| 摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 缩略词表 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-32页 |
| 1 基因组印记的研究概述 | 第17-27页 |
| ·概念及其起源 | 第17页 |
| ·特征 | 第17-19页 |
| ·甲基化与基因组印记 | 第19-21页 |
| ·印记基因的表达调控 | 第21-22页 |
| ·启动子区的修饰 | 第21页 |
| ·反义转录本的调控 | 第21页 |
| ·边界元件(boundary element)作用 | 第21页 |
| ·沉默子 | 第21-22页 |
| ·印记基因与个体发育 | 第22-24页 |
| ·印记基因对胚胎发育的影响 | 第22-23页 |
| ·印记基因对胎盘发育的影响 | 第23页 |
| ·印记基因与生长发育疾病 | 第23-24页 |
| ·家畜中的印记基因研究现状 | 第24-26页 |
| ·DIO3和RTL1所在的印记区域研究进展 | 第26-27页 |
| 2 拟研究目的基因的研究现状 | 第27-32页 |
| ·DIO3基因 | 第27-29页 |
| ·RTL1基因 | 第29页 |
| ·Neuronatin(NNAT)基因 | 第29-30页 |
| ·DIRAS3基因 | 第30-31页 |
| ·COPG2基因 | 第31页 |
| ·LCAT基因 | 第31-32页 |
| 第二章 研究的意义和目的 | 第32-33页 |
| 第三章 材料与方法 | 第33-53页 |
| 1 材料 | 第33-37页 |
| ·样品 | 第33-34页 |
| ·用于分离基因、克隆启动子和寻找SNP的样品 | 第33页 |
| ·用于印记和甲基化状态分析的样品 | 第33页 |
| ·用于品种分型的样品 | 第33页 |
| ·用于性状关联分析的DNA样品 | 第33-34页 |
| ·用于研究基因时空表达的RNA样品 | 第34页 |
| ·细胞系、菌株和载体 | 第34页 |
| ·常用的仪器和设备 | 第34页 |
| ·常用的试剂 | 第34-35页 |
| ·主要化学试剂及缓冲液的配制 | 第35-37页 |
| ·常用生物学软件 | 第37页 |
| ·常用网站 | 第37页 |
| 2 试验方法 | 第37-53页 |
| ·猪基因组DNA的提取及鉴定 | 第37-38页 |
| ·猪基因组DNA的提取 | 第37-38页 |
| ·DNA浓度的测定和质量检测 | 第38页 |
| ·总RNA的提取和cDNA的制备 | 第38-40页 |
| ·总RNA的提取 | 第38-39页 |
| ·总RNA的除基因组DNA处理 | 第39页 |
| ·cDNA的合成 | 第39-40页 |
| ·目的基因的分离 | 第40-44页 |
| ·cDNA序列的电子克隆 | 第40-42页 |
| ·PCR扩增 | 第42页 |
| ·PCR产物的回收纯化 | 第42页 |
| ·目的片段与载体连接 | 第42-43页 |
| ·感受态细胞的制备(CaC12法制备感受态) | 第43-44页 |
| ·连接产物的转化 | 第44页 |
| ·阳性克隆的鉴定及测序 | 第44页 |
| ·基因的组织表达谱分析 | 第44页 |
| ·基因印记状态分析 | 第44-45页 |
| ·基因多态性(SNP)检测与性状关联分析 | 第45页 |
| ·SNP扫描及PCR-RFLP | 第45页 |
| ·多态标记与性状的关联分析方法 | 第45页 |
| ·目的基因启动子序列的克隆、分析 | 第45-47页 |
| ·启动子序列的克隆 | 第45-47页 |
| ·启动子序列生物信息学分析 | 第47页 |
| ·启动子缺失片段表达载体的构建 | 第47-50页 |
| ·缺失片段引物设计 | 第47-48页 |
| ·PCR产物回收纯化、克隆到pMD18-T载体上、测序 | 第48页 |
| ·pMD18-T重组质粒小量提取 | 第48-49页 |
| ·双酶切 | 第49页 |
| ·酶切产物的连接、转化 | 第49页 |
| ·用于细胞转染的质粒的小量提取 | 第49-50页 |
| ·细胞培养、传代和诱导分化 | 第50-51页 |
| ·猪的PK15细胞及C2C12细胞的培养和传代 | 第50页 |
| ·C2C12细胞的诱导分化 | 第50-51页 |
| ·Lipofectamine TM 2000介导的细胞转染 | 第51页 |
| ·双荧光素酶活性的测定 | 第51页 |
| ·用于甲基化分析的模板制备 | 第51-53页 |
| 第四章 结果 | 第53-85页 |
| 1 猪DIO3基因 | 第53-59页 |
| ·猪DIO3基因的分离克隆及序列分析 | 第53页 |
| ·猪DIO3基因的印记状态分析 | 第53-56页 |
| ·外显子SNP及适于印记分析个体的筛选 | 第53-54页 |
| ·猪DIO3基因的印记分析 | 第54-56页 |
| ·猪DIO3基因的组织表达分析 | 第56页 |
| ·猪DIO3基因的核苷酸多态分析 | 第56-59页 |
| ·猪D1O3基因外显子687(A/C)遗传多态在不同猪种中的分布 | 第56-57页 |
| ·猪DIO3基因PCR-Acy Ⅰ-RFLP多态与性状关联分析 | 第57-59页 |
| 2 猪RTL1基因 | 第59-69页 |
