| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 1 文献综述 | 第14-29页 |
| 1.1 矿化*防御*支撑*存储 | 第14页 |
| 1.2 贝壳的结构组成及形成模式 | 第14-16页 |
| 1.3 贝壳有机基质的物质组成及其代谢 | 第16-19页 |
| 1.4 生物矿化的调控因子 | 第19-26页 |
| 1.4.1 生物矿化相关信号通路的研究 | 第19-22页 |
| 1.4.2 激素对生物矿化的调控 | 第22-25页 |
| 1.4.3 microRNA对贝类生物矿化的调控 | 第25-26页 |
| 1.5 组学研究在贝壳生物矿化中的应用 | 第26-27页 |
| 1.6 研究目的及意义 | 第27-28页 |
| 1.7 技术路线 | 第28-29页 |
| 2 马氏珠母贝基因组进化分析及生物矿化相关的基因的筛选 | 第29-48页 |
| 2.1 研究方法 | 第29-30页 |
| 2.1.1 基因家族的划分 | 第29页 |
| 2.1.2 系统发生树的重建和分化时间的估测 | 第29-30页 |
| 2.1.3 基因家族的扩张和收缩分析 | 第30页 |
| 2.2 结果与分析 | 第30-42页 |
| 2.2.1 基因家族的鉴定 | 第30-32页 |
| 2.2.2 系统发生树的重建和分化时间的估测 | 第32页 |
| 2.2.3 基因家族的扩张和收缩 | 第32-41页 |
| 2.2.4 马氏珠母贝特有基因家族的分析 | 第41-42页 |
| 2.3 讨论 | 第42-48页 |
| 2.3.1 以物种树为基础的基因家族扩张收缩分析探讨软体动物生物矿化进化历程 | 第42-44页 |
| 2.3.2 马氏珠母贝特有基因家族在贝壳形成中的作用 | 第44-46页 |
| 2.3.3 贝壳形成与环境适应性 | 第46-48页 |
| 3 马氏珠母贝发育不同时期及不同组织转录组分析发现贝壳形成的关键基因 | 第48-79页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第48-51页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第48-49页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第49-50页 |
| 3.1.3 转录组分析 | 第50页 |
| 3.1.4 权重共表达网络分析 | 第50-51页 |
| 3.1.5 贝壳切片的制备 | 第51页 |
| 3.1.6 贝壳几丁质染色 | 第51页 |
| 3.1.7 贝壳多巴蛋白染色 | 第51页 |
| 3.2 结果与分析 | 第51-74页 |
| 3.2.1 贝壳蛋白基因在发育不同时期和不同组织的表达模式分析 | 第51-59页 |
| 3.2.2 多糖相关代谢在不同组织和贝壳发育过程中的表达模式 | 第59-63页 |
| 3.2.3 贝壳形成相关调控因子的筛选 | 第63-72页 |
| 3.2.4 珍珠层形成核心蛋白及相关基因的筛选 | 第72-74页 |
| 3.3 讨论 | 第74-79页 |
| 4 PmRunt转录因子对珍珠层形成的调控 | 第79-102页 |
| 4.1 材料与方法 | 第79-89页 |
| 4.1.1 实验材料及试剂 | 第79-80页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第80-89页 |
| 4.2 结果与分析 | 第89-98页 |
| 4.2.1 马氏珠母贝Runt related transcription factor（PmRunt）和CBF（PmCBF）基因的克隆及特征分析 | 第89-90页 |
| 4.2.2 PmRunt和PmCBF的多序列比对及三级结构分析 | 第90-92页 |
| 4.2.3 PmRunt的系统进化分析 | 第92-93页 |
| 4.2.4 PmRunt与PmCBF蛋白互作分析 | 第93-94页 |
| 4.2.5 RNAi介导的PmRunt基因下调对马氏珠母贝珍珠层形成的影响 | 第94-95页 |
| 4.2.6 PmRunt基因干扰后外套膜套膜区转录组的响应 | 第95-97页 |
| 4.2.7 RO5-3335 抑制剂对PmRunt效应基因表达的抑制作用 | 第97-98页 |
| 4.2.8 PmRunt对VWAP和Nacrein基因的启动子的调控 | 第98页 |
| 4.3 讨论 | 第98-102页 |
| 5 C1qDC参与贝壳珍珠层的形成 | 第102-110页 |
| 5.1 材料与方法 | 第102-103页 |
| 5.1.1 材料与试剂 | 第102页 |
| 5.1.2 实验方法 | 第102页 |
| 5.1.3 dsRNA的合成及RNA干扰实验 | 第102页 |
| 5.1.4 荧光定量 | 第102-103页 |
| 5.2 结果与分析 | 第103-107页 |
| 5.2.1 C1qDC基因家族的进化和组织表达模式分析 | 第103-105页 |
| 5.2.2 C1qDC基因CDS区域的克隆 | 第105-107页 |
| 5.2.3 C1qDC的RNAi及对马氏珠母贝贝壳形成的影响 | 第107页 |
| 5.3 讨论 | 第107-110页 |
| 6 蜕皮激素对PmRunt及贝壳矿化相关基因表达的调控 | 第110-117页 |
| 6.1 材料与方法 | 第110-112页 |
| 6.1.1 实验材料与试剂 | 第110页 |
| 6.1.2 实验方法 | 第110-112页 |
| 6.2 结果与分析 | 第112-113页 |
| 6.2.1 蜕皮激素受体ECR及RXR基因的验证及进化分析 | 第112页 |
| 6.2.2 马氏珠母贝缺壳后血清蜕皮激素含量的测定 | 第112-113页 |
| 6.2.3 蜕皮激素对矿化相关基因的调控 | 第113页 |
| 6.3 讨论 | 第113-117页 |
| 7 马氏珠母贝生物矿化相关基因由microRNA介导的转录后调控 | 第117-124页 |
| 7.1 实验材料与方法 | 第117-118页 |
| 7.1.1 RNA的提取 | 第117页 |
| 7.1.2 cDNA合成 | 第117页 |
| 7.1.3 荧光定量PCR | 第117页 |
| 7.1.4 miRNA过表达 | 第117页 |
| 7.1.5 载体构建 | 第117-118页 |
| 7.1.6 细胞转染及双荧光素酶报告系统检测 | 第118页 |
| 7.1.7 microRNA靶向预测软件 | 第118页 |
| 7.2 结果与分析 | 第118-122页 |
| 7.2.1 马氏珠母贝microRNA与生物矿化相关基因的靶向关系预测 | 第118页 |
| 7.2.2 Pm-miR-183 调控PmRunt的表达 | 第118-120页 |
| 7.2.3 Pm-miR-146a参与马氏珠母贝NF-κB信号通路的调控 | 第120-122页 |
| 7.3 讨论 | 第122-124页 |
| 8 结论 | 第124-126页 |
| 9 展望 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-149页 |
| 附录 | 第149-222页 |
| 附图 | 第149-160页 |
| 附表 | 第160-222页 |
| 致谢 | 第222-223页 |
| 作者简介 | 第223-225页 |
| 导师简介 | 第225页 |
