| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第1章 绪论 | 第14-36页 |
| 1.1 海绵 | 第14-20页 |
| 1.1.1 海绵概述 | 第14-15页 |
| 1.1.2 海绵研究价值 | 第15-19页 |
| 1.1.3 苔海绵和叶片山海绵简介 | 第19-20页 |
| 1.2 转录组 | 第20-26页 |
| 1.2.1 转录组概述 | 第20页 |
| 1.2.2 转录组的研究手段 | 第20-22页 |
| 1.2.3 海绵转录组研究概况 | 第22-26页 |
| 1.3 SNP | 第26-34页 |
| 1.3.1 SNP概述 | 第26-29页 |
| 1.3.2 SNP的研究手段 | 第29-33页 |
| 1.3.3 海洋动物SNP研究与海绵SNP的研究进展 | 第33-34页 |
| 1.4 本研究目的、意义和内容 | 第34-36页 |
| 第2章 海绵转录组unigene构建 | 第36-48页 |
| 2.1 生物信息学分析平台构建 | 第36-41页 |
| 2.2 转录组文库构建 | 第41-42页 |
| 2.2.1 样品采集及cDNA文库构建 | 第41-42页 |
| 2.2.2 文库测序 | 第42页 |
| 2.3 转录组数据预处理及unigene拼接 | 第42-45页 |
| 2.3.1 数据预处理 | 第42页 |
| 2.3.2 unigene拼接 | 第42-45页 |
| 2.4 海绵转录组拼接结果与分析 | 第45-48页 |
| 第3章 海绵转录组unigene的基因注释和GO(Gene Ontology)注释 | 第48-62页 |
| 3.1 基因注释和GO(Gene Ontology)注释背景介绍 | 第48-51页 |
| 3.2 海绵unigene的基因注释和GO注释方法构建 | 第51-57页 |
| 3.2.1 海绵unigene的基因注释方法构建 | 第51-52页 |
| 3.2.2 BLAST2GO数据库本地化 | 第52-55页 |
| 3.2.3 海绵转录组GO注释及比较 | 第55-57页 |
| 3.3 结果与分析 | 第57-62页 |
| 3.3.1 海绵unigene的基因注释结果与分析 | 第57-58页 |
| 3.3.2 unigene的GO注释结果与分析 | 第58-59页 |
| 3.3.3 不同海绵转录组GO注释比较结果与分析 | 第59-62页 |
| 第4章 海绵转录组同源基因分析 | 第62-76页 |
| 4.1 同源基因背景介绍 | 第62-64页 |
| 4.1.1 同源基因概述 | 第62-63页 |
| 4.1.2 海绵转录组同源基因背景介绍 | 第63-64页 |
| 4.2 海绵转录组同源基因方法构建 | 第64-68页 |
| 4.2.1 同源基因探测 | 第64-67页 |
| 4.2.2 同源基因功能注释 | 第67-68页 |
| 4.3 结果与分析 | 第68-76页 |
| 4.3.1 不同海绵转录组之间的直系同源基因 | 第68-69页 |
| 4.3.2 不同海绵转录组之间直系同源基因的功能注释 | 第69-76页 |
| 第5章 海绵转录组SNP分析 | 第76-109页 |
| 5.1 海绵转录组SNP分析方法构建 | 第77-85页 |
| 5.1.1 海绵转录组SNP检测 | 第77-79页 |
| 5.1.2 海绵转录组SNP分布及SNP A/S计算方法 | 第79-82页 |
| 5.1.3 海绵转录组SNPA/S分析 | 第82-85页 |
| 5.2 海绵SNP结果 | 第85-106页 |
| 5.2.1 SNP密度统计 | 第85页 |
| 5.2.2 SNP A/S统计 | 第85-106页 |
| 5.3 海绵SNP讨论 | 第106-109页 |
| 5.3.1 SNP A/S在GO注释中的差异分布 | 第106页 |
| 5.3.2 SNP A/S>1的CDS分析 | 第106-108页 |
| 5.3.3 不足 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-118页 |
| 致谢 | 第118页 |
