| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-16页 |
| 1.2.1 构建共调控网络算法研究 | 第13-14页 |
| 1.2.2 功能模块挖掘算法研究 | 第14-16页 |
| 1.3 本文主要工作及贡献 | 第16页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第16-18页 |
| 第2章 共调控网络研究基础及功能模块评价标准 | 第18-24页 |
| 2.1 共调控网络 | 第18-19页 |
| 2.2 共调控网络研究算法理论基础 | 第19-21页 |
| 2.2.1 谱聚类 | 第19-20页 |
| 2.2.2 烟花爆炸算法 | 第20-21页 |
| 2.3 功能模块的评价指标 | 第21-23页 |
| 2.3.1 利用先验知识匹配评价 | 第21-22页 |
| 2.3.2 自治性定义对比分析 | 第22页 |
| 2.3.3 语义信息对比评价 | 第22-23页 |
| 2.4 本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 基于重叠谱聚类的功能模块挖掘算法 | 第24-41页 |
| 3.1 相关工作 | 第25-26页 |
| 3.2 基于重叠谱聚类的功能模块挖掘算法 | 第26-33页 |
| 3.2.1 基于经验贝叶斯构建共调控网络 | 第27-28页 |
| 3.2.2 基于特征间隙自动识别模块个数 | 第28页 |
| 3.2.3 基于凝聚式分层谱聚类识别非重叠功能模块 | 第28-30页 |
| 3.2.4 基于目标重叠度函数识别重叠模块 | 第30-33页 |
| 3.3 实验及结果分析 | 第33-40页 |
| 3.3.1 数据集的收集与预处理 | 第33-34页 |
| 3.3.2 共调控功能模块的拓扑特性分析 | 第34-35页 |
| 3.3.3 功能富集对比分析 | 第35-38页 |
| 3.3.4 关键调控因子的生物意义分析 | 第38-39页 |
| 3.3.5 共调控模块的重叠性分析 | 第39-40页 |
| 3.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 基于爆炸搜索策略的模块识别算法 | 第41-58页 |
| 4.1 相关工作 | 第41-42页 |
| 4.2 基于爆炸搜索策略的模块识别算法 | 第42-50页 |
| 4.2.1 马尔科夫理论的改进 | 第43-46页 |
| 4.2.2 爆炸搜索策略的改进 | 第46-49页 |
| 4.2.3 RMCL-ESA伪代码及时间复杂度分析 | 第49-50页 |
| 4.3 实验及结果分析 | 第50-56页 |
| 4.3.1 实验准备 | 第50页 |
| 4.3.2 共调控功能模块的拓扑特性分析 | 第50-51页 |
| 4.3.3 功能富集分析 | 第51-53页 |
| 4.3.4 调控通路分析 | 第53-55页 |
| 4.3.5 生存分析 | 第55-56页 |
| 4.4 本章小结 | 第56-58页 |
| 结论 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 附录 A 攻读学位期间所发表的科研成果 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |