嗜酸氧化硫硫杆菌的全基因组测序及硫氧化途径研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第8-10页 |
| 1 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 硫化矿的微生物浸出 | 第10-11页 |
| 1.2 微生物基因组学的发展现状 | 第11-12页 |
| 1.3 嗜酸氧化硫硫杆菌硫氧化系统的特点 | 第12-14页 |
| 1.4 本论文的研究目的、意义及内容 | 第14-15页 |
| 1.4.1 研究目的和意义 | 第14页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第14-15页 |
| 1.5 本研究的创新性 | 第15-16页 |
| 2 嗜酸氧化硫硫杆菌的全基因组测序 | 第16-23页 |
| 2.1 材料与方法 | 第16-18页 |
| 2.1.1 细菌培养 | 第16页 |
| 2.1.2 嗜酸氧化硫硫杆菌的全基因组测序 | 第16-17页 |
| 2.1.3 测序数据的生物信息学分析 | 第17-18页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第18-22页 |
| 2.2.1 数据产出以及数据质控 | 第18-19页 |
| 2.2.2 质控统计 | 第19-21页 |
| 2.2.3 全基因组性质 | 第21-22页 |
| 2.2.4 基因组登录号 | 第22页 |
| 2.3 本章小结 | 第22-23页 |
| 3 硫氧化途径相关基因的生物信息学分析 | 第23-32页 |
| 3.1 材料与方法 | 第23页 |
| 3.1.1 序列比对 | 第23页 |
| 3.1.2 序列数据库搜索 | 第23页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第23-31页 |
| 3.2.1 硫氧化途径相关基因的预测 | 第23-29页 |
| 3.2.2 硫氧化还原酶基因(sor)的发现 | 第29-31页 |
| 3.3 本章小结 | 第31-32页 |
| 4 硫氧化还原酶的结构建模 | 第32-41页 |
| 4.1 材料与方法 | 第33-34页 |
| 4.1.1 序列分析 | 第33页 |
| 4.1.2 同源建模 | 第33页 |
| 4.1.3 初始模型的优化 | 第33-34页 |
| 4.1.4 模型评估 | 第34页 |
| 4.1.5 GenBank登录号 | 第34页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第34-39页 |
| 4.2.1 序列分析 | 第34-36页 |
| 4.2.2 SOR的结构模型 | 第36-39页 |
| 4.3 本章小结 | 第39-41页 |
| 5 硫氧化途径的构建 | 第41-51页 |
| 5.1 材料与方法 | 第41-45页 |
| 5.1.1 培养基和培养条件 | 第41页 |
| 5.1.2 引物的设计 | 第41-43页 |
| 5.1.3 RNA的提取 | 第43页 |
| 5.1.4 RNA的纯化 | 第43-44页 |
| 5.1.5 反转录cDNA的合成 | 第44页 |
| 5.1.6 实时定量RT-PCR | 第44-45页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第45-50页 |
| 5.2.1 不同培养基中细菌的生长曲线 | 第45页 |
| 5.2.2 硫氧化相关基因的表达 | 第45-47页 |
| 5.2.3 硫氧化模型的构建 | 第47-50页 |
| 5.3 本章小结 | 第50-51页 |
| 6 结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 攻读学位期间主要的研究成果 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
