| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 1 绪论 | 第10-14页 |
| ·生物序列比较的研究背景 | 第10页 |
| ·分子生物学的一些基础知识 | 第10-12页 |
| ·生物序列比较的研究现状 | 第12-13页 |
| ·本文的主要研究内容和安排 | 第13-14页 |
| ·本文的主要研究内容 | 第13页 |
| ·本文组织结构 | 第13-14页 |
| 2 生物序列比较方法的研究概述 | 第14-23页 |
| ·引言 | 第14页 |
| ·序列比对 | 第14-17页 |
| ·双序列比对 | 第14-16页 |
| ·多序列比对 | 第16-17页 |
| ·非比对方法 | 第17-22页 |
| ·马尔可夫模型 | 第17-19页 |
| ·字统计模型 | 第19-20页 |
| ·序列复杂度方法 | 第20-21页 |
| ·几何图形法 | 第21-22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 3 基于 LZ 复杂度与动态规划的序列比较算法 | 第23-33页 |
| ·引言 | 第23页 |
| ·LZ 复杂度算法 | 第23-25页 |
| ·LZ 复杂度 | 第23-24页 |
| ·相似性度量 | 第24-25页 |
| ·动态规划 | 第25-28页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法 | 第25-27页 |
| ·Smith-Waterman 算法 | 第27-28页 |
| ·LZ 复杂度-动态规划混合算法 | 第28-31页 |
| ·混合算法的设计 | 第28-29页 |
| ·算法的评估 | 第29-31页 |
| ·本章小结 | 第31-33页 |
| 4 基于极坐标和曲线树的序列比较算法 | 第33-48页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·DNA 序列图形表示 | 第33-37页 |
| ·2D 图形表示 | 第33-35页 |
| ·3D 图形表示 | 第35-36页 |
| ·高维图形表示 | 第36-37页 |
| ·序列的数值刻画 | 第37-38页 |
| ·极坐标-曲线树的算法 | 第38-42页 |
| ·序列的极坐标表示 | 第38-40页 |
| ·曲线树的构建 | 第40-42页 |
| ·极坐标-曲线树算法的评估 | 第42-46页 |
| ·基于极坐标表示的 DNA 序列相似性定性分析 | 第42-43页 |
| ·基于极坐标-曲线树算法的 DNA 序列相似性定量分析 | 第43-46页 |
| ·本章小结 | 第46-48页 |
| 5 总结与展望 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 附录 | 第55页 |