| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第16-35页 |
| 1.1 前言 | 第16-21页 |
| 1.1.1 兰科植物的地理分布 | 第16-18页 |
| 1.1.2 兰科植物与真菌的共生 | 第18-21页 |
| 1.2 兰科植物菌根的相关研究概况 | 第21-27页 |
| 1.2.1 兰科植物与菌根真菌共生关系研究现状 | 第21-27页 |
| 1.3 兰科植物内生细菌的相关研究概况 | 第27-30页 |
| 1.3.1 植物内生菌的概念 | 第27-28页 |
| 1.3.2 兰科植物内生菌分布规律 | 第28-29页 |
| 1.3.3 石斛共生细菌的研究进展 | 第29-30页 |
| 1.4 兰科植物转录组学研究 | 第30-31页 |
| 1.5 石斛研究进展 | 第31-32页 |
| 1.5.1 石斛资源现状 | 第31-32页 |
| 1.5.2 石斛菌根真菌相关研究 | 第32页 |
| 1.6 研究目标 | 第32-33页 |
| 1.7 研究内容 | 第33-34页 |
| 1.8 研究技术路线 | 第34-35页 |
| 第二章 兰科植物内生细菌多样性研究 | 第35-56页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-40页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第35-36页 |
| 2.1.2 细菌分离培养基 | 第36页 |
| 2.1.3 仪器 | 第36页 |
| 2.1.4 试剂 | 第36-37页 |
| 2.1.5 兰科植物内生细菌分离步骤 | 第37页 |
| 2.1.6 微生物数量统计 | 第37页 |
| 2.1.7 菌株的纯化与保藏 | 第37-38页 |
| 2.1.8 DNA序列测定 | 第38-40页 |
| 2.2 结果与分析 | 第40-54页 |
| 2.2.1 微生物生物量统计结果 | 第40-42页 |
| 2.2.2 菌株 16S rDNA序列对别结果 | 第42-51页 |
| 2.2.3 兰科植物内生细菌优势菌属的判定 | 第51-52页 |
| 2.2.4 河南三种春兰根内生细菌多样性的分析 | 第52-53页 |
| 2.2.5 贵州两种蕙兰根内生细菌多样性的分析 | 第53页 |
| 2.2.6 潜在新菌分析统计 | 第53-54页 |
| 2.3 讨论 | 第54-55页 |
| 2.4 小结 | 第55-56页 |
| 第三章 石斛与美孢胶膜菌共生体系的转录组测序分析 | 第56-79页 |
| 3.1 材料与方法 | 第56-62页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第56-57页 |
| 3.1.2 试验用培养基 | 第57页 |
| 3.1.3 真菌培养 | 第57页 |
| 3.1.4 石斛兰与美孢角膜菌的共生体系构建 | 第57页 |
| 3.1.5 样品total RNA提取与质量检测： | 第57-59页 |
| 3.1.6 转录组文库的构建和高通量测序 | 第59-60页 |
| 3.1.7 原始测序数据处理 | 第60页 |
| 3.1.8 有参考序列的比对分析 | 第60-61页 |
| 3.1.9 无参考序列的对比分析 | 第61页 |
| 3.1.10 可变剪切事件的预测、分类和统计 | 第61-62页 |
| 3.2 结果与分析 | 第62-76页 |
| 3.2.1 石斛与美孢胶膜菌共生体系的建立 | 第62-63页 |
| 3.2.2 样品Total RNA质量检测 | 第63-65页 |
| 3.2.3 转录组测序结果及分析 | 第65-76页 |
| 3.3 讨论 | 第76-77页 |
| 3.4 小结 | 第77-79页 |
| 第四章 石斛与美孢胶膜菌共生和非共生差异基因表达分析 | 第79-106页 |
| 4.1 材料与方法 | 第79-80页 |
| 4.1.1 基因表达水平分析 | 第79页 |
| 4.1.2 基因表达差异分析 | 第79-80页 |
| 4.2 结果与分析 | 第80-103页 |
| 4.2.1 基因表达水平分析 | 第80-82页 |
| 4.2.2 基因表达差异情况分析 | 第82-86页 |
| 4.2.3 差异基因KEGG富集分析 | 第86-91页 |
| 4.2.4 石斛种子与美孢胶膜菌共生萌发相关基因表达分析 | 第91-100页 |
| 4.2.5 石斛共生相关转录因子分析 | 第100-103页 |
| 4.3 讨论 | 第103-104页 |
| 4.4 小结 | 第104-106页 |
| 第五章 石斛与美孢胶膜菌共生相关基因家族全基因组分析 | 第106-137页 |
| 5.1 材料与方法 | 第106-108页 |
| 5.1.1 数据来源和分析软件 | 第106页 |
| 5.1.2 分析方法 | 第106-108页 |
| 5.2 结果与分析 | 第108-132页 |
| 5.2.1 铁皮石斛phytocyanin基因家族全基因组分析 | 第108-119页 |
| 5.2.2 铁皮石斛WRKY转录因子家族全基因组分析 | 第119-132页 |
| 5.3 讨论 | 第132-134页 |
| 5.4 小结 | 第134-137页 |
| 第六章 结论 | 第137-139页 |
| 参考文献 | 第139-150页 |
| 在读期间的学术研究 | 第150-151页 |
| 致谢 | 第151页 |
