| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 前言 | 第10-23页 |
| 1.1 山茶属植物个体内rDNA的多态性研究 | 第10-17页 |
| 1.1.1 山茶属植物简介 | 第10-11页 |
| 1.1.2 rRNA基因家族的结构与功能 | 第11-13页 |
| 1.1.3 rDNA基因家族的进化 | 第13-14页 |
| 1.1.4 rDNA在植物系统发育重建中的应用 | 第14-16页 |
| 1.1.5 山茶属植物ITS序列的研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2 杜鹃红山茶的遗传结构 | 第17-21页 |
| 1.2.1 杜鹃红山茶简介 | 第17-19页 |
| 1.2.2 基因流与空间遗传结构 | 第19-21页 |
| 1.2.3 杜鹃红山茶及山茶空间遗传结构的相关研究 | 第21页 |
| 1.3 本研究的内容、目的与意义 | 第21-23页 |
| 第二章 香港红山茶个体内ITS多样性 | 第23-44页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 材料与仪器 | 第23-25页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第23-24页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第24页 |
| 2.2.3 实验药品 | 第24页 |
| 2.2.4 实验软件 | 第24-25页 |
| 2.3 实验方法 | 第25-31页 |
| 2.3.1 改进的CTAB法提取总DNA | 第25页 |
| 2.3.2 ITS序列扩增 | 第25-27页 |
| 2.3.3 PCR扩增产物回收与纯化 | 第27页 |
| 2.3.4 测序 | 第27-29页 |
| 2.3.5 PCR产物测序 | 第29页 |
| 2.3.6 序列分析 | 第29-31页 |
| 2.4 结果 | 第31-39页 |
| 2.4.1 ITS序列重组子及单倍型检测 | 第31-32页 |
| 2.4.2 序列特征 | 第32-35页 |
| 2.4.3 个体内多态性 | 第35页 |
| 2.4.4 GC含量,最小自由能以及二级结构 | 第35-37页 |
| 2.4.5 系统发育树 | 第37-39页 |
| 2.4.6 物种鉴定 | 第39页 |
| 2.5 讨论 | 第39-44页 |
| 2.5.1 ITS序列的重组检测 | 第39-40页 |
| 2.5.2 ITS的假基因序列的判断标准 | 第40页 |
| 2.5.3 个体内ITS的多态性 | 第40-41页 |
| 2.5.4 ITS的进化 | 第41-42页 |
| 2.5.5 物种鉴定 | 第42-44页 |
| 第三章 山茶属植物种间及个体内26S rDNA的多态性 | 第44-59页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 材料与仪器 | 第44-46页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第44-45页 |
| 3.2.2 实验仪器 | 第45页 |
| 3.2.3 实验药品 | 第45-46页 |
| 3.2.4 实验软件 | 第46页 |
| 3.3 实验方法 | 第46-49页 |
| 3.3.1 改进的CTAB法提取总DNA | 第46页 |
| 3.3.2 26SrDNA片段扩增及测序 | 第46-48页 |
| 3.3.3 序列分析 | 第48页 |
| 3.3.4 全基因组酶切、克隆rDNA并测序 | 第48-49页 |
| 3.4 实验结果 | 第49-55页 |
| 3.4.1 山茶属植物26S rDNA的序列特征 | 第49-50页 |
| 3.4.2 山茶属植物26S rDNA的多态性 | 第50页 |
| 3.4.3 山茶属植物26S rDNA的假基因 | 第50-51页 |
| 3.4.4 茶基因组内rDNA假基因的相对丰度 | 第51页 |
| 3.4.5 系统发育树 | 第51-55页 |
| 3.5 讨论 | 第55-59页 |
| 3.5.1 减少PCR介导的重组现象的方法 | 第55页 |
| 3.5.2 rDNA酶切及克隆 | 第55-56页 |
| 3.5.3 山茶属植物rDNA假基因的多态性 | 第56-57页 |
| 3.5.4 山茶属rDNA假基因的进化 | 第57-58页 |
| 3.5.5 山茶属rDNA假基因揭示的系统发育 | 第58-59页 |
| 第四章 杜鹃红山茶的空间遗传结构 | 第59-80页 |
| 4.1 引言 | 第59页 |
| 4.2 材料与仪器 | 第59-61页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第59-60页 |
| 4.2.2 实验仪器 | 第60页 |
| 4.2.3 实验药品 | 第60-61页 |
| 4.2.4 实验软件 | 第61页 |
| 4.3 实验方法 | 第61-66页 |
| 4.3.1 改进的CTAB法提取总DNA | 第61页 |
| 4.3.2 SSR引物筛选 | 第61-62页 |
| 4.3.3 杜鹃红山茶荧光SSR-PCR扩增 | 第62页 |
| 4.3.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳银染挑检PCR产物 | 第62-63页 |
| 4.3.5 带荧光标记的DNA分子片段检测 | 第63页 |
| 4.3.6 数据处理和分析 | 第63-66页 |
| 4.4 实验结果 | 第66-75页 |
| 4.4.1 杜鹃红山茶的遗传多样性 | 第66-67页 |
| 4.4.2 杜鹃红山茶的克隆生长 | 第67页 |
| 4.4.3 杜鹃红山茶亚种群间的分化 | 第67-68页 |
| 4.4.4 Bayesian推断的遗传结构 | 第68-70页 |
| 4.4.5 主成分分析的结果 | 第70-73页 |
| 4.4.6 瓶颈效应检测 | 第73页 |
| 4.4.7 空间自相关与空间遗传结构 | 第73-74页 |
| 4.4.8 最可能亲本分析与基因流 | 第74页 |
| 4.4.9 最小有效种群 | 第74-75页 |
| 4.5 讨论 | 第75-80页 |
| 4.5.1 杜鹃红山茶种群的遗传多样性 | 第75-76页 |
| 4.5.2 杜鹃红山茶种群内的基因流与遗传分化 | 第76-77页 |
| 4.5.3 杜鹃红山茶空间遗传结构模式及其原因 | 第77-78页 |
| 4.5.4 片段化生境对杜鹃红山茶种群的影响 | 第78-79页 |
| 4.5.5 杜鹃红山茶种群的有效种群大小及保护策略 | 第79-80页 |
| 第五章 结论和展望 | 第80-82页 |
| 5.1 主要结论 | 第80-81页 |
| 5.2 研究展望 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-91页 |
| 学习期间发表和拟发表的论文 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 附录 | 第93-102页 |
