| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 蛙科分子系统学及系统地理学研究进展 | 第11-31页 |
| 1 分子系统学及系统地理学研究的基本方法 | 第11-14页 |
| 1.1 分子遗传标记 | 第11-12页 |
| 1.1.1 蛋白质水平的标记 | 第11页 |
| 1.1.2 DNA水平的标记 | 第11-12页 |
| 1.2 序列分析和系统发育树重建 | 第12-14页 |
| 1.2.1 序列比对 | 第12页 |
| 1.2.2 核苷酸替代模型选择 | 第12-13页 |
| 1.2.3 系统发育树的重建 | 第13-14页 |
| 2 蛙科分子系统发生学研究进展 | 第14-15页 |
| 3 系统地理学研究进展 | 第15-28页 |
| 3.1 系统地理学发展历程 | 第15-17页 |
| 3.2 系统地理学在不同领域的应用 | 第17-19页 |
| 3.2.1 在种群系统演化中的应用 | 第17-18页 |
| 3.2.2 冰期避难所的确定 | 第18页 |
| 3.2.3 种群系统地理格局及其成因的推断 | 第18-19页 |
| 3.2.4 在保护生物学中的应用 | 第19页 |
| 3.3 中国无尾两栖类系统地理学研究进展 | 第19-28页 |
| 3.3.1 中国无尾两栖类系统地理格局 | 第19-21页 |
| 3.3.2 影响我国无尾两栖类系统地理格局的主要因素 | 第21-28页 |
| 4 花臭蛙种复合体问题的研究 | 第28-30页 |
| 4.1 花臭蛙概述 | 第28页 |
| 4.2 花臭蛙系统分类地位 | 第28-29页 |
| 4.3 花臭蛙复合体内新种概述 | 第29-30页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第30-31页 |
| 第二章 基于线粒体基因组水平的中国蛙科系统发育关系 | 第31-51页 |
| 1 材料与方法 | 第34-38页 |
| 1.1 样品准备与基因组提取 | 第34页 |
| 1.2 PCR扩增与测序 | 第34-36页 |
| 1.3 序列拼接与分析 | 第36-37页 |
| 1.4 分子系统发生学分析 | 第37-38页 |
| 2 结果 | 第38-46页 |
| 2.1 花臭蛙线粒体基因组结构特征 | 第38-42页 |
| 2.1.1 花臭蛙线粒体基因组成 | 第38-40页 |
| 2.1.2 花臭蛙线粒体基因排列——一种新的重排方式 | 第40页 |
| 2.1.3 蛋白质编码基因 | 第40-42页 |
| 2.1.4 rRNA和tRNA基因 | 第42页 |
| 2.1.5 非编码区 | 第42页 |
| 2.2 华南湍蛙线粒体基因组结构特征 | 第42-45页 |
| 2.2.1 华南湍蛙线粒体基因组成 | 第42-44页 |
| 2.2.2 华南湍蛙线粒体基因排列方式 | 第44页 |
| 2.2.3 蛋白质编码基因 | 第44页 |
| 2.2.4 rRNA和tRNA基因 | 第44页 |
| 2.2.5 非编码区 | 第44-45页 |
| 2.3 系统发育关系分析 | 第45-46页 |
| 3 讨论 | 第46-51页 |
| 3.1 基因重排机制 | 第46-47页 |
| 3.2 蛙科系统关系 | 第47-49页 |
| 3.3 臭蛙属（Odorrana）的单系性探讨 | 第49-50页 |
| 3.4 基因重排与系统发育关系 | 第50-51页 |
| 第三章 花臭蛙种复合体分子系统地理学 | 第51-83页 |
| 1 材料与方法 | 第53-60页 |
| 1.1 样品采集 | 第53-56页 |
| 1.2 DNA提取，PCR扩增和测序 | 第56-57页 |
| 1.3 序列比对和系统发育分析 | 第57-58页 |
| 1.4 分歧时间估算 | 第58-59页 |
| 1.5 种群遗传分析 | 第59页 |
| 1.6 种群历史分析 | 第59-60页 |
| 1.7 蛙类标本形态描述与测量 | 第60页 |
| 2 结果 | 第60-73页 |
| 2.1 mtDNA序列的可靠性 | 第60-61页 |
| 2.2 mtDNA序列的遗传变异 | 第61-64页 |
| 2.3 系统发育关系重建 | 第64页 |
| 2.4 遗传多样性和种群遗传结构 | 第64-66页 |
| 2.5 主要支系分歧时间 | 第66-68页 |
| 2.6 单倍型网络分析 | 第68-73页 |
| 2.7 种群历史分析 | 第73页 |
| 3 讨论 | 第73-83页 |
| 3.1 花臭蛙种复合体系统地理格局 | 第73-78页 |
| 3.2 多个冰期避难所 | 第78-79页 |
| 3.3 种群演化历史 | 第79页 |
| 3.4 二次接触带 | 第79-80页 |
| 3.5 隐存种分化 | 第80-83页 |
| 3.5.1 分子证据 | 第80页 |
| 3.5.2 形态证据 | 第80-83页 |
| 第四章 结论与展望 | 第83-88页 |
| 1 结论 | 第83-86页 |
| 1.1 基于线粒体基因组水平的中国蛙科各亚科系统发育关系 | 第83-84页 |
| 1.2 花臭蛙种复合体系统地理学 | 第84-86页 |
| 2 展望 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 附录 1：读博期间野外工作经历 | 第102-103页 |
| 附录 2：读博期间发表论文情况 | 第103页 |
