| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-13页 |
| 第一章 综述 | 第13-25页 |
| 1 类黄酮代谢概述 | 第13-17页 |
| 1.1 类黄酮化合物简介 | 第13页 |
| 1.2 类黄酮生物合成 | 第13-17页 |
| 1.2.1 苯丙素代谢中的类黄酮合成上游相关基因 | 第14-15页 |
| 1.2.2 类黄酮合成核心基因 | 第15-17页 |
| 2 萜类化合物代谢概述 | 第17-22页 |
| 2.1 萜类化合物简介 | 第17-18页 |
| 2.2 萜类骨架合成代谢 | 第18-21页 |
| 2.2.1 甲羟戊酸(MVA)途径 | 第19-20页 |
| 2.2.2 脱氧磷酸木酮糖(DXP)途径 | 第20-21页 |
| 2.3 单萜和倍半萜合成 | 第21-22页 |
| 3 WGCNA加权基因共表达网络分析 | 第22-24页 |
| 3.1 WGCNA简介 | 第22-23页 |
| 3.2 WGCNA在植物育种中应用 | 第23-24页 |
| 4 研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 第二章 玫瑰基因组基因注释 | 第25-40页 |
| 1 前言 | 第25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-29页 |
| 2.1 实验分析数据来源 | 第25-26页 |
| 2.2 基因组基因注释 | 第26-27页 |
| 2.2.1 基因组重复序列鉴定 | 第26页 |
| 2.2.2 同源蛋白证据的获得 | 第26页 |
| 2.2.3 转录本证据的获得 | 第26页 |
| 2.2.4 从头计算型基因注释软件的模型训练 | 第26-27页 |
| 2.2.5 MAKER基因注释和过滤 | 第27页 |
| 2.2.6 基因功能注释 | 第27页 |
| 2.3 重要转录因子基因家族识别 | 第27-28页 |
| 2.4 植物花色、花香相关基因分析 | 第28-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-39页 |
| 3.1 基因注释结果整理 | 第29-31页 |
| 3.2 转录因子基因家族统计结果 | 第31-32页 |
| 3.3 花色、花香相关基因拷贝数分析 | 第32-35页 |
| 3.4 花色、花香相关基因组织表达分析 | 第35-39页 |
| 4 讨论 | 第39-40页 |
| 4.1 玫瑰基因组复杂性 | 第39页 |
| 4.2 玫瑰基因家族的扩增和特异性 | 第39-40页 |
| 第三章 玫瑰转录组分析 | 第40-57页 |
| 1 前言 | 第40页 |
| 2 材料与方法 | 第40-42页 |
| 2.1 转录组样品聚类和主成分分析 | 第40页 |
| 2.2 差异表达基因的计算 | 第40-41页 |
| 2.3 花瓣差异表达基因筛选 | 第41页 |
| 2.4 花瓣差异表达基因的KEGG代谢通路富集分析 | 第41页 |
| 2.5 花瓣差异表达基因的趋势分析 | 第41-42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-56页 |
| 3.1 样品生物学重复间一致性检验 | 第42-44页 |
| 3.2 花瓣差异表达基因统计 | 第44-47页 |
| 3.3 花瓣差异表达基因KEGG富集通路 | 第47-54页 |
| 3.4 花瓣差异表达基因聚类和表达趋势解析 | 第54-56页 |
| 4 讨论 | 第56-57页 |
| 第四章 玫瑰加权基因共表达网络分析 | 第57-67页 |
| 1 前言 | 第57页 |
| 2 材料与方法 | 第57-58页 |
| 2.1 玫瑰共表达网络构建 | 第57页 |
| 2.2 共表达模块的KEGG代谢通路富集分析 | 第57-58页 |
| 2.3 候选基因集中的转录因子识别 | 第58页 |
| 2.4 蛋白互作网络构建 | 第58页 |
| 3 结果与分析 | 第58-65页 |
| 3.1 WGCNA构建的玫瑰共表达网络 | 第58-59页 |
| 3.2 类黄酮、萜类合成相关基因富集的共表达模块 | 第59-60页 |
| 3.3 类黄酮、萜类合成相关调控转录因子筛选 | 第60-62页 |
| 3.4 STRING互作网络 | 第62-65页 |
| 4 讨论 | 第65-67页 |
| 4.1 hub转录因子的枢纽作用 | 第65页 |
| 4.2 高共表达相关性基因的潜在蛋白互作和调控作用 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-78页 |
| 附录 | 第78-81页 |
| 致谢 | 第81页 |