| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-23页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-22页 |
| 1.2.1 传统双亲作图群体 | 第13-15页 |
| 1.2.2 自然群体 | 第15-16页 |
| 1.2.3 下一代作图群体 | 第16-17页 |
| 1.2.4 MAGIC群体 | 第17-20页 |
| 1.2.5 水稻粒形研究进展 | 第20-22页 |
| 1.3 研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-28页 |
| 2.1 MAGIC群体的构建 | 第23-24页 |
| 2.2 试验材料种植 | 第24-25页 |
| 2.3 表型鉴定 | 第25页 |
| 2.4 样品DNA的提取 | 第25页 |
| 2.5 DNA文库制备以及上机测序 | 第25-26页 |
| 2.6 基因型的鉴定 | 第26页 |
| 2.7 群体结构分析 | 第26-27页 |
| 2.8 全基因组关联分析 | 第27-28页 |
| 3 结果 | 第28-54页 |
| 3.1 四亲本材料的选择 | 第28-30页 |
| 3.1.1 四亲本间的遗传组成差异 | 第28页 |
| 3.1.2 亲本农艺性状变异 | 第28-30页 |
| 3.2 基因型的过滤与独立SNP的提取 | 第30-31页 |
| 3.3 群体进化树分析 | 第31-32页 |
| 3.4 群体主成分分析 | 第32-33页 |
| 3.5 连锁不平衡分析 | 第33-34页 |
| 3.6 粒形数据关联分析 | 第34-43页 |
| 3.6.1 粒形表型变异 | 第34页 |
| 3.6.2 粒形性状的相关性分析 | 第34-37页 |
| 3.6.3 基于SNP水平和bin水平的粒长关联分析 | 第37-43页 |
| 3.7 株型角度相关性状关联分析 | 第43-47页 |
| 3.7.1 分蘖角以及叶夹角表型变异 | 第43页 |
| 3.7.2 基于SNP水平和bin水平的分蘖角关联分析 | 第43-45页 |
| 3.7.3 基于SNP水平和bin水平的剑叶夹角关联分析 | 第45-47页 |
| 3.8 株高关联分析 | 第47-51页 |
| 3.9 bin水平的等位基因比较 | 第51-54页 |
| 3.10 两种方法的比较分析 | 第54页 |
| 4 讨论 | 第54-60页 |
| 4.1 MAGIC群体定位的优势与缺点 | 第54-56页 |
| 4.2 MAGIC群体中杂合SNP的机遇与挑战 | 第56-57页 |
| 4.3 MAGIC群体两种QTL定位方法的比较 | 第57页 |
| 4.4 粒形基因以及育种应用 | 第57-58页 |
| 4.5 MAGIC群体的育种利用 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 附录 | 第68-75页 |
| 附录A 抽提高质量水稻DNA方法 | 第68-70页 |
| 附录B 建库步骤（TD501） | 第70-74页 |
| 附录C 作者简介 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
