| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 引言 | 第7-9页 |
| 1 综述 | 第9-18页 |
| 1.1 Bcl-2家族蛋白及其磷酸化 | 第9-11页 |
| 1.1.1 Bcl-2家族蛋白调控细胞凋亡 | 第9页 |
| 1.1.2 Bcl-2蛋白的结构 | 第9-10页 |
| 1.1.3 磷酸化Bcl-2蛋白的功能及介绍 | 第10-11页 |
| 1.2 计算分子生物学在蛋白质研究中的应用 | 第11-16页 |
| 1.2.1 同源模建 | 第11-13页 |
| 1.2.2 分子动力学模拟 | 第13-15页 |
| 1.2.3 结合自由能计算 | 第15-16页 |
| 1.3 本研究工作的指导思想与研究目标 | 第16-18页 |
| 2 全长Bcl-2分子同源建模 | 第18-23页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 计算方法 | 第18-19页 |
| 2.2.1 序列比对 | 第18页 |
| 2.2.2 Bcl-2模型建立和loop区的优化 | 第18-19页 |
| 2.2.3 Bcl-2模型评估 | 第19页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第19-22页 |
| 2.4 本章小结 | 第22-23页 |
| 3 Bcl-2及pBcl-2蛋白的分子动力学模拟 | 第23-36页 |
| 3.1 引言 | 第23页 |
| 3.2 计算方法 | 第23-24页 |
| 3.2.1 分子动力学模拟初始构象准备 | 第23页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟过程 | 第23-24页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第24-34页 |
| 3.3.1 Bcl-2及pBcl-2分子结构的稳定性 | 第24-26页 |
| 3.3.2 Bcl-2及pBcl-2分子的结构分析 | 第26-31页 |
| 3.3.3 Bcl-2及pBcl-2分子的动力学分析 | 第31-33页 |
| 3.3.4 蛋白质核磁实验验证分子动力学研究 | 第33-34页 |
| 3.4 本章小结 | 第34-36页 |
| 4.MM-GBSA结合自由能计算及能量分解 | 第36-52页 |
| 4.1 引言 | 第36页 |
| 4.2 计算方法 | 第36-37页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第37-51页 |
| 4.3.1 Bcl-2及pBcl-2与不同配体间的结合自由能计算 | 第37-38页 |
| 4.3.2 结合自由能的氨基酸残基分解 | 第38-51页 |
| 4.3.3 蛋白检测实验验证结合自由能研究 | 第51页 |
| 4.4 本章小结 | 第51-52页 |
| 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 附录1 | 第61-66页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-69页 |
