| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第9-13页 |
| 表目录 | 第13-14页 |
| 图目录 | 第14-16页 |
| 注释表 | 第16-18页 |
| 第1章 绪论 | 第18-38页 |
| 1.1 研究背景 | 第18-22页 |
| 1.1.1 系统生物学中的复杂网络 | 第18-20页 |
| 1.1.2 转录调控过程及调控网络 | 第20-22页 |
| 1.2 课题研究的必要性及意义 | 第22-24页 |
| 1.3 国内外研究现状及挑战 | 第24-34页 |
| 1.3.1 转录调控网络结构分析 | 第24-26页 |
| 1.3.2 复杂网络模块识别算法 | 第26-34页 |
| 1.4 论文的主要工作与创新 | 第34-35页 |
| 1.5 论文的结构 | 第35-38页 |
| 第2章 转录调控网络功能模块定义及结构特征分析 | 第38-60页 |
| 2.1 引言 | 第38-39页 |
| 2.2 转录调控网络的构建 | 第39-40页 |
| 2.3 基于 MulLevFun 目录的代谢子网提取 | 第40-44页 |
| 2.4 网络结构特征比较分析 | 第44-58页 |
| 2.4.1 度分布 | 第44-47页 |
| 2.4.2 接近度分布 | 第47-49页 |
| 2.4.3 介数分布 | 第49-52页 |
| 2.4.4 全局和局部聚类系数 | 第52-55页 |
| 2.4.5 自相称性和混合相称性 | 第55-58页 |
| 2.5 本章小结 | 第58-60页 |
| 第3章 基于边相似度的模块识别算法 | 第60-72页 |
| 3.1 引言 | 第60-61页 |
| 3.2 相关定义及方法 | 第61-65页 |
| 3.2.1 边相似度 | 第61-63页 |
| 3.2.2 基于矩阵理论的层次聚类算法 | 第63-64页 |
| 3.2.3 模块划分密度 QD | 第64-65页 |
| 3.2.4 Floyd-Warshall 最短路径计算方法 | 第65页 |
| 3.3 OMDL 算法的模块识别过程 | 第65-67页 |
| 3.3.1 生成边网络 | 第65-66页 |
| 3.3.2 模块划分密度 QD 的最优化 | 第66-67页 |
| 3.4 实验结果与讨论 | 第67-71页 |
| 3.4.1 实验数据 | 第67-68页 |
| 3.4.2 OMDL 算法识别结果分析 | 第68-70页 |
| 3.4.3 与相关算法比较 | 第70-71页 |
| 3.5 本章小结 | 第71-72页 |
| 第4章 基于边网络的快速模块识别算法 | 第72-84页 |
| 4.1 引言 | 第72页 |
| 4.2 相关定义及方法 | 第72-75页 |
| 4.2.1 边相似度 | 第72-73页 |
| 4.2.2 基于图论的层次聚类方法 | 第73-74页 |
| 4.2.3 模块度 Qwo | 第74-75页 |
| 4.2.4 SPFA 最短路径计算方法 | 第75页 |
| 4.3 FOMDL 算法的模块识别过程 | 第75-77页 |
| 4.3.1 生成边网络 | 第75-76页 |
| 4.3.2 模块度 Q_(wo)优化 | 第76-77页 |
| 4.4 实验结果与讨论 | 第77-82页 |
| 4.4.1 实验数据 | 第77-78页 |
| 4.4.2 FOMDL 算法识别结果分析 | 第78-80页 |
| 4.4.3 与相关算法比较 | 第80-82页 |
| 4.5 本章小结 | 第82-84页 |
| 第5章 基于三元组分布特征的模块识别算法 | 第84-100页 |
| 5.1 引言 | 第84页 |
| 5.2 相关定义及方法 | 第84-91页 |
| 5.2.1 网络模体和三元组 | 第85页 |
| 5.2.2 三元组中节点的权值 | 第85-86页 |
| 5.2.3 基于三元组的边特征值 | 第86-88页 |
| 5.2.4 边相似度 | 第88-89页 |
| 5.2.5 k-均值聚类算法 | 第89-90页 |
| 5.2.6 模块划分密度 | 第90页 |
| 5.2.7 A*最短路径计算方法 | 第90-91页 |
| 5.3 OMDT 算法的模块识别过程 | 第91-92页 |
| 5.3.1 计算边的特征值 | 第91页 |
| 5.3.2 最佳分类值 k | 第91-92页 |
| 5.4 实验结果与讨论 | 第92-99页 |
| 5.4.1 实验数据 | 第92-93页 |
| 5.4.2 OMDT 算法识别结果分析 | 第93-97页 |
| 5.4.3 与相关算法比较 | 第97-99页 |
| 5.5 本章小结 | 第99-100页 |
| 第6章 总结与展望 | 第100-102页 |
| 6.1 总结 | 第100-101页 |
| 6.2 展望 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-116页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118页 |