| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-13页 |
| 第一章 概述 | 第14-38页 |
| 1.1 背景 | 第14-16页 |
| 1.2 计算药物重定位基本假设 | 第16-17页 |
| 1.3 计算药物重定位综述 | 第17-35页 |
| 1.3.1 可利用的开放数据资源 | 第17-20页 |
| 1.3.2 基于化合物结构的药物重定位 | 第20-22页 |
| 1.3.3 基于化合物处理和疾病的组学数据的药物重定位 | 第22-29页 |
| 1.3.4 基于药物副作用数据的药物重定位 | 第29-31页 |
| 1.3.5 基于文本挖掘技术的药物重定位 | 第31-32页 |
| 1.3.6 基于分子对接的药物重定位 | 第32-33页 |
| 1.3.7 基于多源数据整合的药物重定位 | 第33-35页 |
| 1.4 基因排序综述 | 第35-36页 |
| 1.5 问题与挑战 | 第36-37页 |
| 1.6 论文组织结构 | 第37-38页 |
| 第二章 共表达基因集富集分析 | 第38-58页 |
| 2.1 背景 | 第38-39页 |
| 2.2 共表达基因集富集分析方法 | 第39-43页 |
| 2.2.1 共表达基因集富集分析概述 | 第39-40页 |
| 2.2.2 聚类方法 | 第40-41页 |
| 2.2.3 距离度量 | 第41页 |
| 2.2.4 基因集 | 第41-42页 |
| 2.2.5 富集分析的超几何分布假设检验 | 第42页 |
| 2.2.6 基于基因集的聚类方法和聚类数的选择 | 第42页 |
| 2.2.7 数据可视化 | 第42-43页 |
| 2.3 针对帕金森综合症的通路分析和靶标发现 | 第43-56页 |
| 2.3.1 帕金森综合症基因表达谱数据集的预处理 | 第44页 |
| 2.3.2 通路富集分析的参数配置 | 第44-45页 |
| 2.3.3 共表达基因的KEGG通路富集分析 | 第45-48页 |
| 2.3.4 基于帕金森综合症GSE20292数据集的验证 | 第48-51页 |
| 2.3.5 基于共表达基因的靶标发现和药物重定位 | 第51-55页 |
| 2.3.6 讨论 | 第55-56页 |
| 2.4 结论 | 第56-58页 |
| 第三章 基于共表达基因集富集分析的药物重定位 | 第58-90页 |
| 3.1 背景 | 第58-60页 |
| 3.2 基于cogena的药物重定位分析管道设计 | 第60-61页 |
| 3.3 基于cogena针对银屑病的药物重定位 | 第61-83页 |
| 3.3.1 银屑病及其治疗简介 | 第61-62页 |
| 3.3.2 数据预处理和cogena分析参数配置 | 第62-64页 |
| 3.3.3 银屑病的共表达蛋白质相互作用分析 | 第64-65页 |
| 3.3.4 银屑病的共表达KEGG通路分析 | 第65-70页 |
| 3.3.5 银屑病的药物重定位分析 | 第70-75页 |
| 3.3.6 银屑病通路和药物重定位结果的可重复性分析 | 第75-81页 |
| 3.3.7 讨论 | 第81-83页 |
| 3.4 基于cogena针对Methotrexate的药物重定位 | 第83-88页 |
| 3.4.1 背景 | 第84-85页 |
| 3.4.2 数据预处理 | 第85页 |
| 3.4.3 Methotrexate转录组数据通路分析和药物重定位 | 第85-88页 |
| 3.4.4 讨论 | 第88页 |
| 3.5 结论 | 第88-90页 |
| 第四章 基于基因表达谱的药物重定位数据库和网络服务器 | 第90-102页 |
| 4.1 背景 | 第91-93页 |
| 4.2 方法 | 第93-96页 |
| 4.2.1 数据收集预处理 | 第93-95页 |
| 4.2.2 相似性计算 | 第95-96页 |
| 4.2.3 网站实现 | 第96页 |
| 4.3 基于D2Dpage的药物重定位 | 第96-100页 |
| 4.3.1 基于D2Dpage数据库的药物重定位 | 第96-99页 |
| 4.3.2 基于D2Dpage网页服务器的药物重定位 | 第99-100页 |
| 4.4 讨论 | 第100-101页 |
| 4.5 结论 | 第101-102页 |
| 第五章 银屑病的转化系统生物学分析 | 第102-130页 |
| 5.1 背景 | 第103-104页 |
| 5.2 方法 | 第104-105页 |
| 5.2.1 数据收集和预处理 | 第104-105页 |
| 5.2.2 数据分析方法 | 第105页 |
| 5.3 结果 | 第105-128页 |
| 5.3.1 基于cogena的银屑病抗体类药物转录组数据分析 | 第105-115页 |
| 5.3.2 银屑病共表达基因的相似性分析 | 第115-116页 |
| 5.3.3 银屑病共表达基因与抗体类药物的表达谱相关性分析 | 第116-118页 |
| 5.3.4 银屑病共表达基因与自身免疫病表达谱相关性分析 | 第118-119页 |
| 5.3.5 银屑病共表达基因的靶标分析 | 第119-128页 |
| 5.4 结论 | 第128-130页 |
| 第六章 基于判别非负矩阵分解的RNA-Seq数据的基因排序 | 第130-146页 |
| 6.1 背景 | 第130-132页 |
| 6.2 方法 | 第132-137页 |
| 6.2.0 RNA-Seq数据集 | 第132-133页 |
| 6.2.1 基因排序 | 第133页 |
| 6.2.2 判别非负矩阵分解方法 | 第133-136页 |
| 6.2.3 基因集富集分析 | 第136-137页 |
| 6.2.4 评价标准 | 第137页 |
| 6.3 结果 | 第137-144页 |
| 6.3.1 MA图的比较 | 第137-140页 |
| 6.3.2 基于ERCC和q PCR验证数据的差异表达分析比较 | 第140-141页 |
| 6.3.3 四个数据集的富集基因集一致性分析 | 第141-144页 |
| 6.3.4 计算时间分析 | 第144页 |
| 6.4 讨论 | 第144-145页 |
| 6.5 结论 | 第145-146页 |
| 第七章 总结与展望 | 第146-149页 |
| 7.1 工作总结 | 第146-148页 |
| 7.2 不足与展望 | 第148-149页 |
| 致谢 | 第149-151页 |
| 参考文献 | 第151-164页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第164页 |
