| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 前言 | 第12-30页 |
| 1.1 白背飞虱概述 | 第12页 |
| 1.2 稻飞虱翅型分化研究进展 | 第12-17页 |
| 1.2.1 环境条件对稻飞虱翅型分化的影响 | 第12-14页 |
| 1.2.2 信号通路对稻飞虱翅型分化的调控机制 | 第14-17页 |
| 1.3 昆虫抗病毒机制研究进展 | 第17-20页 |
| 1.3.1 昆虫的先天免疫系统概述 | 第17-18页 |
| 1.3.2 昆虫中主要的抗病毒通路概述 | 第18-19页 |
| 1.3.3 白背飞虱与水稻病毒的互作研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4 基因相互作用网络构建方法研究进展 | 第20-25页 |
| 1.4.1 基因互作网络构建方法概述及其优缺点 | 第20-23页 |
| 1.4.2 整合多种数据构建网络可以提高基因功能鉴定的准确性 | 第23-25页 |
| 1.5 水稻害虫基因组与基因组数据库研究进展 | 第25-27页 |
| 1.6 研究内容及意义 | 第27-30页 |
| 第二章 白背飞虱翅型分化的网络分析 | 第30-78页 |
| 2.1 引言 | 第30-32页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第32-41页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第32页 |
| 2.2.2 实验试剂 | 第32页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第32-33页 |
| 2.2.4 白背飞虱的饲养和解剖 | 第33页 |
| 2.2.5 RNA-Seq文库的构建和测序 | 第33页 |
| 2.2.6 两种翅型翅芽组织的转录组表达谱分析 | 第33-34页 |
| 2.2.7 可变剪接分析 | 第34页 |
| 2.2.8 聚合酶链式反应(PCR)分析 | 第34页 |
| 2.2.9 FOXO蛋白的ChIP-Seq文库构建和测序 | 第34-35页 |
| 2.2.10 FOXO蛋白的ChIP-Seq数据分析 | 第35页 |
| 2.2.11 基于同源性推测基因相互作用 | 第35-36页 |
| 2.2.12 基于表达谱数据构建共表达网络 | 第36-38页 |
| 2.2.13 基于GO语义相似性推断功能相关基因对 | 第38页 |
| 2.2.14 网络的整合和MCL聚类 | 第38页 |
| 2.2.15 用于敲除基因的双链RNA的制备 | 第38-39页 |
| 2.2.16 显微注射双链RNA到白背飞虱若虫 | 第39-40页 |
| 2.2.17 羽化率、生存率和体重的测定 | 第40-41页 |
| 2.3 实验结果 | 第41-75页 |
| 2.3.1 长翅型和短翅型翅芽组织的差异表达基因 | 第41-45页 |
| 2.3.2 翅膀形态基因在两种翅型中的表达模式 | 第45-47页 |
| 2.3.3 两种翅型的飞行肌肉基因有可变剪接差异 | 第47-53页 |
| 2.3.4 脂肪酸代谢基因和三羧酸循环通路基因在长翅型中高表达 | 第53-57页 |
| 2.3.5 转录因子FOXO的靶基因预测 | 第57-62页 |
| 2.3.6 构建翅型调控基因的相互作用网络 | 第62-64页 |
| 2.3.7 网络的MCL聚类分析 | 第64-67页 |
| 2.3.8 胰岛素通路介导的翅型分化相关基因(IWDRGs)的实验验证 | 第67-72页 |
| 2.3.9 IWDRGs调控发育过程的多个方面 | 第72-75页 |
| 2.4 讨论 | 第75-78页 |
| 第三章 白背飞虱抗病毒机制的网络分析 | 第78-96页 |
| 3.1 引言 | 第78-80页 |
| 3.2 实验材料和方法 | 第80-83页 |
| 3.2.1 白背飞虱的样本准备和RNA提取 | 第80页 |
| 3.2.2 白背飞虱中SRBSDV的P9-2表达水平的检测 | 第80页 |
| 3.2.3 RNA-Seq文库的构建和测序 | 第80页 |
| 3.2.4 感染SRBSDV的雄性和雌性白背飞虱转录组表达谱分析 | 第80-81页 |
| 3.2.5 使用偏相关分析计算基因间的共表达相互作用 | 第81页 |
| 3.2.6 基于同源和GO语义相似性预测基因相互作用 | 第81-82页 |
| 3.2.7 网络整合和MCL聚类 | 第82页 |
| 3.2.8 GSEA方法鉴定差异表达的网络模块 | 第82-83页 |
| 3.3 实验结果 | 第83-94页 |
| 3.3.1 白背飞虱的基因相互作用网络 | 第83-84页 |
| 3.3.2 雄性和雌性白背飞虱感染不同浓度SRBSDV病毒的转录组 | 第84-87页 |
| 3.3.3 雌性白背飞虱感染SRBSDV病毒后的差异表达基因 | 第87-88页 |
| 3.3.4 RNA干扰通路基因表达量在雌性感染病毒后下调 | 第88-89页 |
| 3.3.5 雄性和雌性白背飞虱免疫通路的基因表达差异 | 第89-90页 |
| 3.3.6 雄性和雌性白背飞虱RNA干扰通路的基因表达差异 | 第90-91页 |
| 3.3.7 雄性和雌性白背飞虱内吞通路相关模块对病毒的响应 | 第91-92页 |
| 3.3.8 雄性和雌性白背飞虱卵黄蛋白原相关模块对病毒的响应 | 第92-94页 |
| 3.4 讨论 | 第94-96页 |
| 第四章 白背飞虱基因组数据库的构建 | 第96-110页 |
| 4.1 引言 | 第96-98页 |
| 4.2 实验材料和方法 | 第98-104页 |
| 4.2.1 Linux服务器硬件和系统配置 | 第98页 |
| 4.2.2 白背飞虱基因组和高通量测序数据资源整理 | 第98-99页 |
| 4.2.3 使用Docker运行GBrowse2 | 第99-100页 |
| 4.2.4 使用Docker容器运行MySQL数据库及数据导入 | 第100-101页 |
| 4.2.5 配置GBrowse2实现基因组数据的可视化 | 第101-102页 |
| 4.2.6 网站的主页设计和框架搭建 | 第102页 |
| 4.2.7 网站的文件下载 | 第102-104页 |
| 4.3 实验结果 | 第104-109页 |
| 4.3.1 白背飞虱数据库网站主页 | 第104-105页 |
| 4.3.2 GBrowse基因组浏览器界面 | 第105-106页 |
| 4.3.3 BLAT界面 | 第106-107页 |
| 4.3.4 下载页面 | 第107-108页 |
| 4.3.5 其他页面 | 第108-109页 |
| 4.4 讨论 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第123页 |
