| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 绪论 | 第13-15页 |
| 第一章 基因组上下文分析方法（Genome context methods） | 第15-23页 |
| ·概述 | 第15页 |
| ·同源基因（homologous gene） | 第15-17页 |
| ·基因组上下文分析方法的理论基础 | 第17-20页 |
| ·系统发生谱方法 | 第18页 |
| ·基因邻居方法 | 第18-19页 |
| ·基因融合方法 | 第19-20页 |
| ·统计学的检验 | 第20-23页 |
| ·系统发生谱方法 | 第20-21页 |
| ·基因邻居方法 | 第21-22页 |
| ·基因融合方法 | 第22-23页 |
| 第二章 构建基因组上下文网络的工具 | 第23-29页 |
| ·概述 | 第23页 |
| ·程序概览 | 第23-24页 |
| ·输入 | 第24页 |
| ·输出 | 第24页 |
| ·网络的计算 | 第24-27页 |
| ·基因组上下文网络的展示和处理 | 第27页 |
| ·实现 | 第27页 |
| ·使用 | 第27-28页 |
| ·本章小结 | 第28-29页 |
| 第三章 基于基因关系网络的生命 | 第29-48页 |
| ·概述 | 第29-31页 |
| ·材料与方法 | 第31-35页 |
| ·数据集的选取 | 第31页 |
| ·确定直系同源基因 | 第31-32页 |
| ·构建基因组上下文网络 | 第32页 |
| ·一对网络间的距离度量 | 第32页 |
| ·系统发育树推断和稳健性检验 | 第32-35页 |
| ·模拟分析 | 第35页 |
| ·比较Actinobacteria 和Firmicutes 中RNA 结构中双链茎部的GC 含量 | 第35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-42页 |
| ·整个树的拓扑结构 | 第36-38页 |
| ·细菌分枝 | 第38-41页 |
| ·古细菌和真核分枝 | 第41-42页 |
| ·针对我们策略的一些讨论 | 第42-47页 |
| ·直系同源选取的标准 | 第42-43页 |
| ·基因关系筛选用的p 值选取对结果影响不大 | 第43页 |
| ·不同的网络预测方法对构建最终的系统发育树的贡献 | 第43-44页 |
| ·Deuterostomia 基因组的大网络吸引效应 | 第44页 |
| ·和其它系统发育组学方法的相比 | 第44-45页 |
| ·网络的准确性和广度对系统发育树的影响 | 第45-47页 |
| ·本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章总结与展望 | 第48-50页 |
| ·总结 | 第48页 |
| ·展望 | 第48-50页 |
| ·强调群体生物学在进化研究中的重要性 | 第48-49页 |
| ·生物体是个复杂系统，而不是基因的简单合集 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-55页 |
| 附录 | 第55-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第86页 |
