| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第1章 引言 | 第8-13页 |
| ·研究背景 | 第8页 |
| ·DNA序列拼接 | 第8-10页 |
| ·国内外研究现状 | 第10-11页 |
| ·Overlap-Layout-Consensus方式 | 第10页 |
| ·Euler方式 | 第10页 |
| ·重复序列预屏蔽方式 | 第10-11页 |
| ·本文所做工作 | 第11-12页 |
| ·本文的组织结构 | 第12-13页 |
| 第2章 DNA序列拼接中的重复序列处理 | 第13-20页 |
| ·重复序列(Repeats)引发的问题 | 第13-14页 |
| ·Overlap-Layout-Consensus方式对重复序列的处理 | 第14-15页 |
| ·Euler方式对重复序列的处理 | 第15-17页 |
| ·对重复序列的预处理 | 第17-19页 |
| ·小结 | 第19-20页 |
| 第3章 基于定长子串的重复序列预归并方法 | 第20-27页 |
| ·基本思想 | 第20-21页 |
| ·构建k-mer子串统计表S | 第21-23页 |
| ·预归并特征子串 | 第23-24页 |
| ·预归并并识别重复序列 | 第24-26页 |
| ·小结 | 第26-27页 |
| 第4章 基于变长子串的重复序列预归并方法 | 第27-36页 |
| ·基本思想 | 第27-29页 |
| ·构建变长子串h×w统计表S | 第29-31页 |
| ·变长子串的直接预归并 | 第31-32页 |
| ·预归并并识别重复序列 | 第32-34页 |
| ·小结 | 第34-36页 |
| 第5章 计算机模拟分析 | 第36-41页 |
| ·两种方法的计算复杂性 | 第36-37页 |
| ·两种方法的模拟分析 | 第37-40页 |
| ·小结 | 第40-41页 |
| 第6章 总结和展望 | 第41-43页 |
| ·全文总结 | 第41-42页 |
| ·展望 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-46页 |
| 在校期间发表的论文 | 第46-47页 |
| 致谢 | 第47页 |