| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1.1 陆地棉早熟与产量纤维品质性状的研究概述 | 第13-15页 |
| 1.1.1 我国棉花的生产现状及存在的问题 | 第13-14页 |
| 1.1.2 陆地棉的早熟、优质、高产等育种目标性状 | 第14页 |
| 1.1.3 早熟、产量和纤维品质性状间的相互关系 | 第14-15页 |
| 1.2 单核苷酸多态性的检测 | 第15-17页 |
| 1.2.1 SNP标记概述 | 第15页 |
| 1.2.2 利用基因芯片技术检测SNPs | 第15页 |
| 1.2.3 利用简化基因组测序检测SNPs | 第15-16页 |
| 1.2.4 利用高通量全基因组重测序检测SNPs | 第16-17页 |
| 1.3 作物数量性状遗传基础的解析方法 | 第17-21页 |
| 1.3.1 连锁分析 | 第17-18页 |
| 1.3.2 关联分析 | 第18-20页 |
| 1.3.3 连锁与关联的联合分析 | 第20-21页 |
| 1.4 陆地棉早熟与产量纤维品质性状遗传基础解析的进展 | 第21-23页 |
| 1.4.1 早熟相关性状QTLs | 第21页 |
| 1.4.2 产量构成性状QTLs | 第21-22页 |
| 1.4.3 纤维品质构成性状QTLs | 第22-23页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 陆地棉SNP标记开发、群体结构及连锁不平衡分析 | 第24-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第24-27页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第24页 |
| 2.1.2 基因组DNA的提取 | 第24-25页 |
| 2.1.3 酶切建库 | 第25-26页 |
| 2.1.4 酶切测序 | 第26页 |
| 2.1.5 SLAF标签的开发和SNP标记的鉴定 | 第26页 |
| 2.1.6 系统进化树及群体结构分析 | 第26-27页 |
| 2.1.7 连锁不平衡分析 | 第27页 |
| 2.2 结果与分析 | 第27-34页 |
| 2.2.1 SLAF-seq文库构建 | 第27-29页 |
| 2.2.2 SLAF标签与SNP标记的鉴定 | 第29-31页 |
| 2.2.3 遗传多样性聚类分析 | 第31页 |
| 2.2.4 群体结构分析 | 第31-33页 |
| 2.2.5 连锁不平衡分析 | 第33-34页 |
| 2.3 讨论 | 第34-37页 |
| 2.3.1 简化基因组测序技术 | 第34页 |
| 2.3.2 陆地棉种质资源的遗传多样性分析 | 第34-35页 |
| 2.3.3 群体结构分析方法 | 第35页 |
| 2.3.4 影响LD的因素 | 第35-37页 |
| 第三章 陆地棉早熟与产量纤维品质性状的表型分析 | 第37-45页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37-38页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第37页 |
| 3.1.2 田间试验设计 | 第37页 |
| 3.1.3 表型性状鉴定方法 | 第37-38页 |
| 3.1.4 表型数据统计与分析 | 第38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-43页 |
| 3.2.1 早熟相关性状的表型分析 | 第38-39页 |
| 3.2.2 产量构成性状的表型分析 | 第39-41页 |
| 3.2.3 纤维品质构成性状的表型 | 第41-43页 |
| 3.2.4 早熟、产量和纤维品质重点代表性状间的相关关系 | 第43页 |
| 3.3 讨论 | 第43-45页 |
| 3.3.1 表型性状多年多点的准确鉴定 | 第43页 |
| 3.3.2 早熟、产量和纤维品质间的关系 | 第43-44页 |
| 3.3.3 表型的精准鉴定技术 | 第44-45页 |
| 第四章 陆地棉早熟与产量纤维品质性状的全基因组关联分析 | 第45-61页 |
| 4.1 研究方法 | 第45-46页 |
| 4.1.1 最佳线性无偏估计值（BLUPs）的计算 | 第45页 |
| 4.1.2 全基因组关联分析（GWAS） | 第45页 |
| 4.1.3 关联位点的单倍型分析 | 第45-46页 |
| 4.2 结果与分析 | 第46-57页 |
| 4.2.1 早熟相关性状的GWAS | 第46-51页 |
| 4.2.2 产量构成性状GWAS | 第51-54页 |
| 4.2.3 纤维品质构成性状的GWAS | 第54-57页 |
| 4.3 讨论 | 第57-61页 |
| 4.3.1 与前人QTL定位和关联分析结果的比较 | 第57-60页 |
| 4.3.2 影响GWAS结果的因素 | 第60-61页 |
| 第五章 陆地棉重要育种目标性状候选基因的筛选 | 第61-73页 |
| 5.1 材料与方法 | 第61-64页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第61页 |
| 5.1.2 候选基因的筛选方法 | 第61页 |
| 5.1.3 棉花叶片取样时期与方法 | 第61页 |
| 5.1.4 RNA提取 | 第61-63页 |
| 5.1.5 cDNA第一链的合成 | 第63页 |
| 5.1.6 RT-PCR | 第63-64页 |
| 5.2 结果与分析 | 第64-70页 |
| 5.2.1 染色体Dt3上早熟性状候选基因的筛选 | 第64-67页 |
| 5.2.2 调控衣分候选基因的筛选 | 第67-69页 |
| 5.2.3 调控纤维长度、强度候选基因的筛选 | 第69-70页 |
| 5.3 讨论 | 第70-73页 |
| 5.3.1 植物调控开花关键基因及分子机制的研究 | 第70-73页 |
| 第六章 两个人工选择驯化基因组的区段 | 第73-79页 |
| 6.1 实验材料 | 第73页 |
| 6.2 研究方法 | 第73页 |
| 6.2.1 优异单倍型频率（FHF）的比较 | 第73页 |
| 6.2.2 遗传多样性系数的计算 | 第73页 |
| 6.3 结果与分析 | 第73-77页 |
| 6.3.1 MGR1和MGR2优异单倍型的地域分布 | 第73-75页 |
| 6.3.2 不同育种时期优异单倍型频率的变化规律 | 第75-76页 |
| 6.3.3 MGR1和MGR2的遗传多样性分析 | 第76-77页 |
| 6.3.4 人工选择基因组区段的发现 | 第77页 |
| 6.4 讨论 | 第77-79页 |
| 第七章 结论与展望 | 第79-81页 |
| 7.1 结论 | 第79页 |
| 7.1.1 基于SNP评价了中国陆地棉品种资源的遗传多样性 | 第79页 |
| 7.1.2 早熟相关性状优异等位变异及候选基因的筛选 | 第79页 |
| 7.1.3 衣分的优异等位变异及候选基因的挖掘 | 第79页 |
| 7.1.4 纤维品质性状优异等位变异及候选基因的预测 | 第79页 |
| 7.2 主要创新点 | 第79页 |
| 7.3 展望 | 第79-81页 |
| 7.3.1 家系群体QTL定位 和GWAS结合应用 | 第79-80页 |
| 7.3.2 基于重测序挖掘海量的SNP关联缩小QTL区段 | 第80页 |
| 7.3.3 候选基因的功能验证 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-88页 |
| 附录 | 第88-97页 |
| 缩略词 | 第97-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 作者简介 | 第100-101页 |
