ChIP-Seq数据分析流程化软件的开发
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略语表 | 第8-9页 |
| 1. 前言 | 第9-19页 |
| 1.1 Ch IP-Seq技术的产生与发展 | 第9-12页 |
| 1.2 Ch IP-Seq数据的分析路线 | 第12-13页 |
| 1.3 Ch IP-Seq的基础分析软件 | 第13-15页 |
| 1.4 Ch IP-Seq的综合分析软件 | 第15-17页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第17-19页 |
| 2. 需求分析 | 第19-24页 |
| 2.1 需求陈述 | 第19-20页 |
| 2.2 需求建模 | 第20-21页 |
| 2.3 过程建模 | 第21-24页 |
| 3. 软件设计与实现 | 第24-42页 |
| 3.1 开发平台 | 第24页 |
| 3.2 软件设计 | 第24-31页 |
| 3.2.1 数据分析的模块化 | 第25-26页 |
| 3.2.2 软件的设计原则 | 第26-28页 |
| 3.2.3 配置文件的设计 | 第28-31页 |
| 3.3 软件实现 | 第31-42页 |
| 3.3.1 基础软件的封装 | 第31-32页 |
| 3.3.2 内置的分析方法 | 第32-34页 |
| 3.3.3 功能模块的实现 | 第34-36页 |
| 3.3.4 统一的调用接口 | 第36-38页 |
| 3.3.5 软件的运行过程 | 第38-42页 |
| 4. 软件测试及结果 | 第42-57页 |
| 4.1 软件测试环境 | 第42页 |
| 4.2 测试用例及过程 | 第42-43页 |
| 4.3 测试结果分析 | 第43-57页 |
| 4.3.1 质量控制 | 第43-44页 |
| 4.3.2 数据比对 | 第44-46页 |
| 4.3.3 峰扫描 | 第46-48页 |
| 4.3.4 峰注释 | 第48-49页 |
| 4.3.5 峰区间的Heatmap绘图 | 第49页 |
| 4.3.6 峰在全基因组范围内的分布 | 第49-50页 |
| 4.3.7 基因区间富集信息的绘图 | 第50-51页 |
| 4.3.8 GO & Pathway分析 | 第51-54页 |
| 4.3.9 Motif分析 | 第54页 |
| 4.3.10 实验Ch IP质量分析 | 第54-55页 |
| 4.3.11 实验相关性分析 | 第55-57页 |
| 5. 讨论 | 第57-60页 |
| 6. 参考文献 | 第60-63页 |
| 7. 附录 | 第63-79页 |
| 7.1 CSATK使用教程 | 第63-64页 |
| 7.2 测试用例中的配置文件 | 第64-67页 |
| 7.3 测试用例产生的分析报告 | 第67-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
