| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 1 绪论 | 第14-24页 |
| 1.1 马麝及其相关的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.1.1 马麝的分类地位及分布区 | 第14页 |
| 1.1.2 马麝食性的研究 | 第14-15页 |
| 1.1.3 马麝的行为习性 | 第15页 |
| 1.1.4 麝的经济价值 | 第15页 |
| 1.1.5 国内麝类的驯养情况及常患疾病 | 第15-16页 |
| 1.2 肠道菌群研究进展及反刍动物胃肠道微生物特点 | 第16-19页 |
| 1.2.1 肠道菌群和健康 | 第16-18页 |
| 1.2.2 反刍动物胃肠道微生物的特点 | 第18-19页 |
| 1.3 动物肠道菌群的研究方法 | 第19-22页 |
| 1.3.1 传统的纯培养法 | 第19页 |
| 1.3.2 ERIC(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus) -PCR分子杂交技术 | 第19-20页 |
| 1.3.3 基于16S rRNA的分子测序技术 | 第20页 |
| 1.3.4 荧光原位杂交技术(fluorescenceinsituhybridization,FISH) | 第20页 |
| 1.3.5 宏基因组学研究方法 | 第20-22页 |
| 1.4 课题研究目的及研究内容 | 第22-24页 |
| 1.4.1 课题目标 | 第22页 |
| 1.4.2 课题研究内容 | 第22-24页 |
| 2 基于16S rRNA测序的圈养和野生马麝冬季肠道菌群结构分析 | 第24-41页 |
| 2.1 前言 | 第24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 实验样品 | 第24-26页 |
| 2.2.2 实验材料 | 第26页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第26-27页 |
| 2.2.4 实验方法 | 第27页 |
| 2.2.5 马麝粪便微生物16S rRNA文库构建 | 第27-29页 |
| 2.2.6 马麝粪便微生物信息分析 | 第29页 |
| 2.3 实验结果 | 第29-39页 |
| 2.3.1 测序深度及样本量检验 | 第29-33页 |
| 2.3.2 圈养和野外马麝冬季肠道菌群结构 | 第33-37页 |
| 2.3.3 圈养和野外马麝冬季肠道核心菌群分析 | 第37-39页 |
| 2.4 讨论 | 第39-40页 |
| 2.5 本章小结 | 第40-41页 |
| 3 野外和圈养马麝冬季肠道菌群多样性比较分析 | 第41-56页 |
| 3.1 前言 | 第41页 |
| 3.2 材料与方法 | 第41-43页 |
| 3.2.1 实验样品 | 第41页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第41-43页 |
| 3.3 实验结果 | 第43-53页 |
| 3.3.1 野外和圈养马麝冬季肠道菌群α多样性差异分析 | 第43-45页 |
| 3.3.2 野外和圈养马麝冬季肠道菌群β多样性差异分析 | 第45-49页 |
| 3.3.3 野外和圈养马麝冬季肠道菌群差异物种分析 | 第49-53页 |
| 3.4 讨论 | 第53-55页 |
| 3.5 本章小结 | 第55-56页 |
| 4 基于宏基因组测序的野外和圈养马麝冬季肠道菌群功能的比较分析 | 第56-86页 |
| 4.1 前言 | 第56页 |
| 4.2 材料与方法 | 第56-60页 |
| 4.2.1 样品与材料 | 第56-57页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第57-60页 |
| 4.3 实验结果 | 第60-78页 |
| 4.3.1 马麝冬季肠道微生物基因及物种丰度分析 | 第60-67页 |
| 4.3.2 基于宏基因组的马麝冬季肠道菌群功能分析 | 第67-73页 |
| 4.3.3 马麝食性和肠道菌群的关联分析 | 第73-78页 |
| 4.4 讨论 | 第78-85页 |
| 4.5 本章小结 | 第85-86页 |
| 结论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-93页 |
| 附录 | 第93-99页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第99-100页 |
| 致谢 | 第100-102页 |
| 附件 | 第102-104页 |
