| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第15-37页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第15-17页 |
| 1.1.1 课题背景 | 第15-16页 |
| 1.1.2 研究的目的和意义 | 第16-17页 |
| 1.2 lnc RNAs介绍 | 第17-23页 |
| 1.2.1 lnc RNAs的序列特性 | 第17-18页 |
| 1.2.2 lnc RNAs的基因组特性 | 第18-20页 |
| 1.2.3 lnc RNAs的转录调控 | 第20页 |
| 1.2.4 lnc RNAs的功能 | 第20-23页 |
| 1.3 lnc RNAs在脑发育中的作用 | 第23-25页 |
| 1.3.1 lnc RNAs在脑发育中的调控作用 | 第23-24页 |
| 1.3.2 lnc RNAs失调在神经系统疾病中的作用 | 第24-25页 |
| 1.4 lnc RNAs的预测和注释的研究进展 | 第25-32页 |
| 1.4.1 lnc RNAs大规模预测的研究进展 | 第25-28页 |
| 1.4.2 基于RNA-Seq的lnc RNAs筛选的研究进展 | 第28-30页 |
| 1.4.3 lnc RNAs功能注释的研究进展 | 第30页 |
| 1.4.4 lnc RNAs注释平台建设的研究进展 | 第30-32页 |
| 1.5 本文的主要研究内容 | 第32-37页 |
| 1.5.1 RNA-Seq筛选胚胎脑发育相关的lnc RNAs | 第32-33页 |
| 1.5.2 基于模型的脑发育相关lnc RNAs的识别 | 第33-34页 |
| 1.5.3 基于共表达信息的lnc RNAs功能注释 | 第34-35页 |
| 1.5.4 脑表达lnc RNAs合集及其注释平台构建 | 第35-36页 |
| 1.5.5 技术路线 | 第36-37页 |
| 第2章 材料与方法 | 第37-51页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-40页 |
| 2.1.1 高通量测序数据 | 第37页 |
| 2.1.2 基因组注释数据 | 第37页 |
| 2.1.3 功能基因组数据 | 第37-38页 |
| 2.1.4 实验动物及实验材料 | 第38页 |
| 2.1.5 实验仪器、网站和软件 | 第38-40页 |
| 2.2 生物信息学方法 | 第40-46页 |
| 2.2.1 转录组测序数据分析 | 第40-41页 |
| 2.2.2 染色质修饰测序数据分析 | 第41-42页 |
| 2.2.3 预测lnc RNAs的整合模型 | 第42-43页 |
| 2.2.4 基因功能富集分析 | 第43-46页 |
| 2.2.5 统计学分析 | 第46页 |
| 2.3 分子生物学方法 | 第46-50页 |
| 2.3.1 胚胎及组织的获取 | 第46页 |
| 2.3.2 核酸的提取等常规分子生物学技术 | 第46-48页 |
| 2.3.3 RNA探针的制备 | 第48-49页 |
| 2.3.4 原位杂交实验 | 第49-50页 |
| 2.4 本章小结 | 第50-51页 |
| 第3章 RNA-Seq筛选胚胎脑发育相关的lnc RNAs | 第51-69页 |
| 3.1 引言 | 第51页 |
| 3.2 基于RNA-Seq筛选lnc RNAs | 第51-53页 |
| 3.3 胚胎脑发育lnc RNAs的基因组表征 | 第53-58页 |
| 3.4 胚胎脑发育lnc RNAs的转录组表征 | 第58-60页 |
| 3.5 胚胎脑发育lnc RNAs的表观基因组表征 | 第60-62页 |
| 3.6 胚胎脑发育lnc RNAs的功能基因组表征 | 第62-66页 |
| 3.7 胚胎脑发育lnc RNAs的验证 | 第66-68页 |
| 3.8 本章小结 | 第68-69页 |
| 第4章 基于模型的脑发育相关lnc RNAs的识别 | 第69-89页 |
| 4.1 引言 | 第69页 |
| 4.2 LASSO模型的构建和特征选择 | 第69-73页 |
| 4.3 基于LASSO模型的性能分析 | 第73-77页 |
| 4.3.1 LASSO模型的交叉证实和独立检验 | 第73-75页 |
| 4.3.2 LASSO模型的参数对模型性能的影响 | 第75-76页 |
| 4.3.3 LASSO模型特征选择的稳定性分析 | 第76-77页 |
| 4.4 脑发育特异lnc RNAs的筛选和表征 | 第77-81页 |
| 4.5 脑发育特异lnc RNAs对临近基因的调控 | 第81-84页 |
| 4.6 染色质修饰调控脑发育特异lnc RNAs | 第84-86页 |
| 4.7 脑组织特异的lnc RNAs的验证 | 第86-88页 |
| 4.8 本章小结 | 第88-89页 |
| 第5章 基于共表达信息的lnc RNAs功能注释 | 第89-105页 |
| 5.1 引言 | 第89页 |
| 5.2 基于RNA-Seq的候选lnc RNAs的筛选及表征 | 第89-93页 |
| 5.3 基于RNA-Seq的加权共表达模块分析 | 第93-96页 |
| 5.4 基于共表达网络的lnc RNAs功能预测 | 第96-98页 |
| 5.5 牵连获罪方法预测lnc RNAs的功能 | 第98-104页 |
| 5.6 本章小结 | 第104-105页 |
| 第6章 脑表达lnc RNAs合集及其注释平台构建 | 第105-124页 |
| 6.1 引言 | 第105页 |
| 6.2 小鼠脑发育过程表达的lnc RNA合集 | 第105-108页 |
| 6.3 注释平台lncbrain中lnc RNAs的注释 | 第108-110页 |
| 6.4 注释平台lncbrain的架构 | 第110-111页 |
| 6.5 注释平台lncbrain的功能介绍 | 第111-122页 |
| 6.6 本章小结 | 第122-124页 |
| 结论 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-139页 |
| 附录Ⅰ | 第139-144页 |
| 附录Ⅱ | 第144-145页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第145-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
| 个人简历 | 第148页 |
