西门塔尔牛单体型及拷贝数图谱构建和部分屠宰性状的关联分析
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-23页 |
| ·单体型研究进展 | 第12-17页 |
| ·单体型在人类遗传疾病研究进展 | 第12-14页 |
| ·单体型在分子育种研究进展 | 第14-15页 |
| ·单体型构建方法研究进展 | 第15-17页 |
| ·拷贝数变异研究进展 | 第17-20页 |
| ·拷贝数变异在人类遗传疾病研究 | 第17页 |
| ·拷贝数变异在动物中研究进展 | 第17-19页 |
| ·拷贝数变异检测技术 | 第19-20页 |
| ·全基因组关联分析 | 第20-22页 |
| ·GWAS实验设计方法 | 第20-21页 |
| ·GWAS畜禽中研究进展 | 第21-22页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-29页 |
| ·试验材料 | 第23页 |
| ·参考群体构建 | 第23页 |
| ·血样采集及芯片测序 | 第23页 |
| ·试验方法 | 第23-29页 |
| ·表型数据处理 | 第23-24页 |
| ·芯片数据质量控制 | 第24页 |
| ·全基因组单体型构建 | 第24-25页 |
| ·全基因组CNV检测和质量控制 | 第25-26页 |
| ·拷贝数变异生物信息学分析 | 第26页 |
| ·Q-PCR验证 | 第26-27页 |
| ·单体型和单标记的全基因组关联分析 | 第27-28页 |
| ·研究中使用的软件和下载地址 | 第28-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-48页 |
| ·基因组DNA检测结果 | 第29页 |
| ·基因型信息和质控结果 | 第29页 |
| ·表型性状的描述性统计量 | 第29-30页 |
| ·单体型推断结果 | 第30-31页 |
| ·拷贝数变异检测结果 | 第31-43页 |
| ·不同方法推断CNV结果 | 第31-37页 |
| ·西门塔尔牛全基因组CNVR图谱构建结果 | 第37-39页 |
| ·荧光定量PCR验证结果 | 第39-40页 |
| ·牛CNVR的生物信息学分析结果 | 第40-43页 |
| ·全基因组关联分析结果 | 第43-48页 |
| ·群体的遗传结构与kinship | 第43页 |
| ·关联分析结果 | 第43-48页 |
| 第四章 讨论 | 第48-51页 |
| ·单位点与单体型在GWAS中的应用 | 第48-49页 |
| ·拷贝数变异推断与准确性 | 第49-51页 |
| 第五章 全文结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 作者简历 | 第59页 |
