| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-60页 |
| 1.1 生物酶-永恒的研究课题 | 第13-16页 |
| 1.1.1 酶-生命的催化剂 | 第13页 |
| 1.1.2 酶与抑制剂的作用-活跃的科学前沿研究热点之一 | 第13-14页 |
| 1.1.3 酶抑制剂概述 | 第14-16页 |
| 1.2 分子力场 | 第16-42页 |
| 1.2.1 分子力场函数形式 | 第17-29页 |
| 1.2.2 电负性均衡原理与分子力场的简单结合 | 第29-31页 |
| 1.2.3 电负性均衡原理与分子力场的协调结合(CIEEM) | 第31页 |
| 1.2.4 ABEEMσπ/MM分子力场简介 | 第31-42页 |
| 1.3 分子力学方法 | 第42-44页 |
| 1.3.1 能量最小化方法概述 | 第42-43页 |
| 1.3.2 最小化方法的选择 | 第43-44页 |
| 1.4 分子动力学概述 | 第44-53页 |
| 1.4.1 分子动力学原理 | 第45-47页 |
| 1.4.2 周期性边界条件与最近镜像 | 第47-49页 |
| 1.4.3 积分步长的选取 | 第49-50页 |
| 1.4.4 分子动力学计算流程 | 第50-51页 |
| 1.4.5 分子动力学模拟的初始设定和平衡态 | 第51-52页 |
| 1.4.6 分子动力学轨迹分析 | 第52-53页 |
| 1.5 水模型与溶剂化效应 | 第53-55页 |
| 1.5.1 显性溶剂模型 | 第54页 |
| 1.5.2 连续介质模型 | 第54-55页 |
| 1.6 分子对接与结合自由能的计算 | 第55-60页 |
| 1.6.1 分子对接研究概况 | 第55-56页 |
| 1.6.2 分子对接的原理 | 第56页 |
| 1.6.3 分子对接方法的分类 | 第56-57页 |
| 1.6.4 结合自由能的概述 | 第57-58页 |
| 1.6.5 LIE方法的原理 | 第58-59页 |
| 1.6.6 LIE方法的应用 | 第59-60页 |
| 第二章 ABEEMσπ/MM应用于HIV-1蛋白酶与抑制剂相互作用的研究 | 第60-86页 |
| 2.1 引言 | 第60-62页 |
| 2.2 模拟体系和计算方法 | 第62-70页 |
| 2.2.1 模拟体系 | 第62-64页 |
| 2.2.2 计算方法 | 第64-70页 |
| 2.2.2.1 ABEEMσπ蛋白质浮动电荷力场模型 | 第64-65页 |
| 2.2.2.2 ABEEMσπ法计算分子中所有位点电荷分布的理论模型 | 第65-68页 |
| 2.2.2.3 ABEEMoσπ/MM模型中蛋白酶参数的确定 | 第68-69页 |
| 2.2.2.4 溶剂化模型 | 第69-70页 |
| 2.3 结合自由能的计算 | 第70-76页 |
| 2.3.1 计算结合自由能公式的提出 | 第70-72页 |
| 2.3.2 优化及能量的计算 | 第72页 |
| 2.3.3 结果与讨论 | 第72-76页 |
| 2.4 结合自由能的检测 | 第76-79页 |
| 2.5 与其他计算结果的比较 | 第79-81页 |
| 2.6 结构性质分析 | 第81-85页 |
| 2.6.1 回旋半径的计算 | 第81-83页 |
| 2.6.2 主要氢键的计算 | 第83-85页 |
| 2.7 小结 | 第85-86页 |
| 第三章 环氧化酶-2(COX-2)及Beta-分泌酶(BACE)与抑制剂相互作用的研究 | 第86-96页 |
| 3.1 引言 | 第86-87页 |
| 3.2 环氧化酶(COX-2)抑制剂的结合自由能 | 第87-90页 |
| 3.2.1 模拟体系 | 第87-88页 |
| 3.2.2 力场准确性的检验 | 第88-90页 |
| 3.2.3 自由能的计算 | 第90页 |
| 3.3 环氧化酶抑制剂的相对自由能 | 第90-91页 |
| 3.4 Beta-分泌酶抑制剂的结合自由能 | 第91-93页 |
| 3.5 电荷分析 | 第93-95页 |
| 3.6 小结 | 第95-96页 |
| 第四章 ABEEMσπ/MM应用于β-发夹水溶液的分子动力学模拟 | 第96-120页 |
| 4.1 研究背景 | 第96-99页 |
| 4.1.1 关于β-发夹的基础知识 | 第96-98页 |
| 4.1.2 关于β-发夹的研究情况 | 第98-99页 |
| 4.2 应用于β-发夹结构研究的ABEEMσπ/MM模型 | 第99-100页 |
| 4.3 模拟体系和模拟细节 | 第100-101页 |
| 4.3.1 模拟体系 | 第100-101页 |
| 4.3.2 模拟细节 | 第101页 |
| 4.4 分子动力学模拟β-发夹分子水溶液的性质 | 第101-113页 |
| 4.4.1 NOE效应(nuclear overhauser effect) | 第101-105页 |
| 4.4.2 骨架原子相对实验结构的均方根偏差 | 第105-107页 |
| 4.4.3 不同温度下β-发夹分子的回旋半径 | 第107-109页 |
| 4.4.4 骨架二面角的分布 | 第109-112页 |
| 4.4.5 盐桥的分布 | 第112-113页 |
| 4.5 疏水相互作用及骨架氢键在稳定β-发夹结构中起到的作用 | 第113-118页 |
| 4.5.1 疏水表面积及亲水表面积的计算 | 第114-116页 |
| 4.5.2 NOE分析及骨架原子均方根偏差的计算 | 第116-117页 |
| 4.5.3 骨架氢键的计算 | 第117-118页 |
| 4.6 本章小结 | 第118-120页 |
| 第五章 甲酸-水分子团簇的性质研究及甲酸水溶液的分子动力学模拟 | 第120-142页 |
| 5.1 引言 | 第120-122页 |
| 5.2 计算方法 | 第122-125页 |
| 5.2.1 ABEEMσπ/MM方法应用于甲酸-水分子体系的势能表达式 | 第122-123页 |
| 5.2.2 模型参数的确定 | 第123-125页 |
| 5.3 甲酸分子的结构和偶极矩的计算 | 第125-128页 |
| 5.3.1 优化的几何构型 | 第125-126页 |
| 5.3.2 偶极矩的计算 | 第126-127页 |
| 5.3.3 振动频率的计算 | 第127-128页 |
| 5.4 甲酸-水分子团簇的性质 | 第128-139页 |
| 5.4.1 甲酸-水分子团簇FA-(H_2O)_n(n=1)的性质研究 | 第129-133页 |
| 5.4.2 甲酸-水分子团簇FA-(H_2O)_n(n=2)的性质研究 | 第133-136页 |
| 5.4.3 甲酸-水分子团簇FA-(H_2O)_n(n=3)的性质研究 | 第136-139页 |
| 5.5 甲酸水溶液的性质分析 | 第139-141页 |
| 5.6 小结 | 第141-142页 |
| 参考文献 | 第142-159页 |
| 结束语 | 第159-161页 |
| 博士期间发表的论文 | 第161-162页 |
| 致谢 | 第162-163页 |
