| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-12页 |
| 1 绪论 | 第12-28页 |
| ·海绵是庞大的生物活性物质储藏库 | 第12-21页 |
| ·海绵及其高度复杂的共生体系概述 | 第12-15页 |
| ·海绵是生物活性物质的储藏库 | 第15-17页 |
| ·日本式根岛海绵生物活性物质概述 | 第17-20页 |
| ·海绵共生菌是海绵活性物质的真正生产者 | 第20页 |
| ·海绵活性物质研究的常规技术及存在的问题 | 第20-21页 |
| ·功能宏基因组在特殊环境微生物研究中的应用 | 第21-25页 |
| ·功能宏基因组概况 | 第21-23页 |
| ·功能宏基因组在土壤环境 DNA 中的应用 | 第23-25页 |
| ·功能宏基因组在海绵及其微生物研究中的应用潜能 | 第25页 |
| ·本文研究目的和内容 | 第25-28页 |
| ·研究目的 | 第25页 |
| ·研究内容 | 第25-26页 |
| ·技术路线 | 第26-28页 |
| 2 实验材料和方法 | 第28-44页 |
| ·材料及仪器 | 第28页 |
| ·宏基因组文库的建立 | 第28-32页 |
| ·海绵宏基因组 DNA 的提取-苯酚/氯仿法（直接裂解法） | 第28-30页 |
| ·海绵宏基因组 DNA 的纯化 | 第30页 |
| ·插入片段 DNA 的末端修复（End-Repair）和纯化 | 第30页 |
| ·连接（Ligation） | 第30页 |
| ·封装粘粒克隆 | 第30-31页 |
| ·包装的 CopyControl 粘粒克隆的浓度测定 | 第31页 |
| ·感染噬菌体文库至 E. coli，构建文库 | 第31-32页 |
| ·检查插入 DNA 片段的大小 | 第32页 |
| ·阴性对照克隆的制备 | 第32-33页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第33页 |
| ·连接和转化 | 第33页 |
| ·宏基因组文库的筛选 | 第33-35页 |
| ·活性克隆的筛选 | 第33-34页 |
| ·活性克隆的纯化和保存 | 第34-35页 |
| ·活性克隆的插入片段同一性检查- BamHI 酶切反应 | 第35页 |
| ·抗菌活性实验和细胞毒性实验 | 第35-37页 |
| ·琼脂扩散法抗菌活性 | 第35页 |
| ·液体抗菌活性 MIC 法 | 第35-36页 |
| ·细胞毒性实验样品的准备 | 第36-37页 |
| ·P388 细胞培养及 MTT 细胞毒性实验 | 第37页 |
| ·活性克隆的培养及化合物分离 | 第37-40页 |
| ·克隆 pDC112 和 pDC114 的液体培养及分离方法 | 第37-39页 |
| ·克隆 pDC113 的液体培养及分离 | 第39-40页 |
| ·克隆 pDC113 的平板培养及分离 | 第40页 |
| ·克隆 pDC113 的脂肪酸 GC-MS 分析 | 第40-41页 |
| ·脂质的提取（游离脂肪酸的提取） | 第40-41页 |
| ·脂肪酸的甲酯化 | 第41页 |
| ·脂肪酸的 GC-MS 分析 | 第41页 |
| ·化合物的鉴定 | 第41-42页 |
| ·NMR 数据的获取 | 第41页 |
| ·MS 数据的获取 | 第41-42页 |
| ·立体结构的确定 | 第42页 |
| ·克隆序列分析 | 第42-44页 |
| 3 式根岛海绵基因组文库的构建和活性克隆的检测 | 第44-50页 |
| ·提取并纯化 40 kb 左右的海绵宏基因组 DNA | 第44-45页 |
| ·海绵宏基因组文库的表征 | 第45-47页 |
| ·噬菌体包装的黏性颗粒的浓度测定和克隆转化率测定 | 第45-46页 |
| ·插入 DNA 片段大小的检测 | 第46-47页 |
| ·活性克隆的检测 | 第47-49页 |
| ·活性克隆的发现及保存 | 第47-48页 |
| ·活性克隆的酶切谱图初步判定 | 第48-49页 |
| ·本章小结 | 第49-50页 |
| 4 卟啉类化合物及功能基因分析 | 第50-76页 |
| ·棕红色克隆 pDC112 和 pDC114 的化学成分分析 | 第50-52页 |
| ·红色色素的分离-大量发酵液的 HP-20 固相提取法 | 第52-54页 |
| ·红色色素的鉴定 | 第54-58页 |
| ·独特的 UV 吸收 | 第54页 |
| ·结构确定 | 第54-58页 |
| ·P388 细胞毒性实验 | 第58-59页 |
| ·克隆 pDC112 和 pDC114 的序列分析 | 第59-70页 |
| ·卟啉类化合物在克隆 pDC112 和 pDC114 中的生物合成途径 | 第70-74页 |
| ·本章小结 | 第74-76页 |
| 5 脂肪酸化合物及其功能基因分析 | 第76-92页 |
| ·抗菌活性克隆 pDC113 的液体培养及活性物质的分离 | 第76-78页 |
| ·化合物 5 的结构鉴定 | 第78-80页 |
| ·其它β羟基脂肪酸类化合物的 GC-MS 分析-克隆特异性脂肪酸 GC-MS 分析 | 第80页 |
| ·β羟基脂肪酸的抗菌活性 | 第80-81页 |
| ·克隆 pDC113 的序列分析 | 第81-87页 |
| ·脂肪酸的生物成途径 | 第87-91页 |
| ·本章小结 | 第91-92页 |
| 6 吲哚类化合物 | 第92-108页 |
| ·化合物 8 的分离及结构鉴定 | 第92-94页 |
| ·化合物 9 的分离鉴定 | 第94-95页 |
| ·化合物 10 的分离及鉴定 | 第95-97页 |
| ·化合物 11 的分离及鉴定 | 第97-98页 |
| ·化合物 12 和 13 的分离及鉴定 | 第98-101页 |
| ·化合物 12 的分离及鉴定 | 第99页 |
| ·化合物 13 的分离及鉴定 | 第99-101页 |
| ·化合物 14 的分离及部分结构的鉴定 | 第101-103页 |
| ·化合物 15 的分离及表征 | 第103-106页 |
| ·化合物 15 的分离鉴定 | 第103-105页 |
| ·化合物 15 的抗菌活性和细胞毒性 | 第105-106页 |
| ·本章小结 | 第106-108页 |
| 7 平板培养 | 第108-126页 |
| ·酰胺类化合物 | 第108-111页 |
| ·环二肽类化合物 | 第111-125页 |
| ·环二肽类化合物的分离鉴定 | 第111-120页 |
| ·环二肽化合物的生物合成途径探讨 | 第120-125页 |
| ·本章小结 | 第125-126页 |
| 8 结论与展望 | 第126-130页 |
| ·主要结论 | 第126-128页 |
| ·本课题的创新点 | 第128-129页 |
| ·后续工作展望 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130-132页 |
| 参考文献 | 第132-144页 |
| 附录 | 第144-186页 |
| A 作者在攻读博士学位期间发表的论文目录 | 第144-145页 |
| B 作者在攻读学位期间取得的科研成果目录 | 第145页 |
| C 作者在攻读学位期间参加会议 | 第145-146页 |
| D 化合物 1-5，8-27 的 NMR 图谱 | 第146-186页 |
