| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-22页 |
| 1.1 从江香猪 | 第13页 |
| 1.2 拷贝数变异的研究进展 | 第13-20页 |
| 1.2.1 拷贝数变异简介 | 第14-15页 |
| 1.2.2 拷贝数变异的常见的形式 | 第15页 |
| 1.2.3 拷贝数变异的产生机理 | 第15-17页 |
| 1.2.4 拷贝数变异的作用机制 | 第17-18页 |
| 1.2.5 拷贝数变异的检测方法 | 第18-20页 |
| 1.2.5.1 对已知CNV的检测方法 | 第18-19页 |
| 1.2.5.2 对未知CNV的检测方法 | 第19-20页 |
| 1.2.6 猪全基因组拷贝数变异研究进展 | 第20页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第20-22页 |
| 第二章 香猪7个CNVR群体遗传多态性研究 | 第22-60页 |
| 2.1 材料 | 第22-25页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.2 试剂及溶液的配制 | 第23-24页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第24-25页 |
| 2.2 方法 | 第25-34页 |
| 2.2.1 全基因组CNVR的研究 | 第25-26页 |
| 2.2.1.1 SNP基因型的判定 | 第25页 |
| 2.2.1.2 利用penncnv推测拷贝数 | 第25-26页 |
| 2.2.1.3 数据分析的质量控制 | 第26页 |
| 2.2.1.4 CNVR合并 | 第26页 |
| 2.2.2 血液基因组DNA的提取及检测 | 第26-28页 |
| 2.2.2.1 基因组DNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.2.2 基因组DNA的质量检测 | 第27-28页 |
| 2.2.3 引物设计及配制 | 第28-30页 |
| 2.2.4 目的片段的克隆与测序 | 第30-33页 |
| 2.2.4.1 目的DNA片段的回收与纯化 | 第30-31页 |
| 2.2.4.2 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第31页 |
| 2.2.4.3 目的片段连接T载体 | 第31页 |
| 2.2.4.4 重组质粒的转化 | 第31-32页 |
| 2.2.4.5 菌落PCR鉴定 | 第32页 |
| 2.2.4.6 质粒DNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.2.4.7 目的DNA测序 | 第33页 |
| 2.2.5 基因组CNV的定量分析 | 第33-34页 |
| 2.3 结果 | 第34-56页 |
| 2.3.1 候选CNV的验证 | 第34-44页 |
| 2.3.1.1 目的片段的克隆与测序 | 第34-35页 |
| 2.3.1.2 标准曲线的制备 | 第35-40页 |
| 2.3.1.3 小样本香猪中的CNV验证 | 第40-44页 |
| 2.3.2 香猪群体CNV的拷贝数变异检测 | 第44-47页 |
| 2.3.3 CNVR与香猪繁殖/体尺指标的关联分析 | 第47-50页 |
| 2.3.4 三个贵州地方猪品种间CNV比较 | 第50-56页 |
| 2.3.4.1 猪品种间的CNV拷贝数变异检测 | 第50-54页 |
| 2.3.4.2 猪品种间CNVR103拷贝数变异的多态性变化 | 第54-56页 |
| 2.4 讨论 | 第56-60页 |
| 第三章 基因组CNV对基因表达的影响 | 第60-70页 |
| 3.1 材料 | 第60-61页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第60页 |
| 3.1.2 试剂及溶液的配制 | 第60页 |
| 3.1.3 仪器设备 | 第60-61页 |
| 3.2 方法 | 第61-63页 |
| 3.2.1 卵巢总RNA的提取 | 第61页 |
| 3.2.2 cDNA第一链的合成 | 第61-62页 |
| 3.2.3 引物设计 | 第62-63页 |
| 3.2.4 目的片段的克隆与测序 | 第63页 |
| 3.2.5 基因表达量检测 | 第63页 |
| 3.3 结果 | 第63-69页 |
| 3.3.1 总RNA的提取 | 第63-64页 |
| 3.3.2 目的片段的克隆与测序 | 第64页 |
| 3.3.3 标准曲线的制备 | 第64-67页 |
| 3.3.4 香猪卵巢ABCC4、LIPI、BMPR2基因的表达变化 | 第67-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-70页 |
| 第四章 结论 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 附录 | 第82-83页 |
| 图版 | 第83-87页 |
