50页 |
| ·提取步骤 | 第50-51页 |
| ·DNA浓度检测 | 第51页 |
| ·DNA质量检测 | 第51页 |
| ·DNA酶切检测 | 第51页 |
| ·PCR检测 | 第51-52页 |
| ·提取方法的通用性检验 | 第52页 |
| 2 结果与分析 | 第52-54页 |
| ·DNA浓度与质量 | 第52-53页 |
| ·酶切效果 | 第53-54页 |
| ·PCR检测 | 第54页 |
| ·方法的通用性检验 | 第54页 |
| 3 讨论 | 第54-56页 |
| 第二节 改进双抑制PCR法快速开发梅核微卫星 | 第56-67页 |
| 1 材料与方法 | 第57-61页 |
| ·植物材料 | 第57页 |
| ·DNA提取 | 第57页 |
| ·DNA限制性文库的构建 | 第57-59页 |
| ·限制性酶切 | 第57-58页 |
| ·双链接头合成 | 第58页 |
| ·接头连接 | 第58-59页 |
| ·ISSR扩增及检测 | 第59页 |
| ·PCR产物的连接 | 第59-60页 |
| ·转化大肠杆菌 | 第60页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制作 | 第60页 |
| ·转化大肠杆菌 | 第60页 |
| ·克隆的PCR检测 | 第60页 |
| ·一侧引物设计及巢式PCR | 第60-61页 |
| ·引物的多态性验证 | 第61页 |
| 2 结果与分析 | 第61-65页 |
| ·酶切及ISSR扩增结果 | 第61-62页 |
| ·连接转化及阳性克隆的PCR检测 | 第62-63页 |
| ·测序、引物设计及巢式PCR | 第63-64页 |
| ·第二轮测序及引物设计 | 第64页 |
| ·SSR位点的多态性验证 | 第64-65页 |
| 3 讨论 | 第65-67页 |
| 第三节 精确预测:一个100%测序效率、基于巢式PCR的微卫星开发模型 | 第67-79页 |
| 1 材料与方法 | 第68-72页 |
| ·材料 | 第68页 |
| ·DNA提取 | 第68页 |
| ·接头设计 | 第68-69页 |
| ·限制性DNA文库的构建 | 第69页 |
| ·限制性片段的PCR扩增 | 第69-70页 |
| ·改进的磁珠捕捉程序 | 第70页 |
| ·PCR及产物克隆 | 第70-71页 |
| ·克隆的巢式PCR检测 | 第71-72页 |
| ·微卫星精确预测 | 第72页 |
| ·模型建立 | 第72页 |
| ·软件的设计与编写 | 第72页 |
| ·精确预测 | 第72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-76页 |
| ·限制性片段的扩增 | 第72-73页 |
| ·克隆及其巢式PCR检测 | 第73-74页 |
| ·精确预测 | 第74页 |
| ·不同SSR分离方法的对比 | 第74-76页 |
| 3 讨论 | 第76-79页 |
| 第三章 核果类果树通用叶绿体微卫星的开发 | 第79-100页 |
| 第一节 拟南芥叶绿体DNA全序列微卫星分布规律的分析 | 第79-87页 |
| 1 材料与方法 | 第80-81页 |
| 2 结果与分析 | 第81-85页 |
| ·拟南芥cpSSR的丰度 | 第81页 |
| ·重复基元分布 | 第81-83页 |
| ·单碱基微卫星碱基分布 | 第81-82页 |
| ·二碱基微卫星碱基分布 | 第82-83页 |
| ·重复方式分布 | 第83-84页 |
| ·重复次数分布 | 第84-85页 |
| 3 讨论 | 第85-87页 |
| 第二节 应用非编码区测序法和生物信息学方法开发核果类果树通用叶绿体微卫星 | 第87-100页 |
| 1 材料与方法 | 第88-92页 |
| ·植物材料 | 第88-90页 |
| ·NRS方法开发梅cpSSR | 第90-92页 |
| ·基因组总DNA提取 | 第90页 |
