| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 高频词对照表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-32页 |
| 1 引言 | 第13-14页 |
| 2 寄养对仔猪生长性状的影响 | 第14-15页 |
| 3 肠道微生物功能及其影响因素研究进展 | 第15-28页 |
| 3.1 肠道微生物与能量代谢调控及肥胖的关系 | 第15-18页 |
| 3.2 肠道微生物与疾病、免疫的关系 | 第18-24页 |
| 3.3 影响肠道微生物结构的因素 | 第24-28页 |
| 4 猪肠道微生物研究进展 | 第28-29页 |
| 5 微生物宏基因组学研究进展 | 第29-32页 |
| 5.1 微生物学研究方法概述 | 第29-30页 |
| 5.2 宏基因组技术 | 第30-31页 |
| 5.3 微生物基因组计划 | 第31-32页 |
| 第二章 寄养对金华仔猪生长性状的影响 | 第32-43页 |
| 1 前言 | 第32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-34页 |
| 2.1 实验动物与实验设计 | 第32-34页 |
| 2.2 样本采集 | 第34页 |
| 2.3 性状测定 | 第34页 |
| 3 数据分析 | 第34页 |
| 4 结果与分析 | 第34-37页 |
| 4.1 生长性状 | 第34-36页 |
| 4.2 石蜡切片(H&E染色) | 第36页 |
| 4.3 各组间肌纤维平均直径比较 | 第36-37页 |
| 5 讨论 | 第37-42页 |
| 5.1 仔猪平均日增重差异及原因 | 第37-41页 |
| 5.2 仔猪肌纤维平均直径的差异及原因 | 第41-42页 |
| 6 小结 | 第42-43页 |
| 第三章 仔猪肠道微生物宏基因组文库构建 | 第43-64页 |
| 1 前言 | 第43页 |
| 2 材料与方法 | 第43-53页 |
| 2.1 样品采集 | 第43-44页 |
| 2.2 方法与步骤 | 第44-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-60页 |
| 3.1 Total DNA的质量检测 | 第53页 |
| 3.2 16S rDNA V3区PCR扩增凝胶电泳结果 | 第53-54页 |
| 3.3 高通量测序结果 | 第54-55页 |
| 3.4 数据预处理结果 | 第55-58页 |
| 3.5 OTU信息 | 第58-59页 |
| 3.6 稀释曲线图 | 第59-60页 |
| 4 讨论 | 第60-63页 |
| 4.1 采样部位的选择 | 第60页 |
| 4.2 扩增区域的选择 | 第60-61页 |
| 4.3 OTU挑选的方法学缺陷 | 第61页 |
| 4.4 基于16S rRNA的下一代测序结果的偏差 | 第61-63页 |
| 5 小结 | 第63-64页 |
| 第四章 仔猪肠道微生物多样性分析 | 第64-94页 |
| 1 前言 | 第64页 |
| 2 分析策略及方法 | 第64-66页 |
| 2.1 物种注释与菌群结构分析 | 第64页 |
| 2.2 Alpha diversity分析 | 第64-65页 |
| 2.3 Beta diversity分析 | 第65-66页 |
| 2.4 LDA Effect Size(LEfSe)分析 | 第66页 |
| 3 结果与分析 | 第66-87页 |
| 3.1 物种注释结果 | 第66-67页 |
| 3.2 菌群结构组成 | 第67-71页 |
| 3.3 Alpha diversity分析结果 | 第71-76页 |
| 3.4 Beta diversity分析结果 | 第76-80页 |
| 3.5 OTU差异分析结果 | 第80-87页 |
| 4 讨论 | 第87-93页 |
| 4.1 仔猪菌群结构分析 | 第87-88页 |
| 4.2 微生物群落多样性分析 | 第88页 |
| 4.3 品种间仔猪肠道微生物的差异 | 第88-89页 |
| 4.4 寄养后,仔猪肠道微生物结构的变化及其原因 | 第89-92页 |
| 4.5 食物对仔猪肠道微生物的影响 | 第92-93页 |
| 5 小结 | 第93-94页 |
| 第五章 结论与展望 | 第94-97页 |
| 1 本文研究总结 | 第94-95页 |
| 2 下一步工作的思路和方向 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 附录 | 第106-115页 |
| 博士在读期间发表的论文 | 第115页 |
