| 中文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-30页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13页 |
| 1.2 文献综述 | 第13-29页 |
| 1.2.1 猪分子育种与抗病育种 | 第13-21页 |
| 1.2.1.1 猪分子育种研究中的关键问题 | 第14-16页 |
| 1.2.1.2 猪抗病育种 | 第16-21页 |
| 1.2.2 猪基因组学和功能基因组学研究 | 第21-24页 |
| 1.2.2.1 猪基因组研究简述 | 第21-22页 |
| 1.2.2.2 猪功能基因组研究 | 第22-24页 |
| 1.2.3 猪免疫系统和免疫应答 | 第24-26页 |
| 1.2.3.1 猪免疫系统简述 | 第24-26页 |
| 1.2.3.2 猪TLR受体研究 | 第26页 |
| 1.2.4 副猪嗜血杆菌感染与宿主遗传控制 | 第26-29页 |
| 1.2.4.1 副猪嗜血杆菌 | 第26-27页 |
| 1.2.4.2 副猪嗜血杆菌基因/毒力因子研究 | 第27-28页 |
| 1.2.4.3 副猪嗜血杆菌感染宿主以及宿主的遗传控制 | 第28-29页 |
| 1.3 本研究的目的 | 第29-30页 |
| 2 材料与方法 | 第30-44页 |
| 2.1 利用基因芯片筛选差异表达基因 | 第30-33页 |
| 2.1.1 实验设计与实验动物 | 第30页 |
| 2.1.1.1 流程介绍 | 第30页 |
| 2.1.1.2 溶液配制 | 第30页 |
| 2.1.2 样品采集与处理 | 第30-31页 |
| 2.1.2.1 流程介绍 | 第30页 |
| 2.1.2.2 溶液配制和实验步骤 | 第30-31页 |
| 2.1.3 基因芯片分析 | 第31-33页 |
| 2.1.3.1 基因芯片的实施 | 第31页 |
| 2.1.3.2 基因芯片数据处理 | 第31-32页 |
| 2.1.3.3 基因芯片数据的实验验证 | 第32-33页 |
| 2.1.4 组织切片分析 | 第33页 |
| 2.2 差异表达基因的基因网络调控(INGENUITY PATHWAY ANALYSIS) | 第33-34页 |
| 2.2.1 功能分析(Functional analysis) | 第34页 |
| 2.2.2 经典基因通路分析(Canonical pathway analysis) | 第34页 |
| 2.2.3 基因网络分析(Network analysis) | 第34页 |
| 2.2.4 基因信号通路/基因网络的个性化调整与作图 | 第34页 |
| 2.3 差异表达基因-QTLs联合分析 | 第34-35页 |
| 2.4 基因克隆、表达与功能分析 | 第35-43页 |
| 2.4.1 基因克隆 | 第35-38页 |
| 2.4.1.1 核酸的提取 | 第35-37页 |
| 2.4.1.2 引物设计、PCR扩增、基因测序 | 第37-38页 |
| 2.4.2 基因定位 | 第38-39页 |
| 2.4.2.1 基因定位所用材料 | 第38页 |
| 2.4.2.2 基因定位引物设计 | 第38页 |
| 2.4.2.3 基因定位结果分析 | 第38-39页 |
| 2.4.3 基因表达 | 第39-41页 |
| 2.4.3.1 组织表达谱分析 | 第39-40页 |
| 2.4.3.2 免疫刺激与基因表达 | 第40-41页 |
| 2.4.3.3 免疫组织化学(IHC,Immunohistochemistry)分析 | 第41页 |
| 2.4.4 S100A12基因启动子分析 | 第41-43页 |
| 2.4.4.1 启动子预测 | 第41页 |
| 2.4.4.2 引物设计和萤光素酶报告基因表达载体的构建 | 第41-43页 |
| 2.5 主要实验设备 | 第43-44页 |
| 3 结果 | 第44-76页 |
| 3.1 副猪嗜血杆菌感染猪脾脏组织的转录组变化 | 第44-57页 |
| 3.1.1 副猪嗜血杆菌感染猪主要脏器的组织病理学观察 | 第44页 |
| 3.1.2 差异表达基因分析 | 第44页 |