| ·非编码区的选择 | 第90页 |
| ·巢式PCR筛选 | 第90页 |
| ·克隆、筛选、测序 | 第90-91页 |
| ·序列分析及引物设计 | 第91-92页 |
| ·cpSSR引物的验证及核果类进化分析 | 第92页 |
| ·生物信息学方法开发核果类果树cpSSR | 第92页 |
| 2 结果与分析 | 第92-98页 |
| ·NRS方法开发梅cpSSR | 第92-93页 |
| ·cpSSR引物的验证 | 第93-96页 |
| ·单倍型多样性 | 第96-97页 |
| ·生物信息学方法开发cDSSR | 第97-98页 |
| 3 讨论 | 第98-100页 |
| 第四章 核果类果树系统发育研究 | 第100-129页 |
| 第一节 核果类果树叶绿体atpB-rbcL序列分子进化及系统发育研究 | 第100-113页 |
| 1 材料与方法 | 第101-103页 |
| ·材料 | 第101页 |
| ·DNA提取 | 第101-103页 |
| ·PCR扩增、测序 | 第103页 |
| ·序列分析 | 第103页 |
| 2 结果与分析 | 第103-110页 |
| ·PCR结果 | 第103-104页 |
| ·序列长度和碱基差异 | 第104页 |
| ·分子方差分析及变异分布分析 | 第104-109页 |
| ·遗传距离分析 | 第109页 |
| ·系统发育树的构建 | 第109-110页 |
| 3 讨论 | 第110-113页 |
| ·atpB-rbcL序列的分子进化 | 第110页 |
| ·核果类果树进化分析 | 第110-113页 |
| 第二节 核果类果树核糖体ITS序列分子进化及系统发育关系 | 第113-129页 |
| 1 材料与方法 | 第114-117页 |
| ·材料 | 第114页 |
| ·DNA提取 | 第114-116页 |
| ·PCR扩增 | 第116页 |
| ·克隆测序 | 第116页 |
| ·序列分析 | 第116-117页 |
| 2 结果与分析 | 第117-125页 |
| ·PCR结果 | 第117页 |
| ·各树种序列长度和碱基差异 | 第117-120页 |
| ·分子方差分析 | 第120-122页 |
| ·系统发育树的构建 | 第122-125页 |
| 3 讨论 | 第125-129页 |
| ·ITS序列的分子进化 | 第125页 |
| ·梅的起源 | 第125-126页 |
| ·辽杏的分类地位 | 第126页 |
| ·桃进化分析 | 第126-127页 |
| ·李的亲缘关系 | 第127页 |
| ·核果类果树系统发育关系 | 第127-129页 |
| 全文讨论 | 第129-133页 |
| 1 nSSR的开发 | 第129-130页 |
| ·DSP开发nSSR | 第129页 |
| ·AFC开发模型 | 第129-130页 |
| 2 cpSSR的开发 | 第130-131页 |
| 3 核果类果树系统发育分析 | 第131-133页 |
| 全文结论 | 第133-135页 |
| 创新点 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-148页 |
| 附录 | 第148-164页 |
| 1 学习期间自主开发的2个软件 | 第148-151页 |
| ·实验室常用换算系统 | 第148-150页 |
| ·Accurate Forecast Microsatellite 1.0 | 第150-151页 |
| 2 DSP开发的梅nSSR序列 | 第151-153页 |
| 3 AFC开发的梅nSSR序列 | 第153-155页 |
| 4 梅叶绿体非编码区序列 | 第155-157页 |
| 5 核果类果树ITS遗传距离矩阵 | 第157-158页 |
| 6 核果类果树atpB-rbcL遗传距离矩阵 | 第158-161页 |
| 7 常用溶液配方 | 第161-164页 |
| 攻读博士期间发表的论文目录 | 第164-165页 |
| 致谢 | 第165页 |
