| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-22页 |
| 1.1 不动杆菌简介 | 第8-15页 |
| 1.1.1 概况及生物学特性 | 第8-10页 |
| 1.1.2 物种分类鉴定 | 第10-11页 |
| 1.1.3 致病性与耐药性 | 第11-12页 |
| 1.1.4 致病机制及耐药机制 | 第12-14页 |
| 1.1.5 流行性及防控策略 | 第14-15页 |
| 1.2 溶血不动杆菌概述及研究进展 | 第15-16页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第16-20页 |
| 1.3.1 高通量测序技术概述 | 第16-19页 |
| 1.3.2 高通量测序技术在微生物全基因组学中的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4 本课题研究思路 | 第20-22页 |
| 第二章 溶血不动杆菌W65和H2063的全基因组测序 | 第22-47页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-25页 |
| 2.1.1 菌株 | 第22页 |
| 2.1.2 实验耗材与设备 | 第22-24页 |
| 2.1.3 溶液配制方法 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-40页 |
| 2.2.1 溶血不动杆菌W65与H2065药敏检测 | 第25页 |
| 2.2.2 基因组DNA样品制备 | 第25-27页 |
| 2.2.3 16S rDNA物种分类鉴定 | 第27页 |
| 2.2.4 Illumina测序平台溶血不动杆菌W65和H2063测序流程 | 第27-32页 |
| 2.2.5 PacBio RS II测序平台溶血不动杆菌W65测序流程 | 第32-34页 |
| 2.2.6 溶血不动杆菌W65全基因组混和拼接 | 第34-35页 |
| 2.2.7 溶血不动杆菌H2063基因组缺口补平 | 第35-40页 |
| 2.3 实验结果 | 第40-45页 |
| 2.3.1 溶血不动杆菌W65与H2063药敏度检测结果 | 第40-41页 |
| 2.3.2 溶血不动杆菌W65和H2063基因组DNA提取鉴定 | 第41-42页 |
| 2.3.3 16S rDNA种属鉴定 | 第42-43页 |
| 2.3.4 溶血不动杆菌W65与H2063二代测序结果 | 第43-45页 |
| 2.3.5 溶血不动杆菌W65 PacBio RS II测序平台测序结果 | 第45页 |
| 2.3.6 溶血不动杆菌W65二代、三代测序数据混拼结果 | 第45页 |
| 2.3.7 溶血不动杆菌H2063基因组缺口补平结果 | 第45页 |
| 2.4 本章小结 | 第45-47页 |
| 第三章 生物信息学分析 | 第47-73页 |
| 3.1 溶血不动杆菌W65和H2063基因组分析 | 第47-64页 |
| 3.1.1 基因组组分分析 | 第47-59页 |
| 3.1.2 基因组功能注释 | 第59-64页 |
| 3.2 致病性及耐药性分析 | 第64-71页 |
| 3.2.3 致病机理 | 第64-68页 |
| 3.2.4 耐药性分析 | 第68-71页 |
| 3.3 进化树分析 | 第71页 |
| 3.4 本章小结 | 第71-73页 |
| 第四章 结论与展望 | 第73-75页 |
| 4.1 结论 | 第73-74页 |
| 4.2 展望 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