| ·猪RTL1基因的分离克隆及序列分析 | 第59页 |
| ·猪RTL1基因的印记状态分析 | 第59-61页 |
| ·外显子SNP及适于印记分析个体的筛选 | 第59-60页 |
| ·猪RTL1基因的印记分析 | 第60-61页 |
| ·猪RTL1基因的表达分析 | 第61-64页 |
| ·RTL1基因在胚胎组织中的表达 | 第61-62页 |
| ·RTL1基因在细胞中的表达 | 第62-63页 |
| ·RTL1基因在不同肌肉组织中的表达量 | 第63-64页 |
| ·猪RTL1基因的核苷酸多态分析 | 第64-66页 |
| ·猪RTL1基因外显子1209bp处(G/A)和3929bp处(A/G)的遗传多态在不同猪种中的分布 | 第64页 |
| ·猪RTL1基因PCR-Sat Ⅰ/Van91 Ⅰ-RFLP多态与性状关联分析 | 第64-66页 |
| ·猪RTL1基因的启动子分析 | 第66-69页 |
| ·猪RTL1基因启动子的获得 | 第66页 |
| ·猪RTL1基因启动子区的生物信息学分析 | 第66页 |
| ·猪RTL1基因启动子不同区段活性分析 | 第66-68页 |
| ·猪RTL1基因启动子区CpG岛的甲基化分析 | 第68-69页 |
| 3 猪Neuronatin(NNAT)基因 | 第69-75页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因的印记状态分析 | 第69-71页 |
| ·外显子SNP及适于印记分析个体的筛选 | 第69页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因的印记分析 | 第69-71页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因的启动子分析 | 第71-75页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因启动子的获得 | 第71页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因启动子区核苷酸多态分析 | 第71-73页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因启动子区的生物信息学分析 | 第73页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因启动子不同区段活性分析 | 第73-74页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因启动子区CpG岛的甲基化分析 | 第74-75页 |
| 4 猪DIRAS3基因 | 第75-78页 |
| ·猪DIRAS3基因的分离克隆及序列分析 | 第75-76页 |
| ·猪DIRAS3基因的印记状态分析 | 第76页 |
| ·外显子SNP及适于印记分析个体的筛选 | 第76页 |
| ·猪DIRAS3基因的印记分析 | 第76页 |
| ·猪DIRAS3基因启动子区的生物信息学分析 | 第76-78页 |
| 5 猪COPG2基因 | 第78-82页 |
| ·猪COPG2基因的分离克隆及序列分析 | 第78页 |
| ·猪COPG2基因不同转录本的组织表达情况 | 第78-79页 |
| ·猪COPG2基因的印记状态分析 | 第79-81页 |
| ·外显子SNP及适于印记分析个体的筛选 | 第79-80页 |
| ·猪COPG2基因的印记分析 | 第80-81页 |
| ·猪COPG2基因的核苷酸多态分析 | 第81-82页 |
| 6 猪LCAT基因 | 第82-85页 |
| ·猪LCAT基因外显子SNP的寻找 | 第82-83页 |
| ·猪LCAT基因启动子序列的获得 | 第83页 |
| ·猪LCAT基因启动子序列的生物信息学分析 | 第83-85页 |
| 第五章 讨论 | 第85-93页 |
| 1 所研究基因的印记状态 | 第85-86页 |
| ·猪DIO3基因和RTL1基因 | 第85页 |
| ·猪Neuronatin(NNAT)基因 | 第85页 |
| ·猪DIRAS3基因 | 第85-86页 |
| ·猪COPG2基因 | 第86页 |
| ·猪LCAT基因 | 第86页 |
| 2 候选基因的组织表达情况 | 第86-88页 |
| ·猪DIO3基因 | 第86-87页 |
| ·猪RTL1基因 | 第87页 |
| ·猪COPG2基因 | 第87-88页 |
| 3 候选基因启动子区的分析 | 第88-89页 |
| ·启动子序列的获得 | 第88页 |
| ·启动子的活性分析 | 第88-89页 |
| 4 候选基因启动子区CpG岛的甲基化状态分析 | 第89-91页 |
| 5 候选基因作为分子标记的遗传效应 | 第91-93页 |
| ·猪DIO3基因 | 第91页 |
| ·猪RTL1基因 | 第91-92页 |
| ·猪NNAT基因 | 第92页 |
| ·猪COPG2基因 | 第92-93页 |
| 小结 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 博士在读期间发表论文 | 第106-107页 |
| 附录一 资源家系性状测定表 | 第107-108页 |
| 附录二 猪NNAT基因启动子序列信息 | 第108页 |
