| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 英文缩略表 | 第17-18页 |
| 第一章 引言 | 第18-36页 |
| 1.1 我国家养水貂不同色型遗传资源 | 第18-19页 |
| 1.1.1 银蓝色水貂(pp) | 第18页 |
| 1.1.2 漆黑色水貂(JJ) | 第18-19页 |
| 1.1.3 红眼白水貂(bbcc) | 第19页 |
| 1.1.4 咖啡色水貂(bb) | 第19页 |
| 1.1.5 米黄色水貂(bpbp) | 第19页 |
| 1.1.6 珍珠色水貂(pp bpbp) | 第19页 |
| 1.1.7 阿留申水貂(aa) | 第19页 |
| 1.2 水貂毛色遗传特性 | 第19-21页 |
| 1.2.1 定位水貂毛色基因的染色体研究 | 第20页 |
| 1.2.2 水貂被毛颜色表型特征 | 第20页 |
| 1.2.3 常规育种中水貂毛色特殊遗传规律 | 第20-21页 |
| 1.3 水貂毛色相关基因研究现状 | 第21-24页 |
| 1.3.1 MLPH基因 | 第21-22页 |
| 1.3.2 TYR基因 | 第22页 |
| 1.3.3 LYST基因 | 第22-23页 |
| 1.3.4 TYRP1基因 | 第23页 |
| 1.3.5 MITF基因 | 第23-24页 |
| 1.4 畜禽毛色主要调控基因遗传学效应 | 第24-32页 |
| 1.4.1 MC1R基因与畜禽毛色 | 第25-27页 |
| 1.4.2 TYR基因与畜禽毛色 | 第27-29页 |
| 1.4.3 Agouti基因与畜禽毛色 | 第29-32页 |
| 1.5 RNA-seq技术及其在毛色遗传学中的应用进展 | 第32-34页 |
| 1.5.1 转录组介绍 | 第32页 |
| 1.5.2 RNA-seq技术及应用领域 | 第32页 |
| 1.5.3 RNA-seq技术鉴定色素沉积差异表达基因的基础研究 | 第32-34页 |
| 1.6 本研究目的与意义 | 第34-36页 |
| 第二章 不同毛色水貂被毛黑色素含量测定及差异分析 | 第36-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第36-38页 |
| 2.1.1 被毛采集 | 第36-37页 |
| 2.1.2 仪器设备与试剂 | 第37页 |
| 2.1.3 试剂配制 | 第37页 |
| 2.1.4 被毛处理及黑色素标准曲线制作 | 第37页 |
| 2.1.5 被毛黑色素含量测定 | 第37-38页 |
| 2.1.6 数据统计分析 | 第38页 |
| 2.2 结果与分析 | 第38-41页 |
| 2.2.1 黑色素标准曲线绘制 | 第38-39页 |
| 2.2.2 不同颜色被毛黑色素含量测定及差异分析 | 第39-41页 |
| 2.3 讨论 | 第41-43页 |
| 2.3.1 关于毛纤维黑色素定量测定方法的探讨 | 第41-42页 |
| 2.3.2 水貂被毛黑色素含量与毛色的相关性分析 | 第42-43页 |
| 2.4 结论 | 第43-44页 |
| 第三章 不同毛色水貂皮肤成熟黑色素细胞组织学研究 | 第44-53页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-46页 |
| 3.1.1 皮肤样本采集 | 第44页 |
| 3.1.2 仪器设备与试剂 | 第44-45页 |
| 3.1.3 组织包埋与染色 | 第45-46页 |
| 3.2 结果与分析 | 第46-47页 |
| 3.2.1 甲苯胺蓝染色结果 | 第46页 |
| 3.2.2 多巴染色结果 | 第46-47页 |
| 3.2.3 多巴-甲苯胺蓝复染结果 | 第47页 |
| 3.3 讨论 | 第47-49页 |
| 3.3.1 不同染色方法研究水貂皮肤组织学结构特性的可行性 | 第47-48页 |
| 3.3.2 皮肤成熟黑色素细胞分布与水貂毛色相关性的探讨 | 第48-49页 |
