| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 缩写词表(Abbreviations) | 第9-15页 |
| 1 前言 | 第15-28页 |
| ·深海微生物研究概况 | 第15-20页 |
| ·深海环境的特点 | 第15-16页 |
| ·深海微生物研究的历程 | 第16-17页 |
| ·深海微生物研究的意义和迫切性 | 第17-20页 |
| ·基因芯片研究进展 | 第20-22页 |
| ·基因芯片发展过程 | 第20-22页 |
| ·基因芯片面临的挑战 | 第22页 |
| ·细胞内铁离子调控因子及研究WP3的铁离子调控因子的意义 | 第22-28页 |
| ·铁离子调控因子介绍 | 第22-24页 |
| ·研究深海耐压菌WP3中铁离子调控因子-Fur的意义 | 第24-28页 |
| 2 材料与方法 | 第28-48页 |
| ·材料 | 第28-34页 |
| ·引物 | 第28-29页 |
| ·主要仪器 | 第29-30页 |
| ·工具软件 | 第30页 |
| ·主要试剂 | 第30-31页 |
| ·工具酶 | 第31页 |
| ·试剂盒 | 第31页 |
| ·常用溶液、培养基的配制 | 第31-34页 |
| ·方法 | 第34-48页 |
| ·不同条件下的细菌培养 | 第35页 |
| ·细菌总DNA的提取 | 第35页 |
| ·WP3总RNA的提取 | 第35-36页 |
| ·基因组DNA的去除及RNA的纯化 | 第36页 |
| ·DNA乙醇沉淀 | 第36-37页 |
| ·PCR反应 | 第37页 |
| ·菌落PCR | 第37-38页 |
| ·琼脂糖凝胶上DNA片段的回收 | 第38页 |
| ·PCR产物的回收 | 第38页 |
| ·核酸内切酶酶切反应 | 第38页 |
| ·质粒去磷酸化处理 | 第38页 |
| ·连接反应 | 第38-39页 |
| ·化学感受态细胞的制备 | 第39页 |
| ·质粒的化学转化 | 第39页 |
| ·质粒提取 | 第39页 |
| ·同源性比对 | 第39页 |
| ·反转录PCR(RT—PCR) | 第39-40页 |
| ·Real time PCR | 第40-41页 |
| ·缺失突变载体和突变菌株的构建(双亲杂交) | 第41-43页 |
| ·基因芯片扫描及分析 | 第43-46页 |
| ·Fur box的生物信息学预测 | 第46页 |
| ·Fe2+浓度检测 | 第46-47页 |
| ·细菌H2O2耐受性实验 | 第47页 |
| ·细胞色素C检测 | 第47-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-73页 |
| ·Fur基因删除突变株的构建 | 第48页 |
| ·Fur删除突变导致厌氧呼吸能力受到抑制 | 第48-50页 |
| ·Fur菌株在不同铁离子浓度条件下的生长速率与WP3野生菌株有很大的差异 | 第50-51页 |
| ·Fur删除突变导致H2O2耐受性下降 | 第51-52页 |
| ·Fur突变/WP3野生菌株和WP3缺铁培养/WP3富铁培养基因芯片结果分析 | 第52-64页 |
| ·RNA提取及质量检测 | 第52-53页 |
| ·芯片杂交及扫描 | 第53-54页 |
| ·荧光定量PCR验证基因芯片数据可靠性 | 第54-55页 |
| ·基因芯片数据分析 | 第55-64页 |
| ·基因芯片数据全局性分析 | 第55-59页 |
| ·在两组表达谱中均上调的基因 | 第59-60页 |
| ·在两组表达谱均下调的基因 | 第60-62页 |
| ·在两组表达谱中差异表达方向相反的基因 | 第62-64页 |
| ·Fur box的生物信息学预测 | 第64-65页 |
| ·Fur删除突变株厌氧能力受抑制原因分析及生理生化验证验证 | 第65-68页 |
| ·Fur删除突变导致细胞内Fe2+浓度上升 | 第68-69页 |
| ·硫酸盐同化作用合成半胱氨酸对WP3适应低铁环境具有重要意义 | 第69-70页 |
| ·Fur以不同方式调控两个相邻基因FeoAB基因与omcAB基因 | 第70-71页 |
| ·Fur全局性调控总结 | 第71-73页 |
| 4 结论与展望 | 第73-74页 |
| ·结论 | 第73页 |
| ·展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-79页 |
| 附录 | 第79-119页 |
| 致谢 | 第119页 |
