| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩写符号 | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-35页 |
| 1.1 生物质抗降解屏障及组成 | 第11-14页 |
| 1.1.1 半纤维素的结构 | 第12页 |
| 1.1.2 木质素的结构 | 第12-13页 |
| 1.1.3 纤维素的结构 | 第13-14页 |
| 1.2 不同微生物的高效纤维素降解系统 | 第14-22页 |
| 1.2.1 不同微生物来源的纤维素酶系统组成 | 第15页 |
| 1.2.2 好氧真菌和放线菌的游离酶系统 | 第15-17页 |
| 1.2.3 厌氧梭菌的纤维小体系统 | 第17-19页 |
| 1.2.4 哈氏噬纤维菌及其他的纤维索酶系统 | 第19-22页 |
| 1.3 纤维素酶催化结构域的功能分类 | 第22-23页 |
| 1.4 碳水化合物结合模块 | 第23-25页 |
| 1.5 结构生物信息学与活性架构 | 第25-34页 |
| 1.5.1 生物信息学 | 第25-26页 |
| 1.5.2 生物信息学与功能预测 | 第26-28页 |
| 1.5.3 序列模式和结构模式 | 第28-29页 |
| 1.5.4 进化痕迹：从进化的角度进行功能位点分析 | 第29-30页 |
| 1.5.5 活性架构分析与功能位点预测研究进展 | 第30-32页 |
| 1.5.6 CAZy数据库—碳水化合物活性酶数据库 | 第32-34页 |
| 1.6 立题依据 | 第34-35页 |
| 第2章 纤维素酶结构分析及活性架构位点预测 | 第35-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-37页 |
| 2.1.1 数据获取 | 第35页 |
| 2.1.2 蛋白质结构显示 | 第35-36页 |
| 2.1.3 表面电势分析 | 第36页 |
| 2.1.4 寻找潜在活性架构位点 | 第36页 |
| 2.1.5 氨基酸频率统计 | 第36-37页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第37-47页 |
| 2.2.1 纤维素酶的序列家族与结构起源 | 第37-39页 |
| 2.2.2 纤维素酶的趋同进化 | 第39-41页 |
| 2.2.3 纤维素酶的活性架构 | 第41-42页 |
| 2.2.4 GH7家族纤维素酶的活性架构潜在位点 | 第42-44页 |
| 2.2.5 其他纤维素酶家族的活性架构潜在位点 | 第44-46页 |
| 2.2.6 纤维素酶潜在活性架构位点的一些共性 | 第46-47页 |
| 2.3 本章小结 | 第47-49页 |
| 第3章 纤维素酶活性架构位点序列保守性分析 | 第49-68页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-52页 |
| 3.1.1 数据获取 | 第49页 |
| 3.1.2 同源模建 | 第49-50页 |
| 3.1.3 多序列比对与多结构比对 | 第50页 |
| 3.1.4 构建进化树 | 第50页 |
| 3.1.5 生成序列谱 | 第50-51页 |
| 3.1.6 ConSurf和Pfam数据库的保守性打分 | 第51页 |
| 3.1.7 结构比对的RMSD计算 | 第51-52页 |
| 3.1.8 分子动力学模拟 | 第52页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第52-66页 |
| 3.2.1 GH7家族纤维素酶的活性架构序列谱 | 第52-55页 |
| 3.2.2 底物3A或5A范围内的活性架构序列谱 | 第55-57页 |
| 3.2.3 潜在活性架构位点中保守位点的稳定性 | 第57-59页 |
| 3.2.4 其他纤维素酶家族潜在活性架构位点序列谱 | 第59-64页 |
| 3.2.5 纤维素酶潜在活性架构位点中的保守位点 | 第64-66页 |
| 3.3 本章小结 | 第66-68页 |
| 第4章 纤维素酶功能组件分析 | 第68-77页 |
| 4.1 材料与方法 | 第68-70页 |
| 4.1.1 数据获取 | 第68页 |
| 4.1.2 输入文件准备 | 第68-69页 |
| 4.1.3 构造相关系数矩阵 | 第69页 |
| 4.1.4 去除噪声位点 | 第69页 |
| 4.1.5 双向因子分析 | 第69-70页 |
| 4.1.6 估算位点进化速率 | 第70页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第70-76页 |
| 4.2.1 基于降噪的双向因子分析 | 第70-72页 |
| 4.2.2 GH7家族纤维素酶的功能组件分析 | 第72-73页 |
| 4.2.3 其它纤维素酶家族功能组件分析 | 第73-76页 |
| 4.3 本章小结 | 第76-77页 |
| 第5章 纤维素酶的进化检验 | 第77-91页 |
| 5.1 材料与方法 | 第77-78页 |
| 5.1.1 序列获取 | 第77页 |
| 5.1.2 多序列比对和系统发育树构建 | 第77-78页 |
| 5.1.3 CODEML输入文件制作 | 第78页 |
| 5.1.4 进化分析 | 第78页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第78-89页 |
| 5.2.1 GH7家族的分支检验和位点检验 | 第78-81页 |
| 5.2.2 GH7家族纤维素酶的分支-位点检验 | 第81-84页 |
| 5.2.3 GH6家族的进化检验 | 第84-87页 |
| 5.2.4 GH12家族的进化检验 | 第87-89页 |
| 5.3 本章小结 | 第89-91页 |
| 全文总结与展望 | 第91-93页 |
| 附录 | 第93-104页 |
| 参考文献 | 第104-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第117-118页 |
| 附件 | 第118页 |
