| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 文献综述 | 第12-17页 |
| 1. 皖南花猪和大约克猪的概述 | 第12页 |
| 2. 肉质性状的主要概述 | 第12-13页 |
| 2.1 肉质性状的研究意义 | 第12-13页 |
| 2.2 猪基因组学的相关研究进展 | 第13页 |
| 3. 转录组测序（RNA-seq)概述 | 第13页 |
| 4. 高通量测序技术概述 | 第13-15页 |
| 4.1 454 测序技术概述 | 第13-14页 |
| 4.2 ABI/SOLiD测序技术概述 | 第14页 |
| 4.3 Helicos/HeliScope测序技术概述 | 第14页 |
| 4.4 Illumina/Solexa测序技术概述 | 第14-15页 |
| 5. RNA-seq测序技术 | 第15-17页 |
| 5.1 RNA-seq技术的实验流程图 | 第15页 |
| 5.2 RNA-seq测序技术的优点以及应用 | 第15-17页 |
| 引言 | 第17-18页 |
| 1. 材料与方法 | 第18-31页 |
| 1.1 实验动物和样品采集 | 第18页 |
| 1.2 胴体性能的测定 | 第18页 |
| 1.3 常规肉质性状的测定 | 第18-20页 |
| 1.3.1 肉色测定 | 第18页 |
| 1.3.2 pH测定 | 第18页 |
| 1.3.3 肌纤维直径测定 | 第18-19页 |
| 1.3.4 肌内脂肪含量测定 | 第19页 |
| 1.3.5 失水率测定 | 第19-20页 |
| 1.4 主要试剂和试剂盒 | 第20页 |
| 1.5 主要试验仪器 | 第20页 |
| 1.6 总 RNA 的提取和检验方法 | 第20-21页 |
| 1.6.1 总RNA的提取 | 第20-21页 |
| 1.6.2 总 RNA 质量检测方法 | 第21页 |
| 1.7 RNA-seq文库的构建与检验 | 第21-26页 |
| 1.7.1 rRNA的去除和RNA片段化 | 第21-22页 |
| 1.7.2 cDNA第一链合成 | 第22-23页 |
| 1.7.3 cDNA第二链的合成 | 第23页 |
| 1.7.4 末端修复 | 第23-24页 |
| 1.7.5 3’末端加腺苷酸 | 第24页 |
| 1.7.6 连接接头 | 第24-25页 |
| 1.7.7 富集纯化的cDNA模板 | 第25-26页 |
| 1.7.8 文库质检 | 第26页 |
| 1.8 上机测序 | 第26页 |
| 1.9 RNA-seq生物信息学分析 | 第26-28页 |
| 1.9.1 RNA-seq数据分析流程图 | 第26-27页 |
| 1.9.2 原始数据处理与评估 | 第27页 |
| 1.9.3 基因定量分析 | 第27页 |
| 1.9.4 差异表达基因筛选 | 第27-28页 |
| 1.10 GO分析与Pathway分析 | 第28页 |
| 1.10.1 GO功能显著性富集分析 | 第28页 |
| 1.10.2 Pathway显著性富集分析 | 第28页 |
| 1.11 荧光定量PCR | 第28-31页 |
| 1.11.1 荧光定量引物的设计和合成 | 第28-29页 |
| 1.11.2 荧光定量PCR反应体系 | 第29-30页 |
| 1.11.3 荧光定量PCR反应条件 | 第30页 |
| 1.11.4 荧光定量结果的统计分析 | 第30-31页 |
| 2. 结果与分析 | 第31-47页 |
| 2.1 皖南花猪和大约克猪胴体性状比较 | 第31页 |
| 2.2 皖南花猪和大约克猪背最长肌的肉质性状 | 第31-32页 |
| 2.3 总RNA质量和文库构建检测 | 第32-34页 |
| 2.3.1 总RNA质量检测 | 第32-33页 |
| 2.3.2 文库构建检测 | 第33-34页 |
| 2.4 转录组测序结果与分析 | 第34-37页 |
| 2.4.1 测序序列格式展示 | 第34页 |
| 2.4.2 测序序列质量评估 | 第34-36页 |
| 2.4.3 数据预处理和基因组Mapping结果 | 第36页 |
| 2.4.4 测序饱和度分析 | 第36-37页 |
| 2.5 基因定量分析 | 第37-38页 |
| 2.6 差异表达基因筛选 | 第38页 |
| 2.7 皖南花猪和大约克猪差异表达基因的 GO 功能富集分析 | 第38-44页 |
| 2.8 皖南花猪和大约克猪差异表达基因的KEGG富集分析 | 第44-45页 |
| 2.9 荧光定量PCR结果 | 第45-47页 |
| 3. 讨论 | 第47-50页 |
| 3.1 皖南花猪和大约克猪在胴体性能方面的比较分析 | 第47页 |
| 3.2 皖南花猪和大约克猪在肉质性状方面的比较分析 | 第47页 |
| 3.3 糖酵解代谢生物过程和通路对肉质的影响 | 第47-48页 |
| 3.4 肌纤维发育生物过程对肉质的影响 | 第48-49页 |
| 3.5 脂肪性状信号通路对肉质的影响 | 第49-50页 |
| 4. 结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-56页 |
| 附录 | 第56-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 作者简介 | 第62-63页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 | 第63页 |