| 3.4 结论 | 第49-53页 |
| 第四章 水貂MC1R、TYR和Agouti基因鉴定及生物信息学分析 | 第53-78页 |
| 4.1 材料与方法 | 第53-58页 |
| 4.1.1 试验动物、样品采集及保存 | 第53-54页 |
| 4.1.2 主要仪器和设备 | 第54页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第54页 |
| 4.1.4 试剂配制 | 第54页 |
| 4.1.5 血液基因组DNA提取与检测 | 第54-55页 |
| 4.1.6 引物设计、合成与稀释 | 第55-56页 |
| 4.1.7 PCR扩增最优反应体系及参数的建立 | 第56页 |
| 4.1.8 PCR产物纯化与克隆测序 | 第56-57页 |
| 4.1.9 MC1R、TYR和Agouti基因序列拼接与鉴定 | 第57页 |
| 4.1.10 MC1R、TYR和Agouti基因生物信息学分析 | 第57-58页 |
| 4.2 结果与分析 | 第58-75页 |
| 4.2.1 血液基因组DNA提取结果 | 第58页 |
| 4.2.2 MC1R基因扩增结果 | 第58-59页 |
| 4.2.3 TYR基因扩增结果 | 第59页 |
| 4.2.4 Agouti基因扩增结果 | 第59-60页 |
| 4.2.5 水貂MC1R、TYR和Agouti基因序列鉴定 | 第60-63页 |
| 4.2.6 水貂MC1R基因序列生物信息学分析 | 第63-66页 |
| 4.2.7 水貂TYR基因序列生物信息学分析 | 第66-70页 |
| 4.2.8 水貂Agouti基因序列生物信息学分析 | 第70-75页 |
| 4.3 讨论 | 第75-77页 |
| 4.3.1 美洲水貂MC1R基因结构特性 | 第75页 |
| 4.3.2 MC1R基因分子进化及其氨基酸变异位点与水貂毛色相关性分析 | 第75-76页 |
| 4.3.3 以TYR基因作为美洲水貂毛色性状相关基因的可行性 | 第76页 |
| 4.3.4 利用TYR基因编码氨基酸序列探讨物种的遗传进化关系 | 第76页 |
| 4.3.5 不同物种Agouti基因序列结构 | 第76-77页 |
| 4.4 结论 | 第77-78页 |
| 第五章 MC1R、TYR和Agouti基因SNPs检测及其与水貂毛色表型关联分析 | 第78-100页 |
| 5.1 材料与方法 | 第78-81页 |
| 5.1.1 试验动物、样品采集及保存 | 第78-79页 |
| 5.1.2 主要仪器设备、试剂及配置方法 | 第79页 |
| 5.1.3 不同毛色水貂血液基因组DNA提取及检测 | 第79页 |
| 5.1.4 SNPs筛查用引物设计、合成与稀释 | 第79页 |
| 5.1.5 PCR扩增及测序 | 第79-80页 |
| 5.1.6 SNPs位点识别与基因型判定 | 第80页 |
| 5.1.7 不同SNPs位点群体遗传学分析 | 第80-81页 |
| 5.1.8 SNPs位点与水貂毛色表型的关联分析 | 第81页 |
| 5.2 结果与分析 | 第81-96页 |
| 5.2.1 MC1R基因在不同毛色水貂群体中遗传变异 | 第81-85页 |
| 5.2.2 TYR基因在不同毛色水貂群体中遗传变异 | 第85-89页 |
| 5.2.3 Agouti基因在不同毛色水貂群体中遗传变异 | 第89-96页 |
| 5.3 讨论 | 第96-99页 |
| 5.3.1 利用PCR产物直接测序法筛查水貂色素合成相关基因SNPs的可行性 | 第96-97页 |
| 5.3.2 MC1R基因多态性分析 | 第97-98页 |
| 5.3.3 TYR基因多态性与脊椎动物皮毛颜色的相关性 | 第98页 |
| 5.3.4 Agouti基因多态性在5个毛色水貂群体中的分布 | 第98-99页 |
| 5.4 结论 | 第99-100页 |
