| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第14-43页 |
| 1.1 课题背景和意义 | 第14-17页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第14-15页 |
| 1.1.2 研究的目的与意义 | 第15-17页 |
| 1.2 相关背景知识 | 第17-26页 |
| 1.2.1 本体 | 第17-19页 |
| 1.2.2 基因本体 | 第19-23页 |
| 1.2.3 基因本体语义相似度 | 第23-24页 |
| 1.2.4 本体术语扩展 | 第24-25页 |
| 1.2.5 基因功能关联网络 | 第25-26页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第26-39页 |
| 1.3.1 基因本体术语相似度计算的研究现状 | 第26-33页 |
| 1.3.2 基于术语相似度的基因功能相似度 | 第33-37页 |
| 1.3.3 基因本体术语扩展方法的研究现状 | 第37-39页 |
| 1.4 存在的主要问题 | 第39-40页 |
| 1.5 本文的主要研究内容 | 第40-43页 |
| 第2章 基于基因网络的基因本体同分支术语相似度计算方法 | 第43-66页 |
| 2.1 引言 | 第43-45页 |
| 2.2 同分支术语相似度计算方法研究 | 第45-51页 |
| 2.2.1 两个基因集合之间功能距离计算方法 | 第45-47页 |
| 2.2.2 基于路径约束的注释信息 | 第47-48页 |
| 2.2.3 基因本体术语相似度计算 | 第48-51页 |
| 2.3 同分支术语相似度算法性能测试与分析 | 第51-64页 |
| 2.3.1 基于基因相似度的模型测试方法 | 第51-53页 |
| 2.3.2 NETSIM算法实现与实验数据描述 | 第53-55页 |
| 2.3.3 基于代谢反应网络的模型性能测试 | 第55-60页 |
| 2.3.4 NETSIM算法分步性能测试 | 第60-61页 |
| 2.3.5 NETSIM算法鲁棒性分析与研究 | 第61-64页 |
| 2.4 本章小结 | 第64-66页 |
| 第3章 基因本体中跨分支术语相似度计算方法 | 第66-80页 |
| 3.1 引言 | 第66-67页 |
| 3.2 跨分支术语相似度计算方法研究 | 第67-72页 |
| 3.2.1 跨分支基因集合关联性分析 | 第68-69页 |
| 3.2.2 跨分支术语相似度计算 | 第69-70页 |
| 3.2.3 跨分支关联术语方向确定方法研究 | 第70-72页 |
| 3.3 跨分支术语相似度算法性能测试与分析 | 第72-78页 |
| 3.3.1 基于标准数据集的模型性能测试 | 第72-74页 |
| 3.3.2 分子功能术语与生物过程术语关联网络构建 | 第74-76页 |
| 3.3.3 跨分支术语关联关系保守性分析 | 第76-78页 |
| 3.4 本章小结 | 第78-80页 |
| 第4章 基于多方法整合的基因功能相似度计算方法 | 第80-96页 |
| 4.1 引言 | 第80-81页 |
| 4.2 多方法整合基因相似度计算方法研究 | 第81-86页 |
| 4.2.1 基于排序的基因相似度标准化 | 第81-83页 |
| 4.2.2 整合方法选取算法研究 | 第83-85页 |
| 4.2.3 基于目标函数的参数优化方法 | 第85-86页 |
| 4.3 多方法整合的基因功能相似度算法性能测试与分析 | 第86-94页 |
| 4.3.1 性能测试数据集 | 第86-87页 |
| 4.3.2 基于酶编号基因分组信息的算法性能测试 | 第87-90页 |
| 4.3.3 基于代谢通路基因分组信息的算法性能测试 | 第90-92页 |
| 4.3.4 基于蛋白质序列的算法性能测试 | 第92-93页 |
| 4.3.5 待整合方法集影响分析 | 第93页 |
| 4.3.6 基因功能关联网络构建 | 第93-94页 |
| 4.4 本章小结 | 第94-96页 |
| 第5章 基于基因关联网络的基因本体术语扩展方法 | 第96-108页 |
| 5.1 引言 | 第96-97页 |
| 5.2 基因本体术语扩展放法研究 | 第97-102页 |
| 5.2.1 扩展术语识别方法研究 | 第98页 |
| 5.2.2 基于基因网络的边矩阵构建方法研究 | 第98-99页 |
| 5.2.3 最大连通子矩阵挖掘算法研究 | 第99-101页 |
| 5.2.4 新术语及其关系预测方法研究 | 第101-102页 |
| 5.3 基因本体术语扩展算法性能测试与分析 | 第102-107页 |
| 5.3.1 测试使用的基因本体与基因网络数据 | 第102页 |
| 5.3.2 模型性能测试方法描述 | 第102-104页 |
| 5.3.3 术语扩展结果 | 第104页 |
| 5.3.4 基于基因网络的术语扩展模型测试 | 第104-105页 |
| 5.3.5 术语扩展模型应用与结果分析 | 第105-107页 |
| 5.4 本章小结 | 第107-108页 |
| 结论 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-126页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第126-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
| 个人简历 | 第130页 |
