粘液形成菌致垢基因调控网络智能建模方法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第9-10页 |
| 1.2 基因调控网络国内外研究现状 | 第10-12页 |
| 1.2.1 国外研究现状 | 第10-11页 |
| 1.2.2 国内研究现状 | 第11页 |
| 1.2.3 国内外研究现状简析 | 第11-12页 |
| 1.3 微生物污垢国内外研究现状 | 第12页 |
| 1.4 本文的主要研究内容 | 第12-14页 |
| 第2章 基因调控网络概述 | 第14-21页 |
| 2.1 基因调控网络介绍 | 第14-16页 |
| 2.1.1 基因调控网络基本概念及性质 | 第14-15页 |
| 2.1.2 基因表达数据及微阵列技术 | 第15-16页 |
| 2.1.3 基因的调控机制 | 第16页 |
| 2.2 基因调控网络模型 | 第16-20页 |
| 2.2.1 布尔网络模型 | 第17页 |
| 2.2.2 贝叶斯网络模型 | 第17-18页 |
| 2.2.3 微分方程模型 | 第18-19页 |
| 2.2.4 神经网络模型 | 第19-20页 |
| 2.3 基因调控网络评价标准 | 第20页 |
| 2.4 本章小结 | 第20-21页 |
| 第3章 致垢基因定位及基因表达数据获取 | 第21-30页 |
| 3.1 实验设计 | 第21-22页 |
| 3.2 粘液形成菌高频电磁场抑垢实验 | 第22-25页 |
| 3.2.1 高频电磁场实验装置 | 第22-23页 |
| 3.2.2 粘液形成菌的培养与提纯 | 第23-24页 |
| 3.2.3 高频电磁场抑垢实验过程 | 第24页 |
| 3.2.4 实验结果分析 | 第24-25页 |
| 3.3 转录组基因测序实验 | 第25-29页 |
| 3.3.1 实验目的 | 第25页 |
| 3.3.2 转录组基因测序介绍 | 第25-26页 |
| 3.3.3 转录组基因测序流程 | 第26-28页 |
| 3.3.4 测序结果与分析 | 第28-29页 |
| 3.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 第4章 基于LSTM的基因调控网络建模 | 第30-39页 |
| 4.1 LSTM基本理论 | 第30-34页 |
| 4.1.1 引言 | 第30-31页 |
| 4.1.2 LSTM基本结构与原理 | 第31-34页 |
| 4.2 PSO算法基本理论 | 第34-35页 |
| 4.2.1 PSO算法概述 | 第34页 |
| 4.2.2 PSO算法原理 | 第34-35页 |
| 4.2.3 PSO算法主要参数分析 | 第35页 |
| 4.3 PSO优化LSTM的基因表达量预测模型 | 第35-37页 |
| 4.4 基因调控关系的提取 | 第37-38页 |
| 4.4.1 牛顿插值 | 第37-38页 |
| 4.4.2 皮尔森相关系数 | 第38页 |
| 4.5 本章小结 | 第38-39页 |
| 第5章 基因调控网络构建结果与分析 | 第39-51页 |
| 5.1 酵母菌基因调控网络重构 | 第39-44页 |
| 5.1.1 酵母菌基因数据介绍 | 第39-40页 |
| 5.1.2 酵母菌基因表达量预测建模 | 第40-42页 |
| 5.1.3 酵母菌基因调控网络构建 | 第42-44页 |
| 5.2 大肠杆菌SOS基因修复网络重构 | 第44-47页 |
| 5.2.1 大肠杆菌SOS数据集介绍 | 第44-45页 |
| 5.2.2 大肠杆菌基因调控网络构建 | 第45-47页 |
| 5.3 粘液形成菌致垢基因调控网络构建 | 第47-50页 |
| 5.3.1 粘液形成菌致垢基因数据介绍 | 第47-48页 |
| 5.3.2 致垢基因调控网络构建 | 第48-50页 |
| 5.4 本章小结 | 第50-51页 |
| 结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 | 第59-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
