| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-23页 |
| 1.1 海洋氮循环过程及关键微生物 | 第9-14页 |
| 1.1.1 固氮过程 | 第9-11页 |
| 1.1.2 氨氧化过程 | 第11-12页 |
| 1.1.3 亚硝酸氧化过程 | 第12页 |
| 1.1.4 异化硝酸盐/亚硝酸盐还原过程 | 第12页 |
| 1.1.5 反硝化过程 | 第12-14页 |
| 1.2 基因组尺度代谢网络模型 | 第14-16页 |
| 1.2.1 基因组尺度代谢网络模型构建流程 | 第14-15页 |
| 1.2.2 基因组尺度代谢网络模型构建工具 | 第15-16页 |
| 1.3 海洋氮循环关键微生物的代谢网络模型研究 | 第16-19页 |
| 1.3.1 固氮红海束毛藻基因组尺度代谢网络模型 | 第17页 |
| 1.3.2 反硝化微生物基因组尺度代谢网络模型 | 第17页 |
| 1.3.3 其他氮循环微生物基因组尺度代谢网络模型 | 第17-19页 |
| 1.4 氨氧化微生物基因组及其代谢途径 | 第19-20页 |
| 1.5 本课题研究思路 | 第20-23页 |
| 第二章 氨氧化古生菌基因组尺度代谢网络模型构建 | 第23-37页 |
| 2.1 初步模型构建 | 第24-25页 |
| 2.2 确定生物质组成 | 第25-26页 |
| 2.2.1 生物质组成质量守恒 | 第25-26页 |
| 2.2.2 生物质组成元素守恒 | 第26页 |
| 2.3 模型质量控制 | 第26-28页 |
| 2.4 模型修正 | 第28-35页 |
| 2.4.1 固碳途径修正 | 第28-30页 |
| 2.4.2 生物质组成成分合成途径修正 | 第30页 |
| 2.4.3 根据MetaCyc数据库已注释途径修正 | 第30-32页 |
| 2.4.4 根据文献进行途径修正和校验 | 第32页 |
| 2.4.5 氨氧化途径修正和比较 | 第32-35页 |
| 2.5 基因组注释信息提取和填补 | 第35页 |
| 2.6 SCM1菌株代谢网络模型iFL413基本特征 | 第35-37页 |
| 第三章 氨氧化细菌基因组尺度代谢网络模型构建 | 第37-49页 |
| 3.1 初步模型构建 | 第38页 |
| 3.2 确定生物质组成 | 第38-40页 |
| 3.2.1 生物质组成质量守恒 | 第38-40页 |
| 3.2.2 生物质组成元素守恒 | 第40页 |
| 3.3 模型质量控制 | 第40-41页 |
| 3.3.1 N.eutrophaC91初步模型质量控制 | 第40-41页 |
| 3.3.2 N.europaeaATCC19718初步模型质量控制 | 第41页 |
| 3.4 模型修正 | 第41-46页 |
| 3.4.1 生物质组成物质合成途径校验 | 第42-44页 |
| 3.4.2 MetaCyc数据库注释途径填补 | 第44-45页 |
| 3.4.3 修正氨氧化途径 | 第45-46页 |
| 3.5 氨氧化细菌模型基本特征 | 第46-49页 |
| 3.5.1 N.europaeaATCC19718模型iFL643基本特征 | 第46-47页 |
| 3.5.2 N.eutrophaC91模型iFL684基本特征 | 第47-49页 |
| 第四章 基因组尺度代谢网络模型验证及分析 | 第49-55页 |
| 4.1 氨氧化细菌基因组尺度网络模型验证和分析 | 第49-50页 |
| 4.1.1 NH4+受限条件生长模拟 | 第49-50页 |
| 4.1.2 其它条件下生长和底物利用模拟 | 第50页 |
| 4.1.3 小结 | 第50页 |
| 4.2 氨氧化细菌ATP/biomass得率计算 | 第50-51页 |
| 4.3 氨氧化古菌氨氧化途径实际效率计算 | 第51-53页 |
| 4.3.1 实验数据收集 | 第51-52页 |
| 4.3.2 Biomass/NH4+得率计算 | 第52页 |
| 4.3.3 ATP/biomass得率计算 | 第52页 |
| 4.3.4 ATP/NH4+得率计算 | 第52-53页 |
| 4.4 氨氧化古菌在海洋元素循环作用 | 第53-55页 |
| 第五章 结论展望 | 第55-57页 |
| 5.1 结论与创新点 | 第55-56页 |
| 5.1.1 主要结论 | 第55页 |
| 5.1.2 主要创新点 | 第55-56页 |
| 5.2 展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-67页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第67-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
