| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 引言 | 第8-22页 |
| 1.1 转录组学的研究方法及发展与应用 | 第8-14页 |
| 1.1.1 转录组和转录组学的概述 | 第8-9页 |
| 1.1.2 转录组测序技术的发展 | 第9-11页 |
| 1.1.3 甲壳类转录组学研究概况 | 第11-14页 |
| 1.2 色素沉积机制的研究进展 | 第14-19页 |
| 1.2.1 黑色素合成途径相关研究 | 第14-16页 |
| 1.2.2 蝶啶类色素合成研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2.3 眼色素合成研究进展 | 第17-18页 |
| 1.2.4 其它色素的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3 观赏中华锯齿米虾的基础生物学 | 第19-20页 |
| 1.3.1 中华锯齿米虾的简介 | 第19-20页 |
| 1.3.2 中华锯齿米虾的生物学特性 | 第20页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第20页 |
| 1.5 主要研究内容与技术路线 | 第20-22页 |
| 1.5.1 主要研究内容 | 第20-21页 |
| 1.5.2 主要技术路线 | 第21-22页 |
| 第2章 材料与方法 | 第22-34页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-25页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第22页 |
| 2.1.2 主要仪器和试剂 | 第22-23页 |
| 2.1.3 引物序列 | 第23-24页 |
| 2.1.4 生物信息学分析 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-34页 |
| 2.2.1 总RNA提取（OMEGA试剂盒）及DNA去除 | 第25页 |
| 2.2.2 Illumina/Solexa 高通量测序及生物信息学分析 | 第25-28页 |
| 2.2.3 实时荧光定量PCR | 第28-29页 |
| 2.2.4 整胚原位杂交 | 第29-34页 |
| 第3章 结果 | 第34-49页 |
| 3.1 转录组分析 | 第34-40页 |
| 3.1.1 序列分析和拼接 | 第34-35页 |
| 3.1.2 Unigene序列的功能注释 | 第35-36页 |
| 3.1.3 Unigene序列的GO、COG和KEGG功能分类 | 第36-38页 |
| 3.1.4 差异表达基因分析 | 第38-40页 |
| 3.2 参与色素沉积候选基因 | 第40-47页 |
| 3.2.1 候选基因的实时荧光定量PCR | 第42-43页 |
| 3.2.2 候选基因在琉璃虾皮肤中的表达 | 第43-47页 |
| 3.3 Ebony基因在胚胎复眼幼体/仔虾不同发育阶段的表达定位研究 | 第47页 |
| 3.4 GCH-I基因在胚胎复眼幼体/仔虾不同发育阶段的表达定位研究 | 第47-48页 |
| 3.5 SPR基因在胚胎复眼幼体/仔虾不同发育阶段的表达定位研究 | 第48页 |
| 3.6 黄嘌呤脱氢酶（xanthine dehydrogenase, XDH）基因在胚胎复眼幼体/仔虾不同发育阶段的表达定位研究 | 第48-49页 |
| 第4章 讨论 | 第49-56页 |
| 4.1 转录组 | 第49-51页 |
| 4.1.1 Unigene序列组装拼接 | 第49页 |
| 4.1.2 Unigene序列的注释 | 第49页 |
| 4.1.3 GO和KEGG注释分析 | 第49页 |
| 4.1.4 差异表达基因 | 第49-51页 |
| 4.2 色素沉积相关基因的qPCR的验证 | 第51-55页 |
| 4.3 Ebony、GCH-I、SPR和XDH基因在胚胎复眼期幼体/仔虾不同发育阶段的时空表达 | 第55-56页 |
| 第5章 结论与展望 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-72页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第72页 |