| 第六章 不同毛色水貂皮肤组织MC1R、TYR和Agouti基因mRNA差异表达研究 | 第100-112页 |
| 6.1 材料与方法 | 第100-104页 |
| 6.1.1 皮肤样本采集 | 第100页 |
| 6.1.2 主要仪器设备与试剂 | 第100-101页 |
| 6.1.3 皮肤组织总RNA提取 | 第101页 |
| 6.1.4 总RNA质量检测 | 第101-102页 |
| 6.1.5 反转录 | 第102页 |
| 6.1.6 MC1R、TYR和Agouti基因引物设计、合成与稀释 | 第102-103页 |
| 6.1.7 MC1R、TYR、Agouti和 β-actin基因RT-PCR | 第103页 |
| 6.1.8 实时荧光定量PCR | 第103-104页 |
| 6.1.9 数据处理及统计分析 | 第104页 |
| 6.2 结果与分析 | 第104-109页 |
| 6.2.1 不同毛色水貂皮肤组织总RNA提取 | 第104-105页 |
| 6.2.2 MC1R、TYR和Agouti基因及内参 β-actin基因PCR扩增 | 第105-106页 |
| 6.2.3 实时荧光定量PCR扩增曲线及溶解曲线 | 第106-108页 |
| 6.2.4 水貂皮肤组织中毛色基因mRNA相对表达量比较分析 | 第108-109页 |
| 6.3 讨论 | 第109-111页 |
| 6.3.1 MC1R基因mRNA表达量与水貂毛色的关系 | 第109-110页 |
| 6.3.2 TYR基因mRNA表达量与水貂毛色的关系 | 第110-111页 |
| 6.3.3 Agouti基因mRNA表达量与水貂毛色的关系 | 第111页 |
| 6.4 结论 | 第111-112页 |
| 第七章 基于RNA-seq水貂皮肤转录组注释及色素沉积相关基因挖掘 | 第112-132页 |
| 7.1 材料与方法 | 第112-116页 |
| 7.1.1 不同毛色水貂及皮肤采集 | 第112页 |
| 7.1.2 主要仪器设备与试剂 | 第112-113页 |
| 7.1.3 生物信息学分析软件与常用数据库 | 第113页 |
| 7.1.4 皮肤组织总RNA提取 | 第113页 |
| 7.1.5 总RNA质量检测 | 第113页 |
| 7.1.6 cDNA文库构建 | 第113-114页 |
| 7.1.7 Illumina HiSeq/MiSeq测序 | 第114页 |
| 7.1.8 RNA-seq高通量测序生物信息学分析流程及数据处理方法 | 第114-115页 |
| 7.1.9 色素沉积差异表达基因实时荧光定量PCR验证 | 第115-116页 |
| 7.2 结果与分析 | 第116-130页 |
| 7.2.1 水貂皮肤组织总RNA检测 | 第116-117页 |
| 7.2.2 水貂皮肤组织转录组测序数据质量评估 | 第117-119页 |
| 7.2.3 水貂皮肤组织转录本的拼接及长度分布 | 第119页 |
| 7.2.4 水貂皮肤组织转录组Unigene功能注释 | 第119-120页 |
| 7.2.5 不同毛色水貂皮肤组织差异表达基因分析 | 第120-126页 |
| 7.2.6 不同毛色水貂皮肤差异表达基因实时荧光定量PCR验证 | 第126-130页 |
| 7.3 讨论 | 第130-131页 |
| 7.3.1 基于RNA-seq技术分析不同毛色水貂皮肤转录组数据 | 第130页 |
| 7.3.2 水貂被毛色素合成通路差异表达基因筛选及验证 | 第130-131页 |
| 7.4 结论 | 第131-132页 |
| 第八章 全文结论 | 第132-133页 |
| 8.1 主要结论 | 第132页 |
| 8.2 创新点 | 第132页 |
| 8.3 下一步研究重点 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-146页 |
| 附录 | 第146-154页 |
| 致谢 | 第154-156页 |
| 作者简历 | 第156-157页 |
