| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-20页 |
| 1.1 生物网络比对的研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第15-17页 |
| 1.3 本文主要贡献 | 第17页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第17-20页 |
| 第二章 网络比对问题定义及其相关问题 | 第20-28页 |
| 2.1 蛋白质间相互作用网络 | 第20页 |
| 2.2 生物网络比对问题定义 | 第20-21页 |
| 2.3 生物网络比对问题分类 | 第21-23页 |
| 2.3.1 二网络比对和多网络比对 | 第22页 |
| 2.3.2 网络的局部比对和全局比对 | 第22页 |
| 2.3.3 一对一比对和多对多比对 | 第22-23页 |
| 2.4 生物网络比对问题的评价指标 | 第23-25页 |
| 2.4.1 生物网络的拓扑相似性指标 | 第23-24页 |
| 2.4.2 生物网络的功能一致性指标 | 第24-25页 |
| 2.5 本文研究动机 | 第25-28页 |
| 第三章 基于PPI网络拓扑相似性模型优化算法 | 第28-40页 |
| 3.1 PPI网络拓扑相似性优化模型 | 第28页 |
| 3.2 Memetic算法优化拓扑相似性模型 | 第28-33页 |
| 3.2.1 Memetic算法框架 | 第28-29页 |
| 3.2.2 个体编码表示 | 第29-30页 |
| 3.2.3 初始化、交叉算子及选择算子 | 第30-31页 |
| 3.2.4 局部搜索算子 | 第31-33页 |
| 3.3 实验结果 | 第33-38页 |
| 3.3.1 实验数据介绍 | 第33-34页 |
| 3.3.2 对比算法介绍 | 第34-35页 |
| 3.3.3 实验参数 | 第35-36页 |
| 3.3.4 实验结果分析 | 第36-38页 |
| 3.4 小结 | 第38-40页 |
| 第四章 基于PPI网络加权模型优化算法 | 第40-58页 |
| 4.1 PPI网络加权优化模型 | 第40-41页 |
| 4.2 Memetic算法优化加权模型 | 第41-44页 |
| 4.2.1 初始化算子 | 第41-43页 |
| 4.2.2 局部搜索算子 | 第43-44页 |
| 4.3 实验结果 | 第44-53页 |
| 4.3.1 实验结果分析 | 第44-49页 |
| 4.3.2 MeAlign算法局部搜索算子有效性证明 | 第49-51页 |
| 4.3.3 MeAlign算法与已有进化算法间的比较 | 第51-53页 |
| 4.4 权重系数a 的讨论 | 第53-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 5.1 总结 | 第58-59页 |
| 5.1.1 论文的两条主线 | 第58-59页 |
| 5.1.2 MeAlign算法的主要思想 | 第59页 |
| 5.2 后续工作计划 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 致谢 | 第64-66页 |
| 作者简介 | 第66-67页 |