| 3.1.3 利用定量PCR技术验证基因芯片结果 | 第44-48页 |
| 3.1.4 副猪嗜血杆菌(HPS)感染的生物学意义 | 第48-57页 |
| 3.1.4.1 HPS感染造成的生物学功能改变或主要疾病变化 | 第48-51页 |
| 3.1.4.2 HPS感染过程中的基因网络 | 第51-52页 |
| 3.1.4.3 HPS感染过程中显著影响的经典基因通路 | 第52页 |
| 3.1.4.4 细菌免疫逃避与宿主保护性免疫应答 | 第52-55页 |
| 3.1.4.5 一些候选基因的佐证:差异表达基因-QTL联合分析 | 第55-57页 |
| 3.2 S100钙结合蛋白S100A8、S100A9、S100A12的初步研究 | 第57-76页 |
| 3.2.1 S100A8、S100A9、S100A12基因的分子克隆 | 第58-64页 |
| 3.2.2 猪S100A8、S100A9、S100A12的多序列比对以及分子系统进化树构建 | 第64-67页 |
| 3.2.3 猪S100A8、S100A9、S100A12基因定位 | 第67页 |
| 3.2.4 猪S100A8、S100A9、S100A12组织表达谱分析 | 第67-69页 |
| 3.2.5 猪S100A8、S100A9、S100A12在细菌和病毒感染中上调表达 | 第69-70页 |
| 3.2.5.1 猪S100A8、S100A9、S100A12在LPS或Poly(I:C)刺激的PK-15细胞中上调表达 | 第69-70页 |
| 3.2.5.2 猪S100A8、S100A9、S100A12在LPS或Poly(I:C)刺激的猪全血培养系统中存在差异表达 | 第70页 |
| 3.2.6 猪S100A12启动子分析与基因表达调控 | 第70-73页 |
| 3.2.6.1 启动子删除片段的萤光素酶基因报告载体的构建 | 第70-73页 |
| 3.2.6.2 启动子删除片段的萤光素酶活性检测 | 第73页 |
| 3.2.7 猪S100A8、S100A9、S100A12三个基因中SNP检测 | 第73-76页 |
| 3.2.7.1 全基因组的SNP筛查 | 第73-74页 |
| 3.2.7.2 S100A9-3’UTR-TspRI-T58A多态在中外猪品种中的分布 | 第74页 |
| 3.2.7.3 S100A9-3’UTR-TspRI-T58A多态与性状关联分析 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-86页 |
| 4.1 猪基因芯片的数据分析仍在不断改进 | 第76页 |
| 4.2 副猪嗜血杆菌感染过程中的宿主免疫应答和一些主要分子机理 | 第76-79页 |
| 4.2.1 HPS感染过程中急性期应答的分子机理及其与一些感染性疾病的关联 | 第76-78页 |
| 4.2.2 HPS感染的宿主免疫启动 | 第78-79页 |
| 4.3 对HPS感染的深入认识 | 第79-81页 |
| 4.3.1 HPS感染过程中的免疫逃避 | 第79-81页 |
| 4.3.2 IL10信号在HPS感染中具有免疫保护作用? | 第81页 |
| 4.4 关于S100A8、S100A9、S1OOA12研究 | 第81-86页 |
| 5 小结 | 第86-88页 |
| 5.1 本研究的主要结论、创新点、意义 | 第86-87页 |
| 5.2 本研究的不足及下一步工作建议 | 第87-88页 |
| 6 在读期间的其他工作 | 第88-98页 |
| 6.1 猪肺脏蛋白质组学研究中的双向凝胶电泳技术 | 第88-96页 |
| 6.2 猪呼吸繁殖综合症病毒感染的致病机理和宿主保护性免疫应答研究(国家留学基金委公派赴美留学工作) | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-113页 |
| 附录 | 第113-121页 |
| 1 利用GCRMA法对基因芯片数据处理分析(R语言) | 第113-114页 |
| 2 猪S100A8、S100A9、S100A12基因组序列 | 第114-118页 |
| 3 个人简历 | 第118-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
