| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 前言 | 第10-23页 |
| 1.1 木薯育种概况 | 第10-12页 |
| 1.1.1 木薯生产问题与育种目标 | 第10页 |
| 1.1.2 国内外木薯育种方法 | 第10-12页 |
| 1.1.3 木薯育种的主要限制因素及解决途径 | 第12页 |
| 1.2 木薯细胞遗传学研究进展 | 第12-14页 |
| 1.2.1 木薯核型研究概况 | 第12-13页 |
| 1.2.2 木薯部分重要基因定位的研究概况 | 第13-14页 |
| 1.3 木薯全基因组测序的研究概况 | 第14-15页 |
| 1.4 染色体微切割、微克隆的原理方法及研究现状 | 第15-19页 |
| 1.4.1 染色体显微切割的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.4.2 染色体显微切割的研究方法 | 第16-17页 |
| 1.4.3 染色体DNA体外克隆的研究现状 | 第17-19页 |
| 1.5 高通量在单染色体测序方面的研究现状 | 第19-21页 |
| 1.5.1 高通量测序平台简介 | 第19-20页 |
| 1.5.2 高通量在单染色体测序的应用 | 第20-21页 |
| 1.6 本研究的目的意义及技术路线图 | 第21-23页 |
| 1.6.1 研究的目的及意义 | 第21-22页 |
| 1.6.2 技术路线 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-37页 |
| 2.1 实验材料、试剂、仪器 | 第23-24页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第23页 |
| 2.1.2 实验所需主要的仪器 | 第23页 |
| 2.1.3 实验图片分析软件 | 第23页 |
| 2.1.4 实验所需主要试剂 | 第23-24页 |
| 2.2 木薯根尖染色体标本的制备 | 第24-26页 |
| 2.2.1 用于显微分离染色体的载玻片的处理 | 第24页 |
| 2.2.2 用于原位杂交载玻片的清洗与包被 | 第24页 |
| 2.2.3 木薯根尖染色体标本的制备方法 | 第24-26页 |
| 2.3 染色体的显微分离 | 第26-29页 |
| 2.3.1 优质细胞的选取以及目标染色体的确定 | 第26页 |
| 2.3.2 玻璃针的煅拉 | 第26页 |
| 2.3.3 单染色体的显微分离 | 第26-27页 |
| 2.3.4 目标染色体的体外扩增 | 第27-29页 |
| 2.4 基因组DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.4.1 基因组DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.4.2 DNA浓度、质量的检测 | 第30页 |
| 2.5 Southern杂交验证 | 第30-34页 |
| 2.5.1 基因组DNA的酶切及纯化 | 第30-31页 |
| 2.5.2 Southern探针的制备 | 第31页 |
| 2.5.3 Southern转膜 | 第31-32页 |
| 2.5.4 southern预杂交 | 第32页 |
| 2.5.5 southern杂交 | 第32-33页 |
| 2.5.6 洗膜(全程避光) | 第33页 |
| 2.5.7 显色检测(全程避光) | 第33-34页 |
| 2.6 荧光原位杂交验证 | 第34-36页 |
| 2.6.1 第二轮扩增产物的纯化回收 | 第34页 |
| 2.6.2 染色体探针的制备、纯化及检测(避光操作) | 第34-35页 |
| 2.6.3 荧光原位杂交 | 第35-36页 |
| 2.7 染色体制片重复杂交的步骤 | 第36页 |
| 2.8 目标染色体的高通量测序及数据分析 | 第36-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-59页 |
| 3.1 适合木薯单染色体分离的根尖预处理方法的改进 | 第37-38页 |
| 3.2 单染色体显微分离的过程 | 第38-39页 |
| 3.3 单染色体DNA的体外扩增检测结果 | 第39-40页 |
| 3.4 单染色体扩增产物的鉴定 | 第40-47页 |
| 3.4.1 木薯华南6号品种基因组DNA的检测 | 第40-41页 |
| 3.4.2 单染色体第二轮扩增产物的Southern杂交分析 | 第41-42页 |
| 3.4.3 以单染色体第二轮扩增产物为探针的荧光原位杂交分析 | 第42-47页 |
| 3.5 木薯华南6号品种第10号染色体的高通量测序 | 第47-59页 |
| 3.5.1 样品的质量检测 | 第47页 |
| 3.5.2 样品原始数据的过滤 | 第47-48页 |
| 3.5.3 样品公共引物的去除 | 第48页 |
| 3.5.4 测序碱基质量值分布 | 第48-49页 |
| 3.5.5 样品的变异检测 | 第49-51页 |
| 3.5.6 样品测序产物的组装 | 第51-52页 |
| 3.5.7 组装产物contigs的BLAST比对 | 第52-59页 |
| 4 讨论 | 第59-63页 |
| 4.1 木薯根尖预处理方法的优化 | 第59页 |
| 4.2 染色体标本荧光染料温浴后漂洗时间的优化 | 第59-60页 |
| 4.3 木薯根尖染色体标本重复利用问题 | 第60页 |
| 4.4 染色体微分离微克隆的污染防控问题 | 第60-61页 |
| 4.5 高通量数据处理的讨论 | 第61-63页 |
| 4.5.1 高质量reads与参考基因组比对问题 | 第61-62页 |
| 4.5.2 高通量测序变异检测问题 | 第62页 |
| 4.5.3 contigs与参考基因组比对问题 | 第62-63页 |
| 5 结论 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-73页 |
| 附录Ⅰ | 第73-75页 |
| 附录Ⅱ | 第75-78页 |
| 附录Ⅲ | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